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- EMDB-20248: Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20248
タイトルStructure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 34種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal subunit / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / MTOR / ribosomal small subunit export from nucleus ...ribosomal subunit / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / MTOR / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / 90S preribosome / 小胞体 / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of apoptotic signaling pathway / small-subunit processome / placenta development / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / spindle / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / T cell differentiation in thymus / cell body / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / ミトコンドリア内膜 / postsynaptic density / 細胞分化 / rRNA binding / リボソーム / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / 細胞周期 / 細胞分裂 / DNA修復 / mRNA binding / 中心体 / apoptotic process / シナプス / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / positive regulation of cell population proliferation / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily ...Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein S14/S29 / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KHドメイン / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / K homology domain superfamily, prokaryotic type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 ...Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S24 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14
類似検索 - 構成要素
生物種Israeli acute paralysis virus (腐蛆病) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Rabbit (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Acosta-Reyes FJ / Neupane R / Frank J / Fernandez IS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM29169 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2019
タイトル: The Israeli acute paralysis virus IRES captures host ribosomes by mimicking a ribosomal state with hybrid tRNAs.
著者: Francisco Acosta-Reyes / Ritam Neupane / Joachim Frank / Israel S Fernández /
要旨: Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a ...Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a causing agent of CCD. This family of viruses employs non-coding RNA sequences, called internal ribosomal entry sites (IRESs), to precisely exploit the host machinery for viral protein production. Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we have characterized how the IRES of Israeli acute paralysis virus (IAPV) intergenic region captures and redirects translating ribosomes toward viral RNA messages. We reconstituted two in vitro reactions targeting a pre-translocation and a post-translocation state of the IAPV-IRES in the ribosome, allowing us to identify six structures using image processing classification methods. From these, we reconstructed the trajectory of IAPV-IRES from the early small subunit recruitment to the final post-translocated state in the ribosome. An early commitment of IRES/ribosome complexes for global pre-translocation mimicry explains the high efficiency observed for this IRES. Efforts directed toward fighting CCD by targeting the IAPV-IRES using RNA-interference technology are underway, and the structural framework presented here may assist in further refining these approaches.
履歴
登録2019年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p4g
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.233 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.034
最小 - 最大-0.12978084 - 0.19177054
平均 (標準偏差)0.0004164674 (±0.005779444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 384.696 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2331.2331.233
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.696384.696384.696
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.1300.1920.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20248_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_20248_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_20248_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_20248_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with ...

全体名称: Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
要素
  • 複合体: Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
    • RNA: 18S rRNA18S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: uS2
    • タンパク質・ペプチド: eS1
    • タンパク質・ペプチド: uS5
    • タンパク質・ペプチド: uS3
    • タンパク質・ペプチド: eS4
    • タンパク質・ペプチド: uS7
    • タンパク質・ペプチド: eS6
    • タンパク質・ペプチド: eS7
    • タンパク質・ペプチド: eS8
    • タンパク質・ペプチド: uS4
    • タンパク質・ペプチド: eS10
    • タンパク質・ペプチド: uS17
    • タンパク質・ペプチド: eS12
    • タンパク質・ペプチド: uS15
    • タンパク質・ペプチド: uS11
    • タンパク質・ペプチド: uS19
    • タンパク質・ペプチド: uS9
    • タンパク質・ペプチド: eS17
    • タンパク質・ペプチド: uS13
    • タンパク質・ペプチド: eS19
    • タンパク質・ペプチド: uS10
    • タンパク質・ペプチド: eS21
    • タンパク質・ペプチド: uS8
    • タンパク質・ペプチド: uS12
    • タンパク質・ペプチド: eS24
    • タンパク質・ペプチド: eS25
    • タンパク質・ペプチド: eS26
    • タンパク質・ペプチド: eS27
    • タンパク質・ペプチド: eS28
    • タンパク質・ペプチド: eS29
    • タンパク質・ペプチド: eS30
    • タンパク質・ペプチド: eS31
    • タンパク質・ペプチド: RACK1Receptor for activated C kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: eL41
    • RNA: IAPV-IRES

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超分子 #1: Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with ...

超分子名称: Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)

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分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 602.776875 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC CACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC CACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGAUC AAAACCAACC CG GUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGACUCUA GAUAACCUCG GGCCGAUCGC ACG CCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACC ACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCUA CCACAUCCAA GGAAGGCAGC AGGCG CGCA AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGAGGUAGU GACGAAAAAU AACAAUACAG GACUCUUUCG AGGCCCUGUA AUUGGA AUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAGGGC AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCA AU AGCGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GGAUCUUGGG AGCGGGCGGG CGGUCCGCCG CGAGGCGA G CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUGCCUCUCG GCGCCCCCUC GAUGCUCUUA GCUGAGUGUC CCGCGGGGCC CGAAGCGUU UACUUUGAAA AAAUUAGAGU GUUCAAAGCA GGCCCGAGCC GCCUGGAUAC CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUU UGUUGGUUUU CGGAACUGAG GCCAUGAUUA AGAGGGACGG CCGGGGGCAU UCGUAUUGCG CCGCUAGAGG U GAAAUUCU UGGACCGGCG CAAGACGGAC CAGAGCGAAA GCAUUUGCCA AGAAUGUUUU CAUUAAUCAA GAACGAAAGU CG GAGGUUC GAAGACGAUC AGAUACCGUC GUAGUUCCGA CCAUAAACGA UGCCGACCGG CGAUGCGGCG GCGUUAUUCC CAU GACCCG CCGGGCAGCU UCCGGGAAAC CAAAGUCUUU GGGUUCCGGG GGGAGUAUGG UUGCAAAGCU GAAACUUAAA GGAA UUGAC GGAAGGGCAC CACCAGGAGU GGAGCCUGCG GCUUAAUUUG ACUCAACACG GGAAACCUCA CCCGGCCCGG ACACG GACA GGAUUGACAG AUUGAUAGCU CUUUCUCGAU UCCGUGGGUG GUGGUGCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUU GUC UGGUUAAUUC CGAUAACGAA CGAGACUCUG GCAUGCUAAC UAGUUACGCG ACCCCCGAGC GGUCGGCGUC CCCCAAC UU CUUAGAGGGA CAAGUGGCGU UCAGCCACCC GAGAUUGAGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUG C ACGCGCGCUA CACUGACUGG CUCAGCGUGU GCCUACCCUA CGCCGGCAGG CGCGGGUAAC CCGUUGAACC CCAUUCGUG AUGGGGAUCG GGGAUUGCAA UUAUUCCCCA UGAACGAGGA AUUCCCAGUA AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCC UUUGUACACA CCGCCCGUCG CUACUACCGA UUGGAUGGUU UAGUGAGGCC CUCGGAUCGG CCCCGCCGGG G UCGGCCCA CGGCCCUGGC GGAGCGCUGA GAAGACGGUC GAACUUGACU AUCUAGAGGA AGUAAAAGUC GUAACAAGGU UU CCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UA

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分子 #36: IAPV-IRES

分子名称: IAPV-IRES / タイプ: rna / ID: 36 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Israeli acute paralysis virus (腐蛆病)
分子量理論値: 81.572078 KDa
配列文字列: GAGCGGUUUC UGGAAUACUA UAUGUAAGUA UAGUGUUCUG GAGGCAUCAU UCUAUGGUUA CCCAUCAUUA GAGGAAAUUU CCAAUAAAC UCUGGUGUAA GGCUUAGAGU GAUGGUCGAG GUGCCCUAUU UAGGGUGAGG AGCCUCGGUG GCAGCCCCAC C AAAUCCUC ...文字列:
GAGCGGUUUC UGGAAUACUA UAUGUAAGUA UAGUGUUCUG GAGGCAUCAU UCUAUGGUUA CCCAUCAUUA GAGGAAAUUU CCAAUAAAC UCUGGUGUAA GGCUUAGAGU GAUGGUCGAG GUGCCCUAUU UAGGGUGAGG AGCCUCGGUG GCAGCCCCAC C AAAUCCUC UAUUGGAUAG GAACAGCUGU ACUGGGCAGU UACAGCAGUC GUAUGGUAAC ACAUGCGGCG UUCCGAAAUA CC AUGCCUG GCGAUG

+
分子 #2: uS2

分子名称: uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 33.00307 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPQA DHQPLMEASY VNLPTIALCN TDSPLHYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPQA DHQPLMEASY VNLPTIALCN TDSPLHYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AQEVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPEPEF TA TQPEVAD WSEGMQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW MGTTTEWS

+
分子 #3: eS1

分子名称: eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

+
分子 #4: uS5

分子名称: uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 27.485209 KDa
配列文字列: MADDAGAAGG PGGPGGPGNK EWLPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFCL GAALKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAF VAIGDYNGHV GLGLKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP A PRGTGIVS ...文字列:
MADDAGAAGG PGGPGGPGNK EWLPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFCL GAALKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAF VAIGDYNGHV GLGLKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP A PRGTGIVS APVPKKLLLM AGIDDCYTSA RGCTATLGNF AKATFDAISK TYSYLTPDLW KETVFTKSPY QEFTNHLMKT HT RVSVQRT QAPAVATT

+
分子 #5: uS3

分子名称: uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 31.146607 KDa
配列文字列: MSARRRRRRA AFRRRAEPFI PISVREPLPF LSAARGGKMA VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIIL ATRTQNVLGE KGRRIRELTA VVQKRFGFPE GSVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG V LRFIMESG ...文字列:
MSARRRRRRA AFRRRAEPFI PISVREPLPF LSAARGGKMA VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIIL ATRTQNVLGE KGRRIRELTA VVQKRFGFPE GSVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG V LRFIMESG AKGCEVVVSG KLRGQRAKSM KFVDGLMIHS GDPVNYYVDT AVRHVLLRQG VLGIKVKIML PWDPSGKIGP KK PLPDHVS IVEPKDEILP TTPISEQKGG KPEPPAMPQP VPTA

