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- EMDB-21041: Structure of TrkH-TrkA in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21041
タイトルStructure of TrkH-TrkA in complex with ATP
マップデータStructure of TrkH-TrkA in complex with ATP
試料
  • 複合体: TrkH-TrkA
    • タンパク質・ペプチド: Trk system potassium uptake protein TrkH
    • タンパク質・ペプチド: Potassium uptake protein TrkA
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / potassium ion binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / nucleotide binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium uptake protein TrkA / TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain ...Potassium uptake protein TrkA / TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Trk system potassium uptake protein TrkA / Trk system potassium uptake protein TrkH
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ) / Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Zhou M / Zhang H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086392 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK122784 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: TrkA undergoes a tetramer-to-dimer conversion to open TrkH which enables changes in membrane potential.
著者: Hanzhi Zhang / Yaping Pan / Liya Hu / M Ashley Hudson / Katrina S Hofstetter / Zhichun Xu / Mingqiang Rong / Zhao Wang / B V Venkataram Prasad / Steve W Lockless / Wah Chiu / Ming Zhou /
要旨: TrkH is a bacterial ion channel implicated in K uptake and pH regulation. TrkH assembles with its regulatory protein, TrkA, which closes the channel when bound to ADP and opens it when bound to ATP. ...TrkH is a bacterial ion channel implicated in K uptake and pH regulation. TrkH assembles with its regulatory protein, TrkA, which closes the channel when bound to ADP and opens it when bound to ATP. However, it is unknown how nucleotides control the gating of TrkH through TrkA. Here we report the structures of the TrkH-TrkA complex in the presence of ADP or ATP. TrkA forms a tetrameric ring when bound to ADP and constrains TrkH to a closed conformation. The TrkA ring splits into two TrkA dimers in the presence of ATP and releases the constraints on TrkH, resulting in an open channel conformation. Functional studies show that both the tetramer-to-dimer conversion of TrkA and the loss of constraints on TrkH are required for channel gating. In addition, deletion of TrkA in Escherichia coli depolarizes the cell, suggesting that the TrkH-TrkA complex couples changes in intracellular nucleotides to membrane potential.
履歴
登録2019年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v4j
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21041.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of TrkH-TrkA in complex with ATP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 220 pix.
= 273.24 Å		1.24 Å/pix.
x 220 pix.
= 273.24 Å		1.24 Å/pix.
x 220 pix.
= 273.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.242 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.088603795 - 0.2613028
平均 (標準偏差)0.00095609325 (±0.006012704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 273.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2421.2421.242
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.240273.240273.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0890.2610.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TrkH-TrkA

全体名称: TrkH-TrkA
要素
  • 複合体: TrkH-TrkA
    • タンパク質・ペプチド: Trk system potassium uptake protein TrkH
    • タンパク質・ペプチド: Potassium uptake protein TrkA

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超分子 #1: TrkH-TrkA

超分子名称: TrkH-TrkA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Trk system potassium uptake protein TrkH

分子名称: Trk system potassium uptake protein TrkH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633
分子量理論値: 53.104375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQFRSIIRIV GLLLALFSVT MLAPALVALL YRDGAGVPFV TTFFVLLFCG AMCWFPNRRH KHELKSRDGF LIVVLFWTVL GSAGSLPFL IADNPNISVT DAFFESFSAL TTTGATVIVG LDELPKAILF YRQFLQWFGG MGIIVLAVAI LPVLGIGGMQ L YRAEIPGP ...文字列:
MQFRSIIRIV GLLLALFSVT MLAPALVALL YRDGAGVPFV TTFFVLLFCG AMCWFPNRRH KHELKSRDGF LIVVLFWTVL GSAGSLPFL IADNPNISVT DAFFESFSAL TTTGATVIVG LDELPKAILF YRQFLQWFGG MGIIVLAVAI LPVLGIGGMQ L YRAEIPGP VKDTKMTPRI AETAKALWYI YLSLTIACAV AFWLAGMTPF DAISHSFSTI AIGGFSTHDA SMGYFDSYAI NL ITVVFLL ISACNFTLHF AAFASGGVHP KYYWKDPEFR AFIFIQVLLF LVCFLLLLKH HSYTSPYDAF DQALFQTVSI STT AGFTTT GFADWPLFLP VLLLFSSFIG GCAGSTGGGM KVIRILLLTL QGARELKRLV HPRAVYTIKV GGSALPQRVV DAVW GFFSA YALVFVVCML GLIATGMDEL SAFSAVAATL NNLGPGLGEV ALHFGDVNDK AKWVLIVSML FGRLEIFTLL ILLTP TFWR S

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分子 #2: Potassium uptake protein TrkA

分子名称: Potassium uptake protein TrkA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633
分子量理論値: 50.193086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKIIILGAGQ VGGTLAENLV GENNDITIVD NNADRLRELQ DKYDLRVVNG HASHPDVLHE AGAQDADMLV AVTNTDETNM AACQVAFTL FNTPNRVARI RSPEYLAEKE ALFKSGAIPV DHLIAPEELV TSYIERLIQY PGALQVVSFA EQKVSLVAVK A YYGGPLVG ...文字列:
MKIIILGAGQ VGGTLAENLV GENNDITIVD NNADRLRELQ DKYDLRVVNG HASHPDVLHE AGAQDADMLV AVTNTDETNM AACQVAFTL FNTPNRVARI RSPEYLAEKE ALFKSGAIPV DHLIAPEELV TSYIERLIQY PGALQVVSFA EQKVSLVAVK A YYGGPLVG NALSALREHM PHIDTRVAAI FRQGRPIRPQ GTTIIEADDE VFFVAASNHI RSVMSELQRL EKPYRRIMIV GG GNIGASL AKRLEQTYSV KLIERDYQRA EKLSEQLENT IVFCGDAADQ ELLTEENIDQ VDVFIALTNE DETNIMSAML AKR MGAKKV MVLIQRGAYV DLVQGGVIDV AISPQQATIS ALLTHVRRAD IVNVSSLRRG AAEAIEAVAH GDETTSKVVG RAIG DIKLP PGTTIGAVVR GEEVLIAHDR TVIEQDDHVV MFLVDKKYVP DVEALFQPSP FFL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72317
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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