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- EMDB-21096: Parainfluenza virus 5 L-P complex with an alternate conformation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21096
タイトルParainfluenza virus 5 L-P complex with an alternate conformation of the CD-MTase-CTD module
マップデータ
試料
  • 複合体: L-P complex
    • 複合体: L protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • 複合体: P protein
      • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードVIRAL PROTEIN / POLYMERASE / METHYLTRANSFERASE / POLY-RIBONUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 5 (strain W3) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.63 Å
データ登録者Abdella R / He Y
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54-CA193419 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA092584 米国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008382 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of a paramyxovirus polymerase complex reveals a unique methyltransferase-CTD conformation.
著者: Ryan Abdella / Megha Aggarwal / Takashi Okura / Robert A Lamb / Yuan He /
要旨: Paramyxoviruses are enveloped, nonsegmented, negative-strand RNA viruses that cause a wide spectrum of human and animal diseases. The viral genome, packaged by the nucleoprotein (N), serves as a ...Paramyxoviruses are enveloped, nonsegmented, negative-strand RNA viruses that cause a wide spectrum of human and animal diseases. The viral genome, packaged by the nucleoprotein (N), serves as a template for the polymerase complex, composed of the large protein (L) and the homo-tetrameric phosphoprotein (P). The ∼250-kDa L possesses all enzymatic activities necessary for its function but requires P in vivo. Structural information is available for individual P domains from different paramyxoviruses, but how P interacts with L and how that affects the activity of L is largely unknown due to the lack of high-resolution structures of this complex in this viral family. In this study we determined the structure of the L-P complex from parainfluenza virus 5 (PIV5) at 4.3-Å resolution using cryoelectron microscopy, as well as the oligomerization domain (OD) of P at 1.4-Å resolution using X-ray crystallography. P-OD associates with the RNA-dependent RNA polymerase domain of L and protrudes away from it, while the X domain of one chain of P is bound near the L nucleotide entry site. The methyltransferase (MTase) domain and the C-terminal domain (CTD) of L adopt a unique conformation, positioning the MTase active site immediately above the poly-ribonucleotidyltransferase domain and near the likely exit site for the product RNA 5' end. Our study reveals a potential mechanism that mononegavirus polymerases may employ to switch between transcription and genome replication. This knowledge will assist in the design and development of antivirals against paramyxoviruses.
履歴
登録2019年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月1日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v86
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21096.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.038610402 - 0.083207324
平均 (標準偏差)0.0001567096 (±0.0019646622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 403.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.200403.200403.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0390.0830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : L-P complex

全体名称: L-P complex
要素
  • 複合体: L-P complex
    • 複合体: L protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • 複合体: P protein
      • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: L-P complex

超分子名称: L-P complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Simian virus 5 (strain W3) (ウイルス)
分子量理論値: 170 KDa

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超分子 #2: L protein

超分子名称: L protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Simian virus 5 (strain W3) (ウイルス)

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超分子 #3: P protein

超分子名称: P protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: homo-tetramer
由来(天然)生物種: Simian virus 5 (strain W3) (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Simian virus 5 (strain W3) (ウイルス) / 株: W3
分子量理論値: 256.195672 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGSREILLP EVHLNSPIVK HKLYYYILLG NLPNEIDLDD LGPLHNQNWN QIAHEESNLA QRLVNVRNFL ITHIPDLRKG HWQEYVNVI LWPRILPLIP DFKINDQLPL LKNWDKLVKE SCSVINAGTS QCIQNLSYGL TGRGNLFTRS RELSGDRRDI D LKTVVAAW ...文字列:
MAGSREILLP EVHLNSPIVK HKLYYYILLG NLPNEIDLDD LGPLHNQNWN QIAHEESNLA QRLVNVRNFL ITHIPDLRKG HWQEYVNVI LWPRILPLIP DFKINDQLPL LKNWDKLVKE SCSVINAGTS QCIQNLSYGL TGRGNLFTRS RELSGDRRDI D LKTVVAAW HDSDWKRISD FWIMIKFQMR QLIVRQTDHN DSDLITYIEN REGIIIITPE LVALFNTENH TLTYMTFEIV LM VSDMYEG RHNILSLCTV STYLNPLKKR ITYLLSLVDN LAFQIGDAVY NIIALLESFV YAQLQMSDPI PELRGQFHAF VCS EILDAL RGTNSFTQDE LRTVTTNLIS PFQDLTPDLT AELLCIMRLW GHPMLTASQA AGKVRESMCA GKVLDFPTIM KTLA FFHTI LINGYRRKHH GVWPPLNLPG NASKGLTELM NDNTEISYEF TLKHWKEVSL IKFKKCFDAD AGEELSIFMK DKAIS APKQ DWMSVFRRSL IKQRHQHHQV PLPNPFNRRL LLNFLGDDKF DPNVELQYVT SGEYLHDDTF CASYSLKEKE IKPDGR IFA KLTKRMRSCQ VIAESLLANH AGKLMKENGV VMNQLSLTKS LLTMSQIGII SEKARKSTRD NINQPGFQNI QRNKSHH SK QVNQRDPSDD FELAASFLTT DLKKYCLQWR YQTIIPFAQS LNRMYGYPHL FEWIHLRLMR STLYVGDPFN PPADTSQF D LDKVINGDIF IVSPRGGIEG LCQKAWTMIS IAVIILSATE SGTRVMSMVQ GDNQAIAVTT RVPRSLPTLE KKTIAFRSC NLFFERLKCN NFGLGHHLKE QETIISSHFF VYSKRIFYQG RILTQALKNA SKLCLTADVL GECTQSSCSN LATTVMRLTE NGVEKDICF YLNIYMTIKQ LSYDIIFPQV SIPGDQITLE YINNPHLVSR LALLPSQLGG LNYLSCSRLF NRNIGDPVVS A VADLKRLI KSGCMDYWIL YNLLGRKPGN GSWATLAADP YSINIEYQYP PTTALKRHTQ QALMELSTNP MLRGIFSDNA QA EENNLAR FLLDREVIFP RVAHIIIEQT SVGRRKQIQG YLDSTRSIMR KSLEIKPLSN RKLNEILDYN INYLAYNLAL LKN AIEPPT YLKAMTLETC SIDIARNLRK LSWAPLLGGR NLEGLETPDP IEITAGALIV GSGYCEQCAA GDNRFTWFFL PSGI EIGGD PRDNPPIRVP YIGSRTDERR VASMAYIRGA SSSLKAVLRL AGVYIWAFGD TLENWIDALD LSHTRVNITL EQLQS LTPL PTSANLTHRL DDGTTTLKFT PASSYTFSSF THISNDEQYL TINDKTADSN IIYQQLMITG LGILETWNNP PINRTF EES TLHLHTGASC CVRPVDSCIL SEALTVKPHI TVPYSNKFVF DEDPLSEYET AKLESLSFQA QLGNIDAVDM TGKLTLL SQ FTARQIINAI TGLDESVSLT NDAIVASDYV SNWISECMYT KLDELFMYCG WELLLELSYQ MYYLRVVGWS NIVDYSYM I LRRIPGAALN NLASTLSHPK LFRRAINLDI VAPLNAPHFA SLDYIKMSVD AILWGCKRVI NVLSNGGDLE LVVTSEDSL ILSDRSMNLI ARKLTLLSLI HHNGLELPKI KGFSPDEKCF ALTEFLRKVV NSGLSSIENL SNFMYNVENP RLAAFASNNY YLTRKLLNS IRDTESGQVA VTSYYESLEY IDSLKLTPHV PGTSCIEDDS LCTNDYIIWI IESNANLEKY PIPNSPEDDS N FHNFKLNA PSHHTLRPLG LSSTAWYKGI SCCRYLERLK LPQGDHLYIA EGSGASMTII EYLFPGRKIY YNSLFSSGDN PP QRNYAPM PTQFIESVPY KLWQAHTDQY PEIFEDFIPL WNGNAAMTDI GMTACVEFII NRVGPRTCSL VHVDLESSAS LNQ QCLSKP IINAIITATT VLCPHGVLIL KYSWLPFTRF STLITFLWCY FERITVLRST YSDPANHEVY LICILANNFA FQTV SQATG MAMTLTDQGF TLISPERINQ YWDGHLKQER IVAEAIDKVV LGENALFNSS DNELILKCGG TPNARNLIDI EPVAT FIEF EQLICTMLTT HLKEIIDITR SGTQDYESLL LTPYNLGLLG KISTIVRLLT ERILNHTIRN WLILPPSLRM IVKQDL EFG IFRITSILNS DRFLKLSPNR KYLIAQLTAG YIRKLIEGDC NIDLTRPIQK QIWKALGCVV YCHDPMDQRE STEFIDI NI NEEIDRGIDG EEI

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Chain F belongs to the same peptide as one of B, C, D or E, but the density is not well resolved enough to determine which chain it should associate with.
コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian virus 5 (strain W3) (ウイルス) / 株: W3
分子量理論値: 42.155152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDPTDLSFSP DEINKLIETG LNTVEYFTSQ QVTGTSSLGK NTIPPGVTGL LTNAAEAKIQ ESTNHQKGSV GGGAKPKKPR PKIAIVPAD DKTVPGKPIP NPLLGLDSTP STQTVLDLSG KTLPSGSYKG VKLAKFGKEN LMTRFIEEPR ENPIATSSPI D FKRGAGIP ...文字列:
MDPTDLSFSP DEINKLIETG LNTVEYFTSQ QVTGTSSLGK NTIPPGVTGL LTNAAEAKIQ ESTNHQKGSV GGGAKPKKPR PKIAIVPAD DKTVPGKPIP NPLLGLDSTP STQTVLDLSG KTLPSGSYKG VKLAKFGKEN LMTRFIEEPR ENPIATSSPI D FKRGAGIP AGSIEGSTQS DGWEMKSRSL SGAIHPVLQS PLQQGDLNAL VTSVQSLALN VNEILNTVRN LDSRMNQLET KV DRILSSQ SLIQTIKNDI VGLKAGMATL EGMITTVKIM DPGVPSNVTV EDVRKTLSNH AVVVPESFND SFLTQSEDVI SLD ELARPT ATSVKKIVRK VPPQKDLTGL KITLEQLAKD CISKPKMREE YLLKINQASS EAQLIDLKKA IIRSAI

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 80.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

粒子像選択選択した数: 717008
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Negative stain density
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 78547
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 143000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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