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- EMDB-19621: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19621
タイトルH. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
マップデータH. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
試料
  • 複合体: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: DNA (26-mer)
      • DNA: DNA (26-mer)
    • 複合体: H. sapiens ORC1-5
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードAAA+ ATPase / DNA helicase / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / neural precursor cell proliferation ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / neural precursor cell proliferation / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / glial cell proliferation / Activation of ATR in response to replication stress / heterochromatin / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / nucleotide binding / centrosome / chromatin binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal ...Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / : / : / ORC2 WHD / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Greiwe JF / Weissmann F / Diffley JFX / Costa A
資金援助 英国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteCC2002, CC2009 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Wellcome Trust219527/Z/19/Z 英国
European Research Council (ERC)101020432-MeChroRepEuropean Union
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: MCM Double Hexamer Loading Visualised with Human Proteins
著者: Weissmann F / Greiwe JF / Puhringer T / Miller TCR / Diffley JFX / Costa A
履歴
登録2024年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19621.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.62469333 - 1.4027723
平均 (標準偏差)0.002646933 (±0.021789163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19621_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2 of the main map

ファイルemd_19621_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the main map

ファイルemd_19621_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM...

全体名称: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
要素
  • 複合体: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: DNA (26-mer)
      • DNA: DNA (26-mer)
    • 複合体: H. sapiens ORC1-5
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM...

超分子名称: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量理論値: 400 KDa

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超分子 #2: Double stranded DNA

超分子名称: Double stranded DNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #3: H. sapiens ORC1-5

超分子名称: H. sapiens ORC1-5 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.499867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHYPTRLKT RKTYSWVGRP LLDRKLHYQT YREMCVKTEG CSTEIHIQIG QFVLIEGDDD ENPYVAKLLE LFEDDSDPPP KKRARVQWF VRFCEVPACK RHLLGRKPGA QEIFWYDYPA CDSNINAETI IGLVRVIPLA PKDVVPTNLK NEKTLFVKLS W NEKKFRPL ...文字列:
MAHYPTRLKT RKTYSWVGRP LLDRKLHYQT YREMCVKTEG CSTEIHIQIG QFVLIEGDDD ENPYVAKLLE LFEDDSDPPP KKRARVQWF VRFCEVPACK RHLLGRKPGA QEIFWYDYPA CDSNINAETI IGLVRVIPLA PKDVVPTNLK NEKTLFVKLS W NEKKFRPL SSELFAELNK PQESAAKCQK PVRAKSKSAE SPSWTPAEHV AKRIESRHSA SKSRQTPTHP LTPRARKRLE LG NLGNPQM SQQTSCASLD SPGRIKRKVA FSEITSPSKR SQPDKLQTLS PALKAPEKTR ETGLSYTEDD KKASPEHRII LRT RIAASK TIDIREERTL TPISGGQRSS VVPSVILKPE NIKKRDAKEA KAQNEATSTP HRIRRKSSVL TMNRIRQQLR FLGN SKSDQ EEKEILPAAE ISDSSSDEEE ASTPPLPRRA PRTVSRNLRS SLKSSLHTLT KVPKKSLKPR TPRCAAPQIR SRSLA AQEP ASVLEEARLR LHVSAVPESL PCREQEFQDI YNFVESKLLD HTGGCMYISG VPGTGKTATV HEVIRCLQQA AQANDV PPF QYIEVNGMKL TEPHQVYVQI LQKLTGQKAT ANHAAELLAK QFCTRGSPQE TTVLLVDELD LLWTHKQDIM YNLFDWP TH KEARLVVLAI ANTMDLPERI MMNRVSSRLG LTRMCFQPYT YSQLQQILRS RLKHLKAFED DAIQLVARKV AALSGDAR R CLDICRRATE ICEFSQQKPD SPGLVTIAHS MEAVDEMFSS SYITAIKNSS VLEQSFLRAI LAEFRRSGLE EATFQQIYS QHVALCRMEG LPYPTMSETM AVCSHLGSCR LLLVEPSRND LLLRVRLNVS QDDVLYALKD E

