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- EMDB-21156: Cryo-EM Structure of Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21156
タイトルCryo-EM Structure of Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
マップデータEscherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
試料
  • 複合体: Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: OXALOACETATE ION
キーワードTCA cycle / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDH) / E1 component / sucA / AMP / Oxaloacetate (OAA) / Dimer / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Gao H
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM Structure of Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
著者: Gao H
履歴
登録2019年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vef
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21156.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 200 pix.
= 175.4 Å		0.88 Å/pix.
x 200 pix.
= 175.4 Å		0.88 Å/pix.
x 200 pix.
= 175.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.877 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.037528343 - 0.06811727
平均 (標準偏差)0.00031025332 (±0.0040752105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 175.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8770.8770.877
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z175.400175.400175.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0380.0680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA

全体名称: Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
要素
  • 複合体: Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: OXALOACETATE ION

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超分子 #1: Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA

超分子名称: Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component

分子名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 94.942508 KDa
配列文字列: DTNVKQVKVL QLINAYRFRG HQHANLDPLG LYQQDKVADL DPSFHDLTEA DFQETFNVGS FASGKETMKL GELLEALKQT YCGPIGAEY MHITSTEEKR WIQQRIESGR ATFNSEEKKR FLSELTAAEG LERYLGAKFP GAKRFSLEGD ALIPMLKEMI R HAGNSGTR ...文字列:
DTNVKQVKVL QLINAYRFRG HQHANLDPLG LYQQDKVADL DPSFHDLTEA DFQETFNVGS FASGKETMKL GELLEALKQT YCGPIGAEY MHITSTEEKR WIQQRIESGR ATFNSEEKKR FLSELTAAEG LERYLGAKFP GAKRFSLEGD ALIPMLKEMI R HAGNSGTR EVVLGMAHRG RLNVLVNVLG KKPQDLFDEF AGKHKEHLGT GDVKYHMGFS SDFQTDGGLV HLALAFNPSH LE IVSPVVI GSVRARLDRL DEPSSNKVLP ITIHGDAAVT GQGVVQETLN MSKARGYEVG GTVRIVINNQ VGFTTSNPLD ARS TPYMTD IGKMVQAPIF HVNADDPEAV AFVTRLALDF RNTFKRDVFI DLVCYRRHGH NEADEPSATQ KIKKHPTPRK IYAD KLEQE KVATLEDATE MVNLYRDALD AGDCVVAEWR PMNMHSFTWS PYLNHEWDEE YPNKVEMKRL QELAKRISTV PEAVE MQSR VAKIYGDRQA MAAGEKLFDW GGAENLAYAT LVDEGIPVRL SGEDSGRGTF FHRHAVIHNQ SNGSTYTPLQ HIHNGQ GAF RVWDSVLSEE AVLAFEYGYA TAEPRTLTIW EAQFGDFANG AQVVIDQFIS SGEQKWGRMC GLVMLLPHGY EGQGPEH SS ARLERYLQLC AEQNMQVCVP STPAQVYHML RRQALRGMRR PLVVMSPKSL LRHPLAVSSL EELANGTFLP AIGEIDEL D PKGVKRVVMC SGKVYYDLLE QRRKNNQHDV AIVRIEQLYP FPHKAMQEVL QQFAHVKDFV WCQEEPLNQG AWYCSQHHF REVIPFGASL RYAGRPASAS PAVGHMSVHQ KQQQDLVNDA LNVE

UniProtKB: Oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)

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分子 #2: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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分子 #3: OXALOACETATE ION

分子名称: OXALOACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: OAA
分子量理論値: 131.064 Da
Chemical component information

ChemComp-OAA:
OXALOACETATE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 800 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 86461
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2jgd


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 60
得られたモデル

PDB-6vef:
Cryo-EM Structure of Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component sucA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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