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- EMDB-20260: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20260
タイトルHIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment antigen binding
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment antigen binding
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody 1C2 heavy chain fragment antigen binding
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody 1C2 kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Ozorowski G / Torres JL / Ward AB
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136621 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Vaccination with Glycan-Modified HIV NFL Envelope Trimer-Liposomes Elicits Broadly Neutralizing Antibodies to Multiple Sites of Vulnerability.
著者: Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan ...著者: Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan L Torres / Lifei Yang / Yu Feng / Daniel P Leaman / Néstor Vázquez Bernat / Tyler Liban / Mark Louder / Krisha McKee / Robert T Bailer / Arlette Movsesyan / Nicole A Doria-Rose / Marie Pancera / Gunilla B Karlsson Hedestam / Michael B Zwick / Max Crispin / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
要旨: The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are ...The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are occluded by self-N-glycan shielding, limiting B cell recognition of the underlying polypeptide surface. The exceptions to the contiguous glycan shield include the conserved receptor CD4 binding site (CD4bs) and glycoprotein (gp)41 elements proximal to the furin cleavage site. Accordingly, we performed heterologous trimer-liposome prime:boosting in rabbits to drive B cells specific for cross-conserved sites. To preferentially expose the CD4bs to B cells, we eliminated proximal N-glycans while maintaining the native-like state of the cleavage-independent NFL trimers, followed by gradual N-glycan restoration coupled with heterologous boosting. This approach successfully elicited CD4bs-directed, cross-neutralizing Abs, including one targeting a unique glycan-protein epitope and a bNAb (87% breadth) directed to the gp120:gp41 interface, both resolved by high-resolution cryoelectron microscopy. This study provides proof-of-principle immunogenicity toward eliciting bNAbs by vaccination.
履歴
登録2019年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p65
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 288 pix.
= 331.2 Å		1.15 Å/pix.
x 288 pix.
= 331.2 Å		1.15 Å/pix.
x 288 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.15587336 - 0.2658922
平均 (標準偏差)0.00018898446 (±0.009513787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 331.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z331.200331.200331.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.1560.2660.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20260_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_20260_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_20260_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment a...

全体名称: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment antigen binding
要素
  • 複合体: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment antigen binding
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody 1C2 heavy chain fragment antigen binding
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit antibody 1C2 kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment a...

超分子名称: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 570 KDa

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分子 #1: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+

分子名称: HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 75.630539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLANGNLWV TVYYGVPVWK DAETTLFCAS DAKAYEKEKH NVWATHACVP TDPNPQEMVL ENVTENFNM WKNDMVEQMH TDVISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLECRQVN TTNATSSVNV TNGEEIKNCS FNATTELRDK K QKVYALFY ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLANGNLWV TVYYGVPVWK DAETTLFCAS DAKAYEKEKH NVWATHACVP TDPNPQEMVL ENVTENFNM WKNDMVEQMH TDVISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLECRQVN TTNATSSVNV TNGEEIKNCS FNATTELRDK K QKVYALFY RLDIVPLEEE RKGNSSKYRL INCNTSACTQ ACPKVTFDPI PIHYCAPAGY AILKCNNKTF NGTGPCNNVS TV QCTHGIK PVVSTQLLLN GSLAEGEIII RSENLTNNVK TIIVHLNESV EIVCTRPNNY TRKSIRIGPG QTFYATGDII GNI RQAYCN ISKDDWIRTL QRVGKKLAEH FPRRIINFTS PAGGDLEITT HSFNCRGEFF YCNTSSLFNS TYNPNDTNSN SSSS NSSLD ITIPCRIKQI INMWQRVGQC MYAPPIEGNI TCKSNITGLL LVRDGGVESN ETEIFRPGGG DMRNNWRSEL YKYKV VEIK PLGIAPTRCK RRVVEGGGGS GGGGSDDDDK AVGLGAVRRG FLGAAGSTMG AASITLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLK APE AQQHLLQLGV WGIKQLQTRV LAIERYLKDQ QLLGIWGCSG KLICTTAVPW NSSWSNKSHD EIWGNMTWMQ WDREIGN YT NTIYRLLEDS QNQQEQNEKD LLACDGGGGS HHHHHHHH

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分子 #2: Rabbit antibody 1C2 heavy chain fragment antigen binding

分子名称: Rabbit antibody 1C2 heavy chain fragment antigen binding
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 27.476072 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS QCQSLEESGG DLVKPGASLT LTCTASGFSF GWNDYMSWVR QAPGKGLEWI GCIYAGSTRS TYYANWAKG RLTISKTSST AVTLQMTSLT AADTATYFCA RGAVTYDGLG GAYLKHFNLW GPGTLVTVSS GQPKAPSVFP L APCCGDTP ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS QCQSLEESGG DLVKPGASLT LTCTASGFSF GWNDYMSWVR QAPGKGLEWI GCIYAGSTRS TYYANWAKG RLTISKTSST AVTLQMTSLT AADTATYFCA RGAVTYDGLG GAYLKHFNLW GPGTLVTVSS GQPKAPSVFP L APCCGDTP SSTVTLGCLV KGYLPEPVTV TWNSGTLTNG VRTFPSVRQS SGLYSLSSVV SVTSSSQPVT CNVAHPATNT KV DKTVAPS TCSKHHHHHH HH

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分子 #3: Rabbit antibody 1C2 kappa chain

分子名称: Rabbit antibody 1C2 kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.041023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS AIKMTQTPSS VSAAVGGTVT VNCRASEDIE SYLAWYQQKP GQPPKLLIYD TSKLASGVPS RFKGSGSGT QFALTISGVQ CDDAATYYCL YGYISSDRID FGFGGGTELV VKGDPVAPSV LIFPPAADQV ATGTVTIVCV A NKYFPDVT ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS AIKMTQTPSS VSAAVGGTVT VNCRASEDIE SYLAWYQQKP GQPPKLLIYD TSKLASGVPS RFKGSGSGT QFALTISGVQ CDDAATYYCL YGYISSDRID FGFGGGTELV VKGDPVAPSV LIFPPAADQV ATGTVTIVCV A NKYFPDVT VTWEVDGTTQ TTGIENSKTP QNSADCTYNL SSTLTLTSTQ YNSHKEYTCK VTQGTTSVVQ SFNRGDC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
150.0 mMsodium chloride
0.06 mMn-Dodecyl-beta-D-Maltopyranoside

詳細: DDM added to sample shortly (< 5 minutes) before vitrification
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1690 / 平均露光時間: 12.5 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 684522
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: PDB coordinates converted to EM map and low pass filtered to 40 Angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 23702
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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