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

+
分子 #4: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.063375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK ...文字列:
MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK RLIVPRSHSD SESEYSASNS EDDEGVAQEH EEDTNAVIFS QKIQAQNRVV SAPVGKETPS KRMKRDKTSD LV EEYFEAH SSSKVLTSDR TLQKLKRAKL DQQTLRNLLS KVSPSFSAEL KQLNQQYEKL FHKWMLQLHL GFNIVLYGLG SKR DLLERF RTTMLQDSIH VVINGFFPGI SVKSVLNSIT EEVLDHMGTF RSILDQLDWI VNKFKEDSSL ELFLLIHNLD SQML RGEKS QQIIGQLSSL HNIYLIASID HLNAPLMWDH AKQSLFNWLW YETTTYSPYT EETSYENSLL VKQSGSLPLS SLTHV LRSL TPNARGIFRL LIKYQLDNQD NPSYIGLSFQ DFYQQCREAF LVNSDLTLRA QLTEFRDHKL IRTKKGTDGV EYLLIP VDN GTLTDFLEKE EEEA

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

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分子 #5: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.436133 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE ...文字列:
MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE SVHVTQRKTH YSMDSLSSWY MTVTQKTDPK MLSKKRTTSS QWQSPPVVVI LKDMESFATK VLQDFIIISS QH LHEFPLI LIFGIATSPI IIHRLLPHAV SSLLCIELFQ SLSCKEHLTT VLDKLLLTTQ FPFKINEKVL QVLTNIFLYH DFS VQNFIK GLQLSLLEHF YSQPLSVLCC NLPEAKRRIN FLSNNQCENI RRLPSFRRYV EKQASEKQVA LLTNERYLKE ETQL LLENL HVYHMNYFLV LRCLHKFTSS LPKYPLGRQI RELYCTCLEK NIWDSEEYAS VLQLLRMLAK DELMTILEKC FKVFK SYCE NHLGSTAKRI EEFLAQFQSL DAETKEEEDA SGSQPKGLQK TDLYHLQKSL LEMKELRRSK KQTKFEVLRE NVVNFI DCL VREYLLPPET QPLHEVVYFS AAHALREHLN AAPRIALHTA LNNPYYYLKN EALKSEEGCI PNIAPDICIA YKLHLEC SR LINLVDWSEA FATVVTAAEK MDANSATSEE MNEIIHARFI RAVSELELLG FIKPTKQKTD HVARLTWGGC

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

+
分子 #6: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.443266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK ...文字列:
MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK NQTLLYNLFD ISQSAQTPIA VIGLTCRLDI LELLEKRVKS RFSHRQIHLM NSFGFPQYVK IFKEQLSLPA EF PDKVFAE KWNENVQYLS EDRSVQEVLQ KHFNISKNLR SLHMLLMLAL NRVTASHPFM TAVDLMEASQ LCSMDSKANI VHG LSVLEI CLIIAMKHLN DIYEEEPFNF QMVYNEFQKF VQRKAHSVYN FEKPVVMKAF EHLQQLELIK PMERTSGNSQ REYQ LMKLL LDNTQIMNAL QKYPNCPTDV RQWATSSLSW L

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

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分子 #7: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.349934 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN ...文字列:
MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN TGCFEPFVLY FPDYSIGNLQ KILSHDHPPE YSADFYAAYI NILLGVFYTV CRDLKELRHL AVLNFPKYCE PV VKGEASE RDTRKLWRNI EPHLKKAMQT VYLREISSSQ WEKLQKDDTD PGQLKGLSAH THVELPYYSK FILIAAYLAS YNP ARTDKR FFLKHHGKIK KTNFLKKHEK TSNHLLGPKP FPLDRLLAIL YSIVDSRVAP TANIFSQITS LVTLQLLTLV GHDD QLDGP KYKCTVSLDF IRAIARTVNF DIIKYLYDFL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

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分子 #2: DNA (26-mer)

分子名称: DNA (26-mer) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.928126 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)

+
分子 #3: DNA (26-mer)

分子名称: DNA (26-mer) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.04423 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)

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分子 #8: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The MCM recruitment reaction was reconstituted in vitro using purified H. sapiens proteins, a short DNA template and ATPgammaS. Four microlitres of the entire reaction was applied on a grid and incubated for 1 min at room temperature before blotting with filter paper for 5 s and plunge-freezing in liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31569 / 平均露光時間: 9.4 sec. / 平均電子線量: 49.28 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 詳細: Local refinement in cryoSPARC / 使用した粒子像数: 182341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7jps


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The PDB model was fit into the map and chains A to E were used as a starting model.
得られたモデル

PDB-8s0c:
H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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