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万見
- EMDB-20813: Structure of full-length, fully glycosylated, non-modified HIV-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20813
タイトルStructure of full-length, fully glycosylated, non-modified HIV-1 gp160 bound to PG16 Fab at a nominal resolution of 4.6 Angstrom
マップデータHIV-1 gp160 bound to PG16 Fab, recommended contour level (absolute as displayed in Chimera): 0.01-0.03
試料
  • 複合体: HIV-1 GP160 trimer:PG16 Fab complex
    • 複合体: HIV envelope glycoprotein GP160 (mature)
      • タンパク質・ペプチド: envelope glycoprotein gp120,envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: Antibody PG16 Fab
      • タンパク質・ペプチド: antibody PG16 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody PG16 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / ENV / gp160 / PG16 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Pan J / Chen B
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI-100645 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI129721 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure of Full-length HIV-1 Env Bound With the Fab of Antibody PG16.
著者: Junhua Pan / Hanqin Peng / Bing Chen / Stephen C Harrison /
要旨: The HIV-1 envelope protein (Env) is the target of neutralizing antibodies and the template for vaccine immunogen design. The dynamic conformational equilibrium of trimeric Env influences its ...The HIV-1 envelope protein (Env) is the target of neutralizing antibodies and the template for vaccine immunogen design. The dynamic conformational equilibrium of trimeric Env influences its antigenicity and potential immunogenicity. Antibodies that bind at the trimer apex stabilize a "closed" conformation characteristic of the most difficult to neutralize isolates. A goal of vaccine development is therefore to mimic the closed conformation in a designed immunogen. A disulfide-stabilized, trimeric Env ectodomain-the "SOSIP" construct-has many of the relevant properties; it is also particularly suitable for structure determination. Some single-molecule studies have, however, suggested that the SOSIP trimer is not a good representation of Env on the surface of a virion or an infected cell. We isolated Env (fully cleaved to gp120 and gp41) from the surface of expressing cells using tagged, apex-binding Fab PG16 and determined the structure of the PG16-Env complex by cryo-EM to an overall resolution of 4.6 Å. Placing the only purification tag on the Fab ensured that the isolated Env was continuously stabilized in its closed, native conformation. The Env structure in this complex corresponds closely to the SOSIP structures determined by both x-ray crystallography and cryo-EM. Although the membrane-interacting elements are not resolved in our reconstruction, we can make inferences about the connection between ectodomain and membrane-proximal external region (MPER) by reference to the published cryo-tomography structure of an Env "spike" and the NMR structure of the MPER-transmembrane segment. We discuss these results in view of the conflicting interpretations in the literature.
履歴
登録2019年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月25日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ulc
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 gp160 bound to PG16 Fab, recommended contour level (absolute as displayed in Chimera): 0.01-0.03
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 192 pix.
= 314.88 Å		1.64 Å/pix.
x 192 pix.
= 314.88 Å		1.64 Å/pix.
x 192 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.032849714 - 0.08716195
平均 (標準偏差)0.000115782364 (±0.0034224354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0330.0870.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 GP160 trimer:PG16 Fab complex

全体名称: HIV-1 GP160 trimer:PG16 Fab complex
要素
  • 複合体: HIV-1 GP160 trimer:PG16 Fab complex
    • 複合体: HIV envelope glycoprotein GP160 (mature)
      • タンパク質・ペプチド: envelope glycoprotein gp120,envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: Antibody PG16 Fab
      • タンパク質・ペプチド: antibody PG16 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody PG16 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 GP160 trimer:PG16 Fab complex

超分子名称: HIV-1 GP160 trimer:PG16 Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: recombinant protein complex of mature HIV-1 gp160 (cleaved into the receptor/coreceptor binding domain gp120 and the fusogen domain gp41) and antibody PG16 Fab fragment
分子量理論値: 530 KDa

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超分子 #2: HIV envelope glycoprotein GP160 (mature)

超分子名称: HIV envelope glycoprotein GP160 (mature) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: cleaved form consisting of receptor binding domain GP120 and fusogenic domain GP41
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: Antibody PG16 Fab

超分子名称: Antibody PG16 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: envelope glycoprotein gp120,envelope glycoprotein gp120

分子名称: envelope glycoprotein gp120,envelope glycoprotein gp120
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.173941 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRVRGIQRNC QHLWRWGTLI LGMLMICSAA ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPTDPNP QEIYMENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPCV QLTPLCVTLD CSYNITNNIT NSITNSSVNM REEIKNCSFN M TTELRDKN ...文字列:
MRVRGIQRNC QHLWRWGTLI LGMLMICSAA ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPTDPNP QEIYMENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPCV QLTPLCVTLD CSYNITNNIT NSITNSSVNM REEIKNCSFN M TTELRDKN RKVYSLFYKL DVVQINNGNN SSNLYRLINC NTSALTQACP KVTFEPIPIR YCAPAGYAIL KCNDKEFNGT GL CKNVSTV QCTHGIRPVV STQLLLNGSL AEGKVMIRSE NITNNVKNII VQLNETVTIN CTRPNNNTRK SVRIGPGQTF YAT GDIIGD IRQAHCNVSG SQWNRALHQV VGQLREYWNT TIIFKNSSGG DLEITTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSNWTH NDTA SMKPN DTITLPCRIK QIINMWQRVG QAIYAPPIQG VIRCESNITG LILTRDGGGN INESQIFRPG GGDMRDNWRS ELYKY KVVR IEPLGVAPTK AKRRVVEREK R

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 40.404629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVVELGAVFI GFLGTAGSTM GAASITLTVQ VRKLLSGIVQ QQSNLLRAIE AQQHLLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCS GKLICTTNVP WNSSWSNKSE REIWENMTWL QWDKEISNYT HIIYELIEES QKQQEKNEQE LLELDKWANL W NWFDISNW ...文字列:
AVVELGAVFI GFLGTAGSTM GAASITLTVQ VRKLLSGIVQ QQSNLLRAIE AQQHLLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCS GKLICTTNVP WNSSWSNKSE REIWENMTWL QWDKEISNYT HIIYELIEES QKQQEKNEQE LLELDKWANL W NWFDISNW LWYIKIFIMI VGGLIGLRIV FAVLSVINRV RQGYSPLSFQ TLTPNPRDPD RPGRIEGEGG EQDRGRSIRL VS GFLALAW DDLRNLCLSS YHQLRDFILI VARTVELLGH SSLKGLRLGW EGLKYLGNLL LYWGRELKTS AINLFDTIAI VVA GWTDRV IEVGQRLGRA ILNIPRRIRQ GLERALL

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: antibody PG16 Fab heavy chain

分子名称: antibody PG16 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.952703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFGLSWVFL VALLRGVQCQ EQLVESGGGV VQPGGSLRLS CLASGFTFHK YGMHWVRQAP GKGLEWVALI SDDGMRKYHS DSMWGRVTI SRDNSKNTLY LQFSSLKVED TAMFFCAREA GGPIWHDDVK YYDFNDGYYN YHYMDVWGKG TTVTVSSAST K GPSVFPLA ...文字列:
MEFGLSWVFL VALLRGVQCQ EQLVESGGGV VQPGGSLRLS CLASGFTFHK YGMHWVRQAP GKGLEWVALI SDDGMRKYHS DSMWGRVTI SRDNSKNTLY LQFSSLKVED TAMFFCAREA GGPIWHDDVK YYDFNDGYYN YHYMDVWGKG TTVTVSSAST K GPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CN VNHKPSN TKVDKRVEPK SCDKASGGGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK

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分子 #4: antibody PG16 Fab light chain

分子名称: antibody PG16 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.424229 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAWALLLLTL LTQGTGSWAQ SALTQPASVS GSPGQTITIS CNGTSSDVGG FDSVSWYQQS PGKAPKVMVF DVSHRPSGIS NRFSGSKSG NTASLTISGL HIEDEGDYFC SSLTDRSHRI FGGGTKVTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI S DFYPGAVT ...文字列:
MAWALLLLTL LTQGTGSWAQ SALTQPASVS GSPGQTITIS CNGTSSDVGG FDSVSWYQQS PGKAPKVMVF DVSHRPSGIS NRFSGSKSG NTASLTISGL HIEDEGDYFC SSLTDRSHRI FGGGTKVTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI S DFYPGAVT VAWKADSSPV KAGVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHKSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECSGGS GG HHHHHHH HHH

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 44 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
0.05 %H(C2H4O)nO(C6H4)C9H19NP40
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: 4.2 second blot before plunging.
詳細This sample was monodisperse (stoichiometry of 3:1 gp160:Fab).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8138 / 平均露光時間: 0.125 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 30488 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: de novo initial model generated using e2initialmodel.py from selected 2D class images
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4) / 使用した粒子像数: 492995
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: from 2D classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 82165 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 300
得られたモデル

PDB-6ulc:
Structure of full-length, fully glycosylated, non-modified HIV-1 gp160 bound to PG16 Fab at a nominal resolution of 4.6 Angstrom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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