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- EMDB-20631: Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20631
タイトルComposite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータComposite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii
試料
  • 複合体: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
    • タンパク質・ペプチド: x 38種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / membrane-bounded organelle / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / establishment of protein localization to organelle ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / membrane-bounded organelle / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / intracellular organelle / misfolded protein binding / negative regulation of microtubule depolymerization / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / microtubule associated complex / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / chaperone cofactor-dependent protein refolding / mitotic cytokinesis / cilium assembly / alpha-tubulin binding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / ciliary basal body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / cilium / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / microtubule cytoskeleton organization / unfolded protein binding / mitotic cell cycle / protein refolding / microtubule / calmodulin binding / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cilia- and flagella-associated protein 53 / : / : / ODAD1 central coiled coil region / Protein Flattop / Nucleoside diphosphate kinase 7 / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Piercer of microtubule wall 1/2 / Cilia- and flagella-associated protein 141 ...: / Cilia- and flagella-associated protein 53 / : / : / ODAD1 central coiled coil region / Protein Flattop / Nucleoside diphosphate kinase 7 / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Piercer of microtubule wall 1/2 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / NDPK7, second NDPk domain / Cilia- and flagella- associated protein 210 / CFAP53/TCHP / Trichohyalin-plectin-homology domain / Trichohyalin-plectin-homology domain / Piercer of microtubule wall 1/2 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / RIB43A / RIB43A / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / : / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / EF-hand domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / TPH domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein ...Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / TPH domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 53 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Protein Flattop homolog / Flagellar associated protein / Predicted protein / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Outer dynein arm protein 1 / Nucleoside diphosphate kinase / Flagellar associated protein / Parkin-co-regulated gene product / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Outer dynein arm-docking complex protein DC3 / Protofilament ribbon protein of flagellar microtubules / Coiled-coil protein associated with protofilament ribbons
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ma M / Stoyanova M / Rademacher G / Dutcher SK / Brown A / Zhang R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM032843 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structure of the Decorated Ciliary Doublet Microtubule.
著者: Meisheng Ma / Mihaela Stoyanova / Griffin Rademacher / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang /
要旨: The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility ...The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility require a radially arranged set of doublet microtubules, each decorated in repeating patterns with non-tubulin components. We use single-particle cryo-electron microscopy to visualize and build an atomic model of the repeating structure of a native axonemal doublet microtubule, which reveals the identities, positions, repeat lengths, and interactions of 38 associated proteins, including 33 microtubule inner proteins (MIPs). The structure demonstrates how these proteins establish the unique architecture of doublet microtubules, maintain coherent periodicities along the axoneme, and stabilize the microtubules against the repeated mechanical stress induced by ciliary motility. Our work elucidates the architectural principles that underpin the assembly of this large, repetitive eukaryotic structure and provides a molecular basis for understanding the etiology of human ciliopathies.
履歴
登録2019年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u42
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6u42
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20631.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.403 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.042245477 - 0.1224482
平均 (標準偏差)0.0015316993 (±0.006318955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 718.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4031.4031.403
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z718.336718.336718.336
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0420.1220.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20631_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat...

ファイルemd_20631_half_map_1.map
注釈Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii (half map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat...

ファイルemd_20631_half_map_2.map
注釈Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii (half map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • 複合体: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: PACRG
    • タンパク質・ペプチド: FAP20
    • タンパク質・ペプチド: FAP53
    • タンパク質・ペプチド: FAP127
    • タンパク質・ペプチド: RIB43a
    • タンパク質・ペプチド: FAP112
    • タンパク質・ペプチド: FAP210
    • タンパク質・ペプチド: FAP45
    • タンパク質・ペプチド: RIB30
    • タンパク質・ペプチド: FAP363
    • タンパク質・ペプチド: FAP126
    • タンパク質・ペプチド: FAP52
    • タンパク質・ペプチド: FAP67
    • タンパク質・ペプチド: FAP85
    • タンパク質・ペプチド: FAP106
    • タンパク質・ペプチド: FAP115
    • タンパク質・ペプチド: FAP143
    • タンパク質・ペプチド: FAP161
    • タンパク質・ペプチド: FAP166
    • タンパク質・ペプチド: FAP252
    • タンパク質・ペプチド: FAP276
    • タンパク質・ペプチド: RIB72
    • タンパク質・ペプチド: FAP141
    • タンパク質・ペプチド: FAP222
    • タンパク質・ペプチド: FAP95
    • タンパク質・ペプチド: FAP182
    • タンパク質・ペプチド: FAP129
    • タンパク質・ペプチド: FAP21
    • タンパク質・ペプチド: FAP273
    • タンパク質・ペプチド: FAP107
    • タンパク質・ペプチド: RIB21
    • タンパク質・ペプチド: DC1
    • タンパク質・ペプチド: DC2
    • タンパク質・ペプチド: DC3
    • タンパク質・ペプチド: FAP68
    • タンパク質・ペプチド: FAP90
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#38
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-125

+
分子 #1: Tubulin beta

分子名称: Tubulin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 170 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.665809 KDa
配列文字列: MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS ...文字列:
MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE CMVLDNEALY DICFRTLKLT TPTFGDLNHL ISAVMSGITC CL RFPGQLN ADLRKLAVNL IPFPRLHFFM VGFTPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMWDAK NMMCAADPRH GRYLTASALF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKSSVCDI PPKGLKMSAT FIGNSTAIQE MFKRVSEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDASAEEEGE FEGEEEEA

+
分子 #2: Tubulin alpha

分子名称: Tubulin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 170 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.638008 KDa
配列文字列: MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG ...文字列:
MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG FTVYPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRSLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDITEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNAAFE PASMMVKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNASVATIK TKRTIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MISNSTAIGE IFSRLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDFEEV GAESAEGAGE GEGEEY

+
分子 #3: PACRG

分子名称: PACRG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 34.215148 KDa
配列文字列: MNGDVAGSLF TSTYRNVKLA GKAPPAANLS GTGSCFDTTS LSPARAGAHK ALDVQKDELP VWSKSTLSYK YPAGRPNPTG FLKKGDGEM IKTKTGGFEE RKPSPPQAGA YKRRENPPNT AFRRFYERGD LPIAVDHRGS KNMIAWKVDI EKLDYHHYLP I FFDGIRET ...文字列:
MNGDVAGSLF TSTYRNVKLA GKAPPAANLS GTGSCFDTTS LSPARAGAHK ALDVQKDELP VWSKSTLSYK YPAGRPNPTG FLKKGDGEM IKTKTGGFEE RKPSPPQAGA YKRRENPPNT AFRRFYERGD LPIAVDHRGS KNMIAWKVDI EKLDYHHYLP I FFDGIRET QEPYRFLAVK GVEDMLRVGG SKILPVIPQL IIPIKTALNT RDHSVMCITL QLLQKLVLSA DLVGEALVPY YR QILPIFN LYKNKNKNLG DGIDYGQRNY DCLGELIADT LALFEQKGGD DAFINIKYMV PTYESSVNYA

+
分子 #4: FAP20

分子名称: FAP20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.193566 KDa
配列文字列: MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDSGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQVHAN C RIRRIYFS ...文字列:
MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDSGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQVHAN C RIRRIYFS DRLYSEEELP AEFKLFLPIQ KS

+
分子 #5: FAP53

分子名称: FAP53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 56.655496 KDa
配列文字列: MNKSRAPPDA RIQKMRELEE RLANLKADRK VEQKMVAVAE FEARTTKKIV GNLVQQRYDA LKARAEADLN ARRQRLADKL DAEDLAMRQ ELLASKKTPE QRRAELAERA RALAATREAE RQALASTLYE KAFIQSCDVL RDENSKRILY RTIEERNAQI E HKMAQRIM ...文字列:
MNKSRAPPDA RIQKMRELEE RLANLKADRK VEQKMVAVAE FEARTTKKIV GNLVQQRYDA LKARAEADLN ARRQRLADKL DAEDLAMRQ ELLASKKTPE QRRAELAERA RALAATREAE RQALASTLYE KAFIQSCDVL RDENSKRILY RTIEERNAQI E HKMAQRIM EAEEKRMWHE MSEVERQKME QRYLDDKRRD REKREEVLRI LDEQVRQVNA RRAEASMLRR AEIAELNATW RQ MAADQEA ADVQERENMK KLAAELQEFN RIKQMEISEA ERSERELDLK ILQEALSKEA ADEAAELAFR ERRREEMRRY REQ LALMME KEREETAERD ALILKAQLEQ EAKRDAELAA RDEARRQLMA QVDAIRQIQI QEKLAKRLER AEEKAFERAQ MAEE VAKAE SDAAAKDAAD RKAGIQRRLE LQTMMVAKAH MKAAELDEKL AEGEATKRVE DQFKAKVNQT LSSTDPPVWH GRRKF DW

+
分子 #6: FAP127

分子名称: FAP127 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 60.027434 KDa
配列文字列: MSACDCTCHD GGTRAPKRGH LARAVEQREA ARRIAEAAKS EINRYFNDQK VYDTVAANAV KDDFKRKGRE FKERASEAQM LESLYQSER QKTLNAIRAE EEERIAVAMA RKQQEKDRSE REVQRLREQS DELRSLAEKI RVARVNKERS DQLVEKKIIG E QQQEYDRA ...文字列:
MSACDCTCHD GGTRAPKRGH LARAVEQREA ARRIAEAAKS EINRYFNDQK VYDTVAANAV KDDFKRKGRE FKERASEAQM LESLYQSER QKTLNAIRAE EEERIAVAMA RKQQEKDRSE REVQRLREQS DELRSLAEKI RVARVNKERS DQLVEKKIIG E QQQEYDRA FNQFVAGAAA EAEAQEQENQ AKRREANVRA RMVLEEQMQE KAEAARLAEL EAVRERAMID EVVRRIMEED AA EMATKRQ RQEETKDFIS HFLEQQDELR RKEREAAAAE DKKIQEYWQS VREREREEAE RKAMRKEIAD RMYEKVKREM EAE MARREE EEELINMLRQ EELEAKRRQE DEDRKRKAEE SKEEMRRANE YQMKLKEERE AAFRAEEEAF RQRMLAKFAE DEKL EQMNA QKRRMRMAEH AREVQRLIDE KRQAFEAAKA REEAEDAAKR SEDDRVRGLV EEERKKLLRE AAELKDFLPR GVLRD QADV DFISNVLEEM ALNRAKATQG R

+
分子 #7: RIB43a

分子名称: RIB43a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 42.712711 KDa
配列文字列: MGRLVAQVPN EDPERLKRVL DAKWRTIGVD KETLELQAQE KKDREQAEKD RDEAFARLTA YFDDQLTLMQ QEADQIRKAY NHDTEAFRQ QQQLKHTRRE WDINRPDAKQ LDMPGRVGDD DNRLGPSSLQ KFDGEDLTAG DRKKAQIEQS VNWWAEQTAI R DALRAAEK ...文字列:
MGRLVAQVPN EDPERLKRVL DAKWRTIGVD KETLELQAQE KKDREQAEKD RDEAFARLTA YFDDQLTLMQ QEADQIRKAY NHDTEAFRQ QQQLKHTRRE WDINRPDAKQ LDMPGRVGDD DNRLGPSSLQ KFDGEDLTAG DRKKAQIEQS VNWWAEQTAI R DALRAAEK EAETAHAELV KYQDLLQQTA KSEEAAVRRE VARATADYNK RLAEEKRLRE YAAKQADLAA NMAEMEATIT SS FMTEDPN MAASSMSAYR VRKDHYKGMT ETEKQAILDA QLAQMEEKKA RRAQEQLENM MYARTQHDIQ RALQEQAQRV DDF KKAQMA RASEILKKQQ EEKAERDKHL ASLYRNKMAP EFFTQFGTSH R

