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- EMDB-19620: H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19620
タイトルH. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of the MCM-ORC complex
マップデータConsensus map of the human ORC bound to the amino-terminal side of a DNA-loaded MCM hexamer. The complex is referred to as MO*.
試料
  • 複合体: H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of the MCM-ORC complex
    • 複合体: H. sapiens ORC6
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: x 2種
    • 複合体: H. sapiens MCM2-7
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 4種
キーワードAAA+ ATPase / DNA helicase / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / regulation of phosphorylation ...CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / regulation of phosphorylation / CMG complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / cochlea development / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / DNA helicase activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / cellular response to interleukin-4 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / helicase activity / fibrillar center / Orc1 removal from chromatin / cellular response to xenobiotic stimulus / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / DNA helicase / histone binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell population proliferation / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / : / MCM5, C-terminal domain / MCM4, winged helix domain ...Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / : / MCM5, C-terminal domain / MCM4, winged helix domain / : / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Greiwe JF / Weissmann F / Diffley JFX / Costa A
資金援助 英国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteCC2002, CC2009 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Wellcome Trust219527/Z/19/Z 英国
European Research Council (ERC)101020432-MeChroRepEuropean Union
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: MCM Double Hexamer Loading Visualised with Human Proteins
著者: Weissmann F / Greiwe JF / Puhringer T / Miller TCR / Diffley JFX / Costa A
履歴
登録2024年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map of the human ORC bound to the amino-terminal side of a DNA-loaded MCM hexamer. The complex is referred to as MO*.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.8916352 - 1.3037512
平均 (標準偏差)0.0026058783 (±0.02668206)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19620_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local refinement of the MCM2-7 in the MCM-ORC complex.

ファイルemd_19620_additional_1.map
注釈Local refinement of the MCM2-7 in the MCM-ORC complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2 of the main map

ファイルemd_19620_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the main map

ファイルemd_19620_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of t...

全体名称: H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of the MCM-ORC complex
要素
  • 複合体: H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of the MCM-ORC complex
    • 複合体: H. sapiens ORC6
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: DNA (45-mer)
      • DNA: DNA (45-mer)
    • 複合体: H. sapiens MCM2-7
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM5
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of t...

超分子名称: H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of the MCM-ORC complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
分子量理論値: 600 KDa

+
超分子 #2: H. sapiens ORC6

超分子名称: H. sapiens ORC6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Double stranded DNA

超分子名称: Double stranded DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#9
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #4: H. sapiens MCM2-7

超分子名称: H. sapiens MCM2-7 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.017697 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSELIGRLAP RLGLAEPDML RKAEEYLRLS RVKCVGLSAR TTETSSAVMC LDLAASWMKC PLDRAYLIKL SGLNKETYQS CLKSFECLL GLNSNIGIRD LAVQFSCIEA VNMASKILKS YESSLPQTQQ VDLDLSRPLF TSAALLSACK ILKLKVDKNK M VATSGVKK ...文字列:
GSELIGRLAP RLGLAEPDML RKAEEYLRLS RVKCVGLSAR TTETSSAVMC LDLAASWMKC PLDRAYLIKL SGLNKETYQS CLKSFECLL GLNSNIGIRD LAVQFSCIEA VNMASKILKS YESSLPQTQQ VDLