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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20475 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of proteinase K recorded on Falcon III | |||||||||
マップデータ | Proteinase K recorded on Falcon III | |||||||||
試料 |
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キーワード | Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Parengyodontium album (菌類) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hattne J / Martynowycz MW | |||||||||
引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: MicroED with the Falcon III direct electron detector. 著者: Johan Hattne / Michael W Martynowycz / Pawel A Penczek / Tamir Gonen / 要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) combines crystallography and electron cryo-microscopy (cryo-EM) into a method that is applicable to high-resolution structure determination. In MicroED, ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) combines crystallography and electron cryo-microscopy (cryo-EM) into a method that is applicable to high-resolution structure determination. In MicroED, nanosized crystals, which are often intractable using other techniques, are probed by high-energy electrons in a transmission electron microscope. Diffraction data are recorded by a camera in movie mode: the nanocrystal is continuously rotated in the beam, thus creating a sequence of frames that constitute a movie with respect to the rotation angle. Until now, diffraction-optimized cameras have mostly been used for MicroED. Here, the use of a direct electron detector that was designed for imaging is reported. It is demonstrated that data can be collected more rapidly using the Falcon III for MicroED and with markedly lower exposure than has previously been reported. The Falcon III was operated at 40 frames per second and complete data sets reaching atomic resolution were recorded in minutes. The resulting density maps to 2.1 Å resolution of the serine protease proteinase K showed no visible signs of radiation damage. It is thus demonstrated that dedicated diffraction-optimized detectors are not required for MicroED, as shown by the fact that the very same cameras that are used for imaging applications in electron microscopy, such as single-particle cryo-EM, can also be used effectively for diffraction measurements. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20475.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20475-v30.xml emd-20475.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20475.png | 232.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20475.cif.gz | 5.4 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_20475_sf.cif.gz | 382.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20475 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20475 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20475_validation.pdf.gz | 610.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20475_full_validation.pdf.gz | 610.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20475_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20475_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20475 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20475 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Proteinase K recorded on Falcon III | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.70292 Å / Y: 0.70292 Å / Z: 0.7066 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Proteinase K
全体 | 名称: Proteinase K |
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要素 |
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-超分子 #1: Proteinase K
超分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
分子量 | 理論値: 29.049338 KDa |
-分子 #1: Proteinase K
分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K |
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由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
分子量 | 理論値: 28.930783 KDa |
配列 | 文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA UniProtKB: Proteinase K |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 92 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: Tris |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 387 / 回折像の数: 387 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1700 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |