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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20964 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Xenopus tropicalis pannexin 1 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Xenopus tropicalis pannexin 1 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of interleukin-1 production / gap junction / monoatomic cation transport / channel activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng Z / He Z / Yuan P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of the ATP release channel pannexin 1. 著者: Zengqin Deng / Zhihui He / Grigory Maksaev / Ryan M Bitter / Michael Rau / James A J Fitzpatrick / Peng Yuan / 要旨: The plasma membrane adenosine triphosphate (ATP) release channel pannexin 1 (PANX1) has been implicated in many physiological and pathophysiological processes associated with purinergic signaling, ...The plasma membrane adenosine triphosphate (ATP) release channel pannexin 1 (PANX1) has been implicated in many physiological and pathophysiological processes associated with purinergic signaling, including cancer progression, apoptotic cell clearance, inflammation, blood pressure regulation, oocyte development, epilepsy and neuropathic pain. Here we present near-atomic-resolution structures of human and frog PANX1 determined by cryo-electron microscopy that revealed a heptameric channel architecture. Compatible with ATP permeation, the transmembrane pore and cytoplasmic vestibule were exceptionally wide. An extracellular tryptophan ring located at the outer pore created a constriction site, potentially functioning as a molecular sieve that restricts the size of permeable substrates. The amino and carboxyl termini, not resolved in the density map, appeared to be structurally dynamic and might contribute to narrowing of the pore during channel gating. In combination with functional characterization, this work elucidates the previously unknown architecture of pannexin channels and establishes a foundation for understanding their unique channel properties. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20964.map.gz | 49.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20964-v30.xml emd-20964.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20964.png | 88.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20964 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20964 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20964_validation.pdf.gz | 464.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20964_full_validation.pdf.gz | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20964_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20964_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20964 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20964 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Xenopus tropicalis pannexin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : xenopus pannexin 1
全体 | 名称: xenopus pannexin 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: xenopus pannexin 1
超分子 | 名称: xenopus pannexin 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
-分子 #1: Pannexin
分子 | 名称: Pannexin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) |
分子量 | 理論値: 49.735441 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MAIAHIATEY VFSDFLLKDP PESKYKGLRL ELAVDKLVSC IAVGLPLLLI SLAFAQEITL GSQISCFAPT SFSWRQAAYV DSFCWAAVQ QKHLSQSDSG NVPLWLHKFF PYILLLVAVL LYLPNLFWRF TAAPHLSSDL KFVMEELDKC YNRDIKDIKA A NNLNSSDK ...文字列: MAIAHIATEY VFSDFLLKDP PESKYKGLRL ELAVDKLVSC IAVGLPLLLI SLAFAQEITL GSQISCFAPT SFSWRQAAYV DSFCWAAVQ QKHLSQSDSG NVPLWLHKFF PYILLLVAVL LYLPNLFWRF TAAPHLSSDL KFVMEELDKC YNRDIKDIKA A NNLNSSDK RDGLNSPVVS ENLQQSLWEI PLSHYKYPIV EQYLKTKNNS YGLIIKYLIC RVVTLIIVFT ACIYLGYYIS LF SLTDEFT CNIRTGILRN DTALPPLVQC KLIAVGVFRL LSYINLIIYV LIMPFIIYAM LVPFRKTANV LKVYEVLPTF SVQ QAPSKT YDDHSLFLLF LEENVSELKS YKFLKVLENI KNTGENFDTI QYLTSLGTVK TDTVDGKLAF KCTSEVPNNT EQNE VELTV QPSSDNAKTE EKKVRQRLLD SSCSNSLEVL FQ |
-分子 #2: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...
分子 | 名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: 6OU |
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分子量 | 理論値: 717.996 Da |
Chemical component information | ChemComp-6OU: |
-分子 #3: HEXADECANE
分子 | 名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: R16 |
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分子量 | 理論値: 226.441 Da |
Chemical component information | ChemComp-R16: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176371 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |