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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20508 | |||||||||
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タイトル | MscS Nanodisc with N-terminal His-Tag | |||||||||
マップデータ | MscS ND with N-terminal His-Tag | |||||||||
試料 |
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キーワード | MscS / Nanodisc / Mechanosensitive Channel of Small Conductance / Mechanosensitive / Channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Reddy BG / Perozo E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Molecular basis of force-from-lipids gating in the mechanosensitive channel MscS. 著者: Bharat Reddy / Navid Bavi / Allen Lu / Yeonwoo Park / Eduardo Perozo / 要旨: Prokaryotic mechanosensitive (MS) channels open by sensing the physical state of the membrane. As such, lipid-protein interactions represent the defining molecular process underlying ...Prokaryotic mechanosensitive (MS) channels open by sensing the physical state of the membrane. As such, lipid-protein interactions represent the defining molecular process underlying mechanotransduction. Here, we describe cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the small-conductance mechanosensitive channel (MscS) in nanodiscs (ND). They reveal a novel membrane-anchoring fold that plays a significant role in channel activation and establish a new location for the lipid bilayer, shifted ~14 Å from previous consensus placements. Two types of lipid densities are explicitly observed. A phospholipid that 'hooks' the top of each TM2-TM3 hairpin and likely plays a role in force sensing, and a bundle of acyl chains occluding the permeation path above the L105 cuff. These observations reshape our understanding of force-from-lipids gating in MscS and highlight the key role of allosteric interactions between TM segments and phospholipids bound to key dynamic components of the channel. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20508.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20508-v30.xml emd-20508.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20508_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20508.png | 121.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20508.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_20508_half_map_1.map.gz emd_20508_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20508 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20508 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20508_validation.pdf.gz | 722 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20508_full_validation.pdf.gz | 721.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20508_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20508_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20508 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20508 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6pwnMC 6pwoC 6pwpC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10496 (タイトル: MscS Nanodisc with N-terminal His-Tag / Data size: 762.3 Data #1: MscS Nanodisc with N-terminal His-Tag [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20508.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MscS ND with N-terminal His-Tag | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Unfiltered Half Map 2
ファイル | emd_20508_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered Half Map 1
ファイル | emd_20508_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mechanosensitive Channel of Small Conductance
全体 | 名称: Mechanosensitive Channel of Small Conductance |
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要素 |
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-超分子 #1: Mechanosensitive Channel of Small Conductance
超分子 | 名称: Mechanosensitive Channel of Small Conductance / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Small-conductance mechanosensitive channel
分子 | 名称: Small-conductance mechanosensitive channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 33.094258 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFL SALVRYGIIA FTLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG G VAGTVLSV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFL SALVRYGIIA FTLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG G VAGTVLSV QIFSTTMRTA DGKIIVIPNG KIIAGNIINF SREPVRRNEF IIGVAYDSDI DQVKQILTNI IQSEDRILKD RE MTVRLNE LGASSINFVV RVWSNSGDLQ NVYWDVLERI KREFDAAGIS FPYPQMDVNF KRVKEDKAA UniProtKB: Small-conductance mechanosensitive channel |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: HEXADECANE
分子 | 名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: R16 |
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分子量 | 理論値: 226.441 Da |
Chemical component information | ChemComp-R16: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 22C. Blot Force 3 for 3 seconds. Double application with a blotting between applications.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6pwn: |