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分子 #6: eS4

分子名称: eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 29.65892 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTSVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKMNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTSVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKMNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

+
分子 #7: uS7

分子名称: uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

+
分子 #8: eS6

分子名称: eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

+
分子 #9: eS7

分子名称: eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

+
分子 #10: eS8

分子名称: eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

+
分子 #11: uS4

分子名称: uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

+
分子 #12: eS10

分子名称: eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.156865 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE

+
分子 #13: uS17

分子名称: uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

+
分子 #14: eS12

分子名称: eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

+
分子 #15: uS15

分子名称: uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

+
分子 #16: uS11

分子名称: uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

+
分子 #17: uS19

分子名称: uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.049182 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLSRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

+
分子 #18: uS9

分子名称: uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 19.213465 KDa
配列文字列:
SARVAPRFPF PVVAPRGEDR HSSAAAMPSK GPLQSVQVFG RKKTATAVAH CKRGNGLIKV NGRPLEMIEP RTLQYKLLEP VLLLGKERF AGVDIRVRVK GGGHVAQIYA IRQSISKALV AYYQKYVDEA SKKEIKDILI QYDRTLLVAD PRRCESKKFG G PGARARYQ KSYR

+
分子 #19: eS17

分子名称: eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 15.552119 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGAV

+
分子 #20: uS13

分子名称: uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

+
分子 #21: eS19

分子名称: eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 16.235796 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDW GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AAKKKH

+
分子 #22: uS10

分子名称: uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

+
分子 #23: eS21

分子名称: eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 9.043276 KDa
配列文字列:
MQSNAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIPMNVAEVD KVTGRFNGQS KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKSHGIVS QNF

+
分子 #24: uS8

分子名称: uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

+
分子 #25: uS12

分子名称: uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 15.784549 KDa
配列文字列:
AGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

+
分子 #26: eS24

分子名称: eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 15.548398 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KEPRG

+
分子 #27: eS25

分子名称: eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 13.776224 KDa
配列文字列:
MPPKDDKKKK DAGKSAKKDK DPVNKSGGKA KKKKWSKGKV RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQ ELLSKGLIKL VSKHRAQVIY TRNTKGGDAP AAGEDA

+
分子 #28: eS26

分子名称: eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 12.961455 KDa
配列文字列:
MTKKRRNNGR AKKGRGHVQP IRCTNCACCV PKDKAIKKFV IRNIVEAAAV RDISEVSVFD AYVLPKLYVK LHYCVSCAIH SKVVRNRSR EARKDRTPPP RFRPAGAAPP PPPKPM

+
分子 #29: eS27

分子名称: eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

+
分子 #30: eS28

分子名称: eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

+
分子 #31: eS29

分子名称: eS29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

+
分子 #32: eS30

分子名称: eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 14.498884 KDa
配列文字列:
MQLFVRAQEL HTLEVTGRET VAQIKAHVAS LEGIAPEDQV VLLAGTPLED EATLGQCGVE ALSTLEVAGR MLGGKVHGSL ARVGKVRGQ TLKVAKQEKK KKRTGRAKRR MQYNRRFVNV VPTFGKKKGP NANS

+
分子 #33: eS31

分子名称: eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 18.004041 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKSYTTPK KNKHKRKKVK LAVLKYYKVD ENGKISRLRR ECPSDECGAG VFMASHFDRH YCGKCCLTYC FNKPEDK

+
分子 #34: RACK1

分子名称: RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

+
分子 #35: eL41

分子名称: eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 3.473451 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製 #1

Preparation ID1
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
100.0 mMKCl
8.0 mMMgCl2
2.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 9.33257 kPa
詳細: Plasma cleaning for both holey carbon and holey gold grids was done on a Gatan Solarus with Hydrogen (6.4 sccm gas flow) and Oxygen (27.5 sccm gas flow) and 10 W cleaning power.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot force = 3s Wait time = 15s Drain time = 0s Blot time = 2.5 to 3 s.
詳細Ribosomal complexes for the pre-translocated state were assembled at 240-390 nM concentration and applied to plasma treated holey carbon grids.

-
試料調製 #2

Preparation ID2
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
100.0 mMKCl
8.0 mMMgCl2
2.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 9.33257 kPa
詳細: Plasma cleaning for both holey carbon and holey gold grids was done on a Gatan Solarus with Hydrogen (6.4 sccm gas flow) and Oxygen (27.5 sccm gas flow) and 10 W cleaning power.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot force = 3s Wait time = 15s Drain time = 0s Blot time = 2.5 to 3 s.
詳細Same sample and buffer conditions used for the holey carbon grids was used for the holey gold grids.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 11234 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 42.1 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1240275
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5it9

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91056

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る