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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20846 | |||||||||
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タイトル | Human HCN1 channel in a hyperpolarized conformation | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ion channel / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / HCN channels / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / apical protein localization / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity ...intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / HCN channels / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / apical protein localization / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / sodium ion transmembrane transport / neuronal action potential / presynaptic active zone membrane / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / axon / glutamatergic synapse / dendrite / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee C-H / MacKinnon R | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Voltage Sensor Movements during Hyperpolarization in the HCN Channel. 著者: Chia-Hsueh Lee / Roderick MacKinnon / 要旨: The hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channel is a voltage-gated cation channel that mediates neuronal and cardiac pacemaker activity. The HCN channel exhibits reversed ...The hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channel is a voltage-gated cation channel that mediates neuronal and cardiac pacemaker activity. The HCN channel exhibits reversed voltage dependence, meaning it closes with depolarization and opens with hyperpolarization. Different from Na, Ca, and Kv1-Kv7 channels, the HCN channel does not have domain-swapped voltage sensors. We introduced a reversible, metal-mediated cross bridge into the voltage sensors to create the chemical equivalent of a hyperpolarized conformation and determined the structure using cryoelectron microscopy (cryo-EM). Unlike the depolarized HCN channel, the S4 helix is displaced toward the cytoplasm by two helical turns. Near the cytoplasm, the S4 helix breaks into two helices, one running parallel to the membrane surface, analogous to the S4-S5 linker of domain-swapped voltage-gated channels. These findings suggest a basis for allosteric communication between voltage sensors and the gate in this kind of channel. They also imply that voltage sensor movements are not the same in all voltage-gated channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20846.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20846-v30.xml emd-20846.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20846.png | 184.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20846.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_20846_half_map_1.map.gz emd_20846_half_map_2.map.gz | 115.6 MB 115.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20846 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20846 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20846_validation.pdf.gz | 1007 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20846_full_validation.pdf.gz | 1006.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20846_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20846_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20846 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20846 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_20846_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half_map_1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_20846_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half_map_2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human HCN1 channel F186C/S264C
全体 | 名称: Human HCN1 channel F186C/S264C |
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要素 |
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-超分子 #1: Human HCN1 channel F186C/S264C
超分子 | 名称: Human HCN1 channel F186C/S264C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...
分子 | 名称: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 74.615766 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGGGKPNSS SNSRDDGNSV FPAKASATGA GPAAAEKRLG TPPGGGGAGA KEHGNSVCFK VDGGGGGGGG GGGGEEPAGG FEDAEGPRR QYGFMQRQFT SMLQPGVNKF SLRMFGSQKA VEKEQERVKT AGFWIIHPYS DFRFYWDLIM LIMMVGNLVI I PVGITFFT ...文字列: MEGGGKPNSS SNSRDDGNSV FPAKASATGA GPAAAEKRLG TPPGGGGAGA KEHGNSVCFK VDGGGGGGGG GGGGEEPAGG FEDAEGPRR QYGFMQRQFT SMLQPGVNKF SLRMFGSQKA VEKEQERVKT AGFWIIHPYS DFRFYWDLIM LIMMVGNLVI I PVGITFFT EQTTTPWIIF NVASDTVCLL DLIMNFRTGT VNEDSSEIIL DPKVIKMNYL KSWFVVDFIS SIPVDYIFLI VE KGMDSEV YKTARALRIV RFTKILCLLR LLRLSRLIRY IHQWEEIFHM TYDLASAVVR IFNLIGMMLL LCHWDGCLQF LVP LLQDFP PDCWVSLNEM VNDSWGKQYS YALFKAMSHM LCIGYGAQAP VSMSDLWITM LSMIVGATCY AMFVGHATAL IQSL DSSRR QYQEKYKQVE QYMSFHKLPA DMRQKIHDYY EHRYQGKIFD EENILNELND PLREEIVNFN CRKLVATMPL FANAD PNFV TAMLSKLRFE VFQPGDYIIR EGAVGKKMYF IQHGVAGVIT KSSKEMKLTD GSYFGEICLL TKGRRTASVR ADTYCR LYS LSVDNFNEVL EEYPMMRRAF ETVAIDRLDR IGKKNSILLQ KFQKDLNTGV FNNQENEILK QIVKHDREMV QAALPRE SS SVLNTDPDAE KPRFASNL UniProtKB: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1, Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1 |
-分子 #2: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CMP |
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分子量 | 理論値: 329.206 Da |
Chemical component information | ChemComp-CMP: |
-分子 #3: MERCURY (II) ION
分子 | 名称: MERCURY (II) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HG |
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分子量 | 理論値: 200.59 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 75.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104860 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |