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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1980 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of ParM filament at 7.2 Angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | This is an volume file of parM filament | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Gayathri P / Fujii T / Moller-Jensen J / van den Ent F / Namba K / Lowe J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: A bipolar spindle of antiparallel ParM filaments drives bacterial plasmid segregation. 著者: P Gayathri / T Fujii / J Møller-Jensen / F van den Ent / K Namba / J Löwe / 要旨: To ensure their stable inheritance by daughter cells during cell division, bacterial low-copy-number plasmids make simple DNA segregating machines that use an elongating protein filament between ...To ensure their stable inheritance by daughter cells during cell division, bacterial low-copy-number plasmids make simple DNA segregating machines that use an elongating protein filament between sister plasmids. In the ParMRC system of the Escherichia coli R1 plasmid, ParM, an actinlike protein, forms the spindle between ParRC complexes on sister plasmids. By using a combination of structural work and total internal reflection fluorescence microscopy, we show that ParRC bound and could accelerate growth at only one end of polar ParM filaments, mechanistically resembling eukaryotic formins. The architecture of ParM filaments enabled two ParRC-bound filaments to associate in an antiparallel orientation, forming a bipolar spindle. The spindle elongated as a bundle of at least two antiparallel filaments, thereby pushing two plasmid clusters toward the poles. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1980.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1980-v30.xml emd-1980.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1980.png | 170.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1980 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1980 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1980_validation.pdf.gz | 221.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1980_full_validation.pdf.gz | 220.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1980_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1980 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1980 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is an volume file of parM filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ParM filament
全体 | 名称: ParM filament |
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要素 |
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-超分子 #1000: ParM filament
超分子 | 名称: ParM filament / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Plasmid segregation protein parM
分子 | 名称: Plasmid segregation protein parM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: parM / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 36 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | InterPro: Plasmid segregation protein ParM/StbA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 30 mM Tris-HCl, 25 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, pH 7.5 |
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グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon molybdenum grid (R0.6/1.0, Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 50 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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温度 | 最低: 40 K / 最高: 60 K / 平均: 50 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV |
日付 | 2009年8月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 207 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 91463 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: top entry stage / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 23.621 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 164.98 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 Each particle |