+
分子 #8: FAP112

分子名称: FAP112 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 53.126352 KDa
配列文字列: MPSPAREKLM TIKAMEEAKG RSQHARAPAI FRDTALDTHK SIQPEYFGPS TVPEKKEFST RLSSGRTRSV TKHQRAAMEA LQRTSQMAG QGEVRTVFMP TAEQMPVCAA AGERRGNVAN SEWALLDTLE VNLYLNEKDA RLRSQKAVQQ TQRAILDTQV G MLAQAKLA ...文字列:
MPSPAREKLM TIKAMEEAKG RSQHARAPAI FRDTALDTHK SIQPEYFGPS TVPEKKEFST RLSSGRTRSV TKHQRAAMEA LQRTSQMAG QGEVRTVFMP TAEQMPVCAA AGERRGNVAN SEWALLDTLE VNLYLNEKDA RLRSQKAVQQ TQRAILDTQV G MLAQAKLA AETAKAAERV ELLATVAAHQ AEERQRAEEQ RAALTRLRTD REAMLAETRV QREAALSRKR EEEAKLVAAA QA QLEADRQ AAARKAAELK EQAAKTMADN EARLVARKAA EAAQRVADAE TTKRMIEMAE AQDRARDRNM KSFHDMIQAR ARG VGQKAV DDRRDRLERE ERLIAEAERA AAQREAERAA AEAERKARLK SDLVSGNEAL KRAKAEKLAV EREAEARERA AAEQ RVLAE KEAAERQMAG MRERATATKR FVAGQAAAVA ERAKTDDIFM SEQERLLNKR LLEQAVATVQ RPMQYSVKLY

+
分子 #9: FAP210

分子名称: FAP210 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 53.637711 KDa
配列文字列: MATYSVISKA QLDRIRDKVA PVGQDTFSEE RQRLKQLSDD RSSQWPNTLS AQRARKEKTR QERQAAEEAE RVELDRQEAE IRAEQRRIQ IERANKILFD ETDRVKGFHS KMLLSDVMHE NEQLKEIKRQ IEVLKRAQEQ AFVEQQRQAL EAAEAAEVRK L EDTRRRAM ...文字列:
MATYSVISKA QLDRIRDKVA PVGQDTFSEE RQRLKQLSDD RSSQWPNTLS AQRARKEKTR QERQAAEEAE RVELDRQEAE IRAEQRRIQ IERANKILFD ETDRVKGFHS KMLLSDVMHE NEQLKEIKRQ IEVLKRAQEQ AFVEQQRQAL EAAEAAEVRK L EDTRRRAM AQREVQLQQL EELKAKILGE RAADRTEGET LRRKALEEAD ELRRKEEARL AKQRQLADDT KAANAALQAF RL KEVERSK EQEAAMEAYA RKKQELADER ARREAEKRAA KDAERKRVAD MMESNYMAWH TKEEARLARD VAAAEQKAAA DEE ARRKRA ADLAVAIDQS RQAQLRAKAQ AKAAEKAEEA EYLSAWSTRT KQLKAEEDEE KLKRIAVGKQ LAAFQLRQAA IKAR KMADA RIAELQEAAQ LALSVAEEED IFLRYAHECI EEYRRQGKPT VPMELHLRKK TNLETMR

+
分子 #10: FAP45

分子名称: FAP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 59.041469 KDa
配列文字列: MPQTPPRSGG YRSGKQSYVD ESLFGGSKRT GAAQVETLDS LKLTAPTRTI SPKDRDVVTL TKGDLTRMLK ASPIMTAEDV AAAKREAEA KREQLQAVSK ARKEKMLKLE EEAKKQAPPT ETEILQRQLN DATRSRATHM MLEQKDPVKH MNQMMLYSKC V TIRDAQIE ...文字列:
MPQTPPRSGG YRSGKQSYVD ESLFGGSKRT GAAQVETLDS LKLTAPTRTI SPKDRDVVTL TKGDLTRMLK ASPIMTAEDV AAAKREAEA KREQLQAVSK ARKEKMLKLE EEAKKQAPPT ETEILQRQLN DATRSRATHM MLEQKDPVKH MNQMMLYSKC V TIRDAQIE EKKQMLAEEE EEQRRLDLMM EIERVKALEQ YEARERQRVE ERRKGAAVLS EQIKERERER IRQEELRDQE RL QMLREIE RLKEEEMQAQ IEKKIQAKQL MEEVAAANSE QIKRKEGMKV REKEEDLRIA DYILQKEMRE QSLAAEKERI AKE KEMETA RLRAMQERAA DKQSELDELR ARRYQEAKER EWRQKERAYA ERQASMQQEL ANARTAQQAS KLKQKAEMAR LEHD EFMRV LDVNRAKEYD ELQQTVNAMT LNSKYKEELL AQIQANEERR KRERSHYLEE GARLREAAEK ERQLLLQIKD RKLGE LESA GVPGKYRAEL EKMKIRS

+
分子 #11: RIB30

分子名称: RIB30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.859654 KDa
配列文字列: MLNVTGGRRP VASWRTPPGF LERLADAWPA VLDGAVEQAG GDPARVTRDS FLAALREALP GLSAAEDDYA RQVSLSVIQQ VRGSNVFFP DLDYLQAALL QGRVPPQELD QPRSTLSLAT FTTTTRSGTK SLDLFKTTGV TWKIPKGFLN RYNDCNHEVL R RAAALVGA ...文字列:
MLNVTGGRRP VASWRTPPGF LERLADAWPA VLDGAVEQAG GDPARVTRDS FLAALREALP GLSAAEDDYA RQVSLSVIQQ VRGSNVFFP DLDYLQAALL QGRVPPQELD QPRSTLSLAT FTTTTRSGTK SLDLFKTTGV TWKIPKGFLN RYNDCNHEVL R RAAALVGA RHDGARDVVA GVWGRVDVPT FVEACRQVLG EISADEEEYL IALASEQVQD GTAYIRDLPF LDKCIQNGKT PT SIKGPEL LPSIFLNDTT SGKTDGMTLR HTGGRIF

+
分子 #12: FAP363

分子名称: FAP363 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 43.879367 KDa
配列文字列: MLPTDTMKGT FAPGTTKRKT VNMYDTQSST FQPRPEGPFE AEHITDQPAA HEHFDTTREI KLKDPKGMDL PATSYVEHYP PKTALLPGE PLELALGGVP FTATSTYDNE FWNKPRAPRP VEPLTYTHRP GPMITRDTTN QDTYKPFEMA PQPGSMTGRP T RNATAPPP ...文字列:
MLPTDTMKGT FAPGTTKRKT VNMYDTQSST FQPRPEGPFE AEHITDQPAA HEHFDTTREI KLKDPKGMDL PATSYVEHYP PKTALLPGE PLELALGGVP FTATSTYDNE FWNKPRAPRP VEPLTYTHRP GPMITRDTTN QDTYKPFEMA PQPGSMTGRP T RNATAPPP AMPSIYDTTY RAHYIPKEGE PRVGPGTIPP KDPLPWLNDG TTYRNDYAPK GLALLAPADY DPYNPFPFGG TT EYRAEYP AKEADPQLPP LTGVRSREGL ELPLPRRSLG VEFVHKGVSD RYFVLIPRTL DSPCSARQVF TTVHDNQEQA CIL ILYGDD PVASNNTLLG QFDIVNIPPA PKDVPRIEVT FHLSRDMFLT VEARDLDTAR HKRWLQRGDI VVLRH

+
分子 #13: FAP126

分子名称: FAP126 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 15.435397 KDa
配列文字列:
MSRSYPGEQV EHAFNSKRLK NWEVPAVDKS QAISTSTGTR FGTLQPRSGR TQFIVDDNGH LKSGVPKLEK SAFNFTQTTP VFMDSAPRW PKENPTWPKN MKATMGYKGI QSNYLPTNTV TLKAVEVPGT TERNFNFM

+
分子 #14: FAP52

分子名称: FAP52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 68.546508 KDa
配列文字列: MAEPLVLNSV IGFGGAIENG LIAHPDGRTI IYPLGSTIVL RDRADPRSQE FLQGHSDKVS CLALSRSGRY LASGQITYMG FTADIIIWD LESKQLIHRM ALHKVKVQAL DFSCDERFLA SLGGQDDNAL VLWDVASGNA ICGSPCNTNF TNCVKFFNNS P DKLITAGN ...文字列:
MAEPLVLNSV IGFGGAIENG LIAHPDGRTI IYPLGSTIVL RDRADPRSQE FLQGHSDKVS CLALSRSGRY LASGQITYMG FTADIIIWD LESKQLIHRM ALHKVKVQAL DFSCDERFLA SLGGQDDNAL VLWDVASGNA ICGSPCNTNF TNCVKFFNNS P DKLITAGN FNMNVWTYDA GNNKLRPTDA TLGTLKRVFK SVVVDANDEY AYCGTTTGDV LQIALERVLF KNTGPAKGNV QM GVTATCE VPTGDILVGG GDGSLQVLRT VPEPSSTNPK LLRKMPALAG TKVEGAITSI ALADMNARGF TFFVGTAMCN IYK VTYEPA TSRLKEELVQ TAHNDKINGM AFPNEYSEVF ATCGTGFIRL WHLTTCRELL RIAVPNLECF CIAFTTDGSA ILSG WSDGK IRAFGPQSGK IIFTINDAHQ KAVTAIASTA DSSRILSGGE EGMVRVWRIG RTSQTLEASM KDHKGPVNCI RIKGS GDEC VSASSDGSCI LWDLHTFKRR TSLFANTFFK SVVYHPDESQ LVTAGTDRKV TYWDAYDGNA IRIIDGSDLD EVNALA VDR DGEALVSGGG DKLVKLWGYD EGHCYFVGVA HSGAITAVGV TPDKQRIVSV GTEGGIFIWD YQRPQTLADI

+
分子 #15: FAP67

分子名称: FAP67 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nucleoside-diphosphate kinase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 41.994797 KDa
配列文字列: MAANLRYCFI SEWLDPASGI LWKYQLFYYP ESKEVEMVDI KNRRHFLKRT KYEELKPSLL FLGSVVTVFS RQLKLTEYGD EFTRNRMES QSERTLAMIK PDAYKNMGKI INAICQSGFL ISKLRIGKLS KEEAGEFYAV HAGKPFVDRL TDFMSSGRVV A MELVAPGA ...文字列:
MAANLRYCFI SEWLDPASGI LWKYQLFYYP ESKEVEMVDI KNRRHFLKRT KYEELKPSLL FLGSVVTVFS RQLKLTEYGD EFTRNRMES QSERTLAMIK PDAYKNMGKI INAICQSGFL ISKLRIGKLS KEEAGEFYAV HAGKPFVDRL TDFMSSGRVV A MELVAPGA IRKWRELIGP TDSNQARAEA PGSLRAQFGT DKTFNACHGS DAPDTAAEEC NFWFGPGRYP GKCDLAAGTT LC LVKPHLV ADGAAGLVID LIQESFEVTA GGLYNLDRNA AAEFLEVYKG VLPAGDFNSM VEQLTSGACI ALEVADRDGA DAV EPFRQL AGPLDPELGR VLRPASLRAR FGLDAVRNGV HCTDLPEDGV LEVNYFFTIL PTAS

+
分子 #16: FAP85

分子名称: FAP85 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.228705 KDa
配列文字列: MSFFGLTSFG PQDPVKDRVK TSHEYVFHTF PIEHYTDTFT KYTIGDSDIS VALEVDGATH IVRAKLGDIL KDILGRQPRK HELDAWFTH LDFDRSGVMG IDEYIKGVER LLEFSATGVT PATYSSFDTQ RTDWVRHTRV GYEAQQTLRG PMTTAQEVGW H TAKPAPPE ...文字列:
MSFFGLTSFG PQDPVKDRVK TSHEYVFHTF PIEHYTDTFT KYTIGDSDIS VALEVDGATH IVRAKLGDIL KDILGRQPRK HELDAWFTH LDFDRSGVMG IDEYIKGVER LLEFSATGVT PATYSSFDTQ RTDWVRHTRV GYEAQQTLRG PMTTAQEVGW H TAKPAPPE TAQRRTLGST DVTQREGHTA ASYYGHFLG

+
分子 #17: FAP106

分子名称: FAP106 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.019803 KDa
配列文字列: MQEESVYALI PQPQEVPQRP AMHTSKFGGK THPAQFDFGQ NKVQPHATMG RPDGANGPAF LHAHEKEPKL PSPGPPSNPK QKIRPPVPA KEEKPTMGLT SNKNFITANA VDVILAKPGK VPQPEFQWTQ KPDYGKVPMY LKRNKDRVAK EKEHFTQYLR M REAPEANA ...文字列:
MQEESVYALI PQPQEVPQRP AMHTSKFGGK THPAQFDFGQ NKVQPHATMG RPDGANGPAF LHAHEKEPKL PSPGPPSNPK QKIRPPVPA KEEKPTMGLT SNKNFITANA VDVILAKPGK VPQPEFQWTQ KPDYGKVPMY LKRNKDRVAK EKEHFTQYLR M REAPEANA HVSQLSPEDR QQLVRHLKAK WGSVNTAYQG LSLSVDSAVK KGRKEAMERE LAEIERDIRT LERGEVVLVV DD

+
分子 #18: FAP115

分子名称: FAP115 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.647648 KDa
配列文字列: MVADVTLESA MKRLKQHVYK QRVRVKDFIM DFDKLNSGYV FPNHFLSALS MAGIDKYLSP KELEVICETY KVQRDATLVM VDHRTFLHE LELVFTVPHL EKDPLVEVAT EPADLLDKTR YLKSSRVLQP PEREEAVQAV ICRLSDVCYK RGQPVKAFFD D AARDDHSA ...文字列:
MVADVTLESA MKRLKQHVYK QRVRVKDFIM DFDKLNSGYV FPNHFLSALS MAGIDKYLSP KELEVICETY KVQRDATLVM VDHRTFLHE LELVFTVPHL EKDPLVEVAT EPADLLDKTR YLKSSRVLQP PEREEAVQAV ICRLSDVCYK RGQPVKAFFD D AARDDHSA KLFGHVTLPQ FRQVLTTKLD WVVSDPEVSL LAAKFLHEDK PEFINYIAFS CTVDPPERYY EQ

+
分子 #19: FAP143

分子名称: FAP143 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.21652 KDa
配列文字列: MAEETQPYTS YNKQDEVPTL IGNWVEEREL KELTGVTRNL AASQALKDTS DGTSPTRSLG DALTATHPRV IEHVQAQTHA ADWQSTVQA TYRPPSDATR NAAAYVNTSK MGPRERMLHE QLMREAQDLP PELQATLTGP AVPVTTASTY GADFHQHDLT G IVVGAKVM ...文字列:
MAEETQPYTS YNKQDEVPTL IGNWVEEREL KELTGVTRNL AASQALKDTS DGTSPTRSLG DALTATHPRV IEHVQAQTHA ADWQSTVQA TYRPPSDATR NAAAYVNTSK MGPRERMLHE QLMREAQDLP PELQATLTGP AVPVTTASTY GADFHQHDLT G IVVGAKVM KDRDGRPAVR DPTFLAETQM MKKDAADRLM GETARQSGAR DTTMLPNPDV PVTIYTEAVA NKTYGGVFPG TT TLNTAAP FGKSTNFSKP MSDYSKVVVD E

+
分子 #20: FAP161

分子名称: FAP161 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 42.849578 KDa
配列文字列: MRDTTKYNAS CLIGNWAEDR ELQRAILKDM LSKKGTGTLK LDAFRTRMAA ALSDLELTKV ADDPYIHFGD VVQLVHVDTG CVLAGDPAD ADTRTGESTC AATAAPDVRA PCPRNSLILL PYVPPKTATA LEPPYDDAIV HYGQKVRLAL HPGAAGDPVD S GGGPRPVC ...文字列:
MRDTTKYNAS CLIGNWAEDR ELQRAILKDM LSKKGTGTLK LDAFRTRMAA ALSDLELTKV ADDPYIHFGD VVQLVHVDTG CVLAGDPAD ADTRTGESTC AATAAPDVRA PCPRNSLILL PYVPPKTATA LEPPYDDAIV HYGQKVRLAL HPGAAGDPVD S GGGPRPVC LFSKPVSTTH AARYSRQQLV GFTARTDSFD CVWTVVTPDP AQRAAAEGVE VAAGAPVLLV HCATQKPLCL EA ARYPNDY GVELEVSARS ALGPGLKLAM EQMAMGVQKG FLPKGEQTDN YWTFVAGSKV EALPPPSAGG DEAYSFLDGL VLE LASRPG SLSLLERKLV TLENNQSLMS AEDFKLVLRQ VGSQLPEDGI AALLTRYAPA GSRPGTRLDA AAFRNDLRAA STAA GAR

+
分子 #21: FAP166

分子名称: FAP166 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.303205 KDa
配列文字列: MSLTLNGLDE SMRRMQGYEV TRAPEDVGNS IPNFKEGIFT YKGSRQAPWK SEQTHSFSLP NAYTARVLNG TIVHTGGATE MAITTHHTV ERPMMPPGTI RGSTWVKPQY IPTDDPALDE LHAVAYVVSP QLPALMDACN SYHLHSADGW ITTAGFMTAA R RAGLTLSR ...文字列:
MSLTLNGLDE SMRRMQGYEV TRAPEDVGNS IPNFKEGIFT YKGSRQAPWK SEQTHSFSLP NAYTARVLNG TIVHTGGATE MAITTHHTV ERPMMPPGTI RGSTWVKPQY IPTDDPALDE LHAVAYVVSP QLPALMDACN SYHLHSADGW ITTAGFMTAA R RAGLTLSR AEYLALERAL TKDTMGRINY LQLEALVQAV TAADQTGEGG AEPAAE

+
分子 #22: FAP252

分子名称: FAP252 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.507379 KDa
配列文字列: MSGSTTKVPF TEPEWKIPGY TGYVQGLQET YKKTPVMAQL ETKDPSPESF IYTRTQTAPK PSPVRDPCNN PENFKKPQPG NLWPALQET AIQASFKPPT SNIALGDERI IPFRTSYGVD FKAPFNGTEQ LRSPNRNEDL VKTTSSLTNI YKSSFNRVGE K RLQKMIST ...文字列:
MSGSTTKVPF TEPEWKIPGY TGYVQGLQET YKKTPVMAQL ETKDPSPESF IYTRTQTAPK PSPVRDPCNN PENFKKPQPG NLWPALQET AIQASFKPPT SNIALGDERI IPFRTSYGVD FKAPFNGTEQ LRSPNRNEDL VKTTSSLTNI YKSSFNRVGE K RLQKMIST MRERMEAKLG NSNNNAFRMR KLFKMYDNDG SGRVHFEDFR NMAETFGMQL DDDSLMALYF VYDPEGSGYL EY EALVAQL MSPSDFAFYK GYVDYSQDKA DEARRVELLS QLKKKIGPVA GDLERLLKAF DSAGNGQVSR HDLVAGCASV GVV LGDKDF ETLAPVMTYN SDGLIDYAAF CAVFNS

+
分子 #23: FAP276

分子名称: FAP276 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.073385 KDa
配列文字列:
MDLKQQVKNY TMTIRNTRPP TMIKEQDKSE FSHFRALQVL ANGDEVPYEA TLRNVIHDGA RQPKLPPRQT QKHPGYIRNE SGGFFTS

+
分子 #24: RIB72

分子名称: RIB72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 72.082609 KDa
配列文字列: MSGGAPPIPK LPGYTVCLPQ SLSDKGFKKG QTLTYVNGYQ REDALAQVKD LPERIAQATD GALASGAMGT GVLPASMMQD TATKLPQWV ENDRKVLRFY GYFKESVVES NMENHRIRKV ILYYYLEDDS MHVAEPRQDN SGIPQGVFIK RHRVTRDDGS F FNPGDFSV ...文字列:
MSGGAPPIPK LPGYTVCLPQ SLSDKGFKKG QTLTYVNGYQ REDALAQVKD LPERIAQATD GALASGAMGT GVLPASMMQD TATKLPQWV ENDRKVLRFY GYFKESVVES NMENHRIRKV ILYYYLEDDS MHVAEPRQDN SGIPQGVFIK RHRVTRDDGS F FNPGDFSV GDTVSIYGRN FYLVDADSFT REFMAARGKE QGGPLPYPGD PVDVYRATFG MNRGRAPQAR EDSPGSTTRR VN DFKAYVE ARLGKPSHLL DGDRLRQFLE NNKKVLRFWC VWDERTTMYG DRRPYVLHYY LEDDSVEVLE INENNSGRDP FPV FLKRGP LPKVAVKTNT TLNPKFRKDQ CYNAGDFRLG LFINVLGRDF YLHDADTFTK QWYKDNLGYT DEEMSPVDVK EPIL PKPRA AVPPFNGYGT IEDSLQNCLS LVPKPPKRDL HKLMNKDKII LRFVVKMVDT DTHKHSATDL ARRFILSYFM MDDSN LIFE PPVRNTGIAG GKFLERQKIY KPRSEEIYTY LDLYVGATIE VFNRTFELLE ADEYTLTYME NYKDIFVMAD TDVLIR SLK AQVSGKEDAV RSSVIAADKS GSGALTGDDL EAGLQSAGLK FTRHQAISLK RRLDKNKTGT ISIEEFLGLL GL

+
分子 #25: FAP141

分子名称: FAP141 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 12.740544 KDa
配列文字列:
MSYMPRNVRE TVERNEMYAR LQKQNKEELR TAIIAQWTER DLQRPPPSTG LTKASITLAG TSSDRDAGIK SGVQTVKAAR QARLRELFE REALMYEKEL NARGLSLVKP RD

+
分子 #26: FAP222

分子名称: FAP222 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 15.920962 KDa
配列文字列:
MATNSTGPWA TGTFSPNSTG TVTQYNHPMF VSQRLTGNFT SQFEMNSLPS HKYETLPIRS GHLPGYQGHV PGGVGAIAQR KPAAAMHTM THLATSGSLP KGSPQTDMSL VDLRPEQRSM AKVYMYAEGA KTSFLKFPTP KTFDHRN

+
分子 #27: FAP95

分子名称: FAP95 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.576527 KDa
配列文字列: MAAYAHNDGA PDISQAFQNT VLVKNWYEDR FQSQVASATG RTLRELPTHE RVVHKAVPPG HPGLFQTTKQ AAEEKLLTTP PPAKVKKPS MYTEANVAER LQTYGLADNI HYTIGPNAAT EASWAPVHNL TTTNKEFYEI KPEAARAADP DTFRASGPSP F AKTGFCAK ...文字列:
MAAYAHNDGA PDISQAFQNT VLVKNWYEDR FQSQVASATG RTLRELPTHE RVVHKAVPPG HPGLFQTTKQ AAEEKLLTTP PPAKVKKPS MYTEANVAER LQTYGLADNI HYTIGPNAAT EASWAPVHNL TTTNKEFYEI KPEAARAADP DTFRASGPSP F AKTGFCAK SVKGEASDET TVAGGKGARG EITRRPGESG NPYGVSVFVD EYGKWGSAIQ GMPLTETRAR MQTKYFP

+
分子 #28: FAP182

分子名称: FAP182 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 48.843969 KDa
配列文字列: MAQVAAVIVA TSTGRTLADE LSSRGSYTHL IEGPDGVPKV LLGVNGQPVL NHWLAAIKAV PRLTPIEEKV FILCNENNVE HVRAWAADP RTSLGGFPLD NVLTNGSDDS LGFAGDLAAF LAAAPPAAQL SSASLVVVEG DGLVGPGFGL SRVVEHTVVR G KDTLTYMA ...文字列:
MAQVAAVIVA TSTGRTLADE LSSRGSYTHL IEGPDGVPKV LLGVNGQPVL NHWLAAIKAV PRLTPIEEKV FILCNENNVE HVRAWAADP RTSLGGFPLD NVLTNGSDDS LGFAGDLAAF LAAAPPAAQL SSASLVVVEG DGLVGPGFGL SRVVEHTVVR G KDTLTYMA APEGMPLEGQ AVLGLEDAAN AYQTASQRVE GLDAAANGIA DPMAFTPVLA PVAVLRPETV ARAAGSAGAG PS PYGTCGL GYMLAGLRPG DVAHPPMYAM PVDSCFRLGD AYSLQLASNF FAYYATEKAG GKGEAAKALD AARRLAQLNE ART MAGGSL AGAVKLVREV ESARPPEPCV DAAQRKLYNA FFQSWLAGDR HHDVGATVGR GGVSAAGGGD GAGAGLPLRF ADVT TRKHN PKQQHPVYQT SNSIYGAKAP SQLDMPLSYS SSSQAFTRAF PVTAAKNSCM VTSVTRSNVH KALDDF

+
分子 #29: FAP129

分子名称: FAP129 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 51.330992 KDa
配列文字列: MVHKGPNQAG NKGLLTYNNA VGIPGYTGFM PSTNALALPV KGFEHTGRPA ASAEVEKLTV KSVDPRKTSQ YADDYHKKPA DTKAFSKTG GGYWISQRVL PPHTAFTATT TYRAETLNAE PNTAAILDRS QGLASTLVGY EAARQAGEVR RSISADPRAR A EDTARGIG ...文字列:
MVHKGPNQAG NKGLLTYNNA VGIPGYTGFM PSTNALALPV KGFEHTGRPA ASAEVEKLTV KSVDPRKTSQ YADDYHKKPA DTKAFSKTG GGYWISQRVL PPHTAFTATT TYRAETLNAE PNTAAILDRS QGLASTLVGY EAARQAGEVR RSISADPRAR A EDTARGIG TQTVLGRPGS GGNTSILATV AAAAPSSPQA GSSVMVSSAR RPATVPTKYG ELPGYQTTYG AATDKMARMQ AD NELNGTG SFAPSNMGDP RFKTLPRVMN PGMGRNYSSY VAEYGGDGHD PMARQAANKD TMTRISVTRD LAGGTTRNVS HIP RYTGHI PASEYATPEA RAQGEAAEPR PDHKSQALTY TLDQYPRGRL PGYTGFKAQA PANIDAGLKH SMKLPCHSTT SGDA TLRGT QFGVPHQDHT HYINSRAGLN SFFSNSVVGT EFVSDNGLFN AQVYYKEAKS QGALGIKTAQ PSKLTHYGAP FRAAA SMV

+
分子 #30: FAP21

分子名称: FAP21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.657867 KDa
配列文字列: MSLTTQSLRR TNYEAEMTQP QIPPAGITGK LHETAKDALT WNDERPSTPD DIKKYRQSTV HEPGKIVRHP GHADDPVPQG PFGVKSAAS GGQNINEALK NYPDSELARW KLEQAEGVYA SAQREPLGAG YVRGHRLPEG LGSERPFGVT YDARGKDLSR Q AAAVIFPT ...文字列:
MSLTTQSLRR TNYEAEMTQP QIPPAGITGK LHETAKDALT WNDERPSTPD DIKKYRQSTV HEPGKIVRHP GHADDPVPQG PFGVKSAAS GGQNINEALK NYPDSELARW KLEQAEGVYA SAQREPLGAG YVRGHRLPEG LGSERPFGVT YDARGKDLSR Q AAAVIFPT DRPAEEDAAT RAMYTRSHQD FQPGEQRRRD YNWDAAGIDP AQHRFGAVDR NGVGDGVRKA LQPGLDPSLQ AP KVLPKLH EDFKATATDY LGRPRQLGTG DRPQLAPDHA FGQPSMRKGR EPGVGELLTG RFGADEQQPD ADLGKSLREG YRN QPKPGD EGRAFGVPTI RTDVRLPRLR SVANACNYGN EPDAGQVLRP PRAADLGISD EAFVALRPKS ELRQLVDEAG LALS DADFE AAWALAAEAD GGAAAAGEGG GAAEGPEGRA CVDTFFRARH HLLAQTLQIE PTF

+
分子 #31: FAP273

分子名称: FAP273 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 15.469539 KDa
配列文字列:
MSILGPADRR PELALTGTTI SHLKTWRTEY LDEYSDIKLA AGVPEQRMEM AGITAHIGTI TGRHTHMHKE TTRLPTGHPP SSTYRAQDA VPIGTMTRGT GTITKLGDSC LYDKEQTWAH WRVAVDGKPA DTRRKYRGVS

+
分子 #32: FAP107

分子名称: FAP107 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.937781 KDa
配列文字列: MQGDRWSRNC GSGGVGHSGT VNEYRSGVLI GNFVENAAKT TGRMGETILS HTGPGAQTGI PTTTQKRSYT AEGKTGEYLV EASTRHDLN QPGVKGELLT RHGRFDEPPV QCLGTTYQLT YGRADGTDRR VQSYLWHGRK QVDYFVPHST GGPSTLSLTA R KQQEWGTQ ...文字列:
MQGDRWSRNC GSGGVGHSGT VNEYRSGVLI GNFVENAAKT TGRMGETILS HTGPGAQTGI PTTTQKRSYT AEGKTGEYLV EASTRHDLN QPGVKGELLT RHGRFDEPPV QCLGTTYQLT YGRADGTDRR VQSYLWHGRK QVDYFVPHST GGPSTLSLTA R KQQEWGTQ GATDAYLTTK MAATQPAALA TAENPTRTQT LRPLGDSGLM PQPGQKPKGF ARDELDKPHH RTGLRVNYRS

+
分子 #33: RIB21

分子名称: RIB21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.949049 KDa
配列文字列: MDATTKTLKS TTRVDNSTNP NFKHTSTFHT RGQWTPESPP PLTSTYTIFH GERPELPRYV PKYAVSPETA ALTSRHGSSP YSFRATAER AGSTPDGRAT YRFSGLPAGV SPYSTGTKLS SSTLGSSGLP PVQYKSYLTE YVDEYREPLE QLDTQRSLTL K YGTTGGYR ...文字列:
MDATTKTLKS TTRVDNSTNP NFKHTSTFHT RGQWTPESPP PLTSTYTIFH GERPELPRYV PKYAVSPETA ALTSRHGSSP YSFRATAER AGSTPDGRAT YRFSGLPAGV SPYSTGTKLS SSTLGSSGLP PVQYKSYLTE YVDEYREPLE QLDTQRSLTL K YGTTGGYR TTQRSTRSDG QPKYQTRVVA F

+
分子 #34: DC1

分子名称: DC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 83.51818 KDa
配列文字列: MAQKSTLKLP RLRTKEELLK TSPELCKLLG EDSDDGRSMS PFTAPPPAGT VKPPSRGLPA VSTKATKGPG MDTPRGLGEE ELTEEELLR LELEKIKNER QVLLDSIKLV KAQAGTAGGE AQQNDIKALR RELELKKAKL NELHEDVRRK ENVLNKQRDD T TDASRLTP ...文字列:
MAQKSTLKLP RLRTKEELLK TSPELCKLLG EDSDDGRSMS PFTAPPPAGT VKPPSRGLPA VSTKATKGPG MDTPRGLGEE ELTEEELLR LELEKIKNER QVLLDSIKLV KAQAGTAGGE AQQNDIKALR RELELKKAKL NELHEDVRRK ENVLNKQRDD T TDASRLTP GELSEEQAYI QQLQDEMKQI DEELVEAEAK NRLYYLLGER TRREHLAMDM KVRASQQLKK DSADDLYTLT AH FNEMRAA KEQAERELAR MKRMLEETRV DWQKKLRERR REVRELKKRQ QKQLERERKM REKQLERERQ ERELQAKLKM EQD SYEMRV AALAPKVEAM EHSWNRIRTI SGADTPEEVL AYWEGLKAKE EQMRSLVSLA EQRESSAKSE IAALLENRSG MYEK GSAAA ADVGEGSEER ATLITEVERN MEGAKGKFNK LRSVCIGAEQ GLRSLQERLM IALEEIHPDQ LRASHMKGGH DAKAR GKGA ASAGARRGSA HAHTPDRNKR GPATGSRSQS PALVPHSPAG DKPSSPLHGT SPEHGHEPIP EGAEELAGEA EMVSPL GAD GNTIDDEHFF PELPELLTSV TDRLNRVLVL AAELDAQEPA GAGEDGLPLS GEPGADGAEG AAPASPSRGA PEGLSES ER TLVKGMNRRT WTGAPLLETI NASPSEAALT LNIKRKKGKK KEQQVQPDLN RILGYTGSDV EEEEPESEEE TEEEANKD D GVVDRDYIKL RALKMSQRLA NQQRAIKV

+
分子 #35: DC2

分子名称: DC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 62.292305 KDa
配列文字列: MPSADATRGG GSAGSMGKGT LGAGDTLGHK SVLDKQRAAI EKLRAQNEQL KTELLLENKF SVRPGDPFAQ ALINRLQDEG DMLARKIVL EMRKTKMLDQ QLSEMGSTLT TTRNNMGGIF SAKEQSTAVQ KRIKLLENRL EKAYVKYNQS ITHNKQLRES I NNLRRERI ...文字列:
MPSADATRGG GSAGSMGKGT LGAGDTLGHK SVLDKQRAAI EKLRAQNEQL KTELLLENKF SVRPGDPFAQ ALINRLQDEG DMLARKIVL EMRKTKMLDQ QLSEMGSTLT TTRNNMGGIF SAKEQSTAVQ KRIKLLENRL EKAYVKYNQS ITHNKQLRES I NNLRRERI MFESIQSNLE RELAKLKRDM ADMIQQANGA FEAREKAIGE MNALKAQADK EQQGFEEEWR QLTTIIEEDK KE RERARAQ ELAMRERETQ ELLKMGTLSS AEKKKRITKG SWNVGYNKAM AQNVAAEKVE MYGQAFKRIQ DATGIEDIDQ LVN TFLAAE DQNYTLFNYV NEVNQEIEKL EDQINIMRGE INKYRETGRE LDMTKSRELT EEEARLAASE AQSQLYEKRT DSAL SMTTA LKAGINDLFE RIGCNTPAVR DLLGEEGVTE ANLTAYLGII EQRTNEILQI YAKRKAQQGT DGLAEALLAQ PLTQP GNRI IIEPPSTTQE EEVEGLEPEP VEEDRPLTRE HLESKVQRTL PRKLETAIKV RPAGADATGG KRGSPTRR

+
分子 #36: DC3

分子名称: DC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.371311 KDa
配列文字列:
MASAAARERY ARKNEQNELE RAFNTIDSKG DKKIDAEELT ELFLRLGHKP KRGEVEDMIW EVDEDCDGCI SLLEFQTLYT RCRDDKTGY EPRGLFNVVE FVMNDKNNQG FITLEEAMQI MYLRYGRAEL DMQLEQVFGT ADLNSGKILT LTEFLHCLHT N QVKQLLNR VTAKTYKAPP PPQKRK

+
分子 #37: FAP68

分子名称: FAP68 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 35.568691 KDa
配列文字列: MGAANENIHM TDGIRRETMK KETLARERSL AAQSPYMAQV ATYRARNPPL DHSRLMQDPK VQDWASIAGT RRSLATNVPD GGPRVNVNL LKYKRDADFI STTPYDGGPS YNAETCMQNW AEDRRDKHYK SGFHPKELRR STRYDSEYSA RFKPTSADYV G RLTHTYNT ...文字列:
MGAANENIHM TDGIRRETMK KETLARERSL AAQSPYMAQV ATYRARNPPL DHSRLMQDPK VQDWASIAGT RRSLATNVPD GGPRVNVNL LKYKRDADFI STTPYDGGPS YNAETCMQNW AEDRRDKHYK SGFHPKELRR STRYDSEYSA RFKPTSADYV G RLTHTYNT TSRFEGLTRV GTNGIAAPVL PKRSADTSGE HVFYAKDGYG PTPWMDHTAP TARGRFWVGT APHVAHDTIT HS TLRSEPL EFQQRCPTED ARSKILMGNK PLTHESDRTL RIRDDLVATN TFTRTWRTMY QSDHVDFSRR PATVR

+
分子 #38: FAP90

分子名称: FAP90 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.760064 KDa
配列文字列: MNNNKLDEAA ILAGCKGVFS KTSYITHTGQ EGKAEEYEKK GGHRSAFAGK QLATAPLKEG KTVDVYFTKK HDWISDKDPY VDRIRYKDS NQEKKKGFYT SDFSKRDEFT NTIRTEQWRE QLKGENTHAK KALDMFAEAT GLEASQLRTS RKMEPEVFMY D QVFEKEDP ...文字列:
MNNNKLDEAA ILAGCKGVFS KTSYITHTGQ EGKAEEYEKK GGHRSAFAGK QLATAPLKEG KTVDVYFTKK HDWISDKDPY VDRIRYKDS NQEKKKGFYT SDFSKRDEFT NTIRTEQWRE QLKGENTHAK KALDMFAEAT GLEASQLRTS RKMEPEVFMY D QVFEKEDP GFDGASRTHR DTKNKTMLSR DRANGEMMTT TALAFQAPDE HHKPEHARKP LVRETFFRKT NVFFPEGCAA DP ST

+
分子 #39: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 170 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #40: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 170 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #41: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 170 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: HMDEKP
詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EGTA, 25 mM KCl, PH 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope is equipped with a Cs corrector
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 8314 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 38.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細The movies were drift-corrected using UCSF MotionCorr2
粒子像選択詳細: doublet microtubules were manually selected
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8537

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 143765
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 300
Projection matching processing - Angular sampling: 4.0 degrees
ソフトウェア - 名称: EMAN
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 50
得られたモデル

PDB-6u42:
Natively decorated ciliary doublet microtubule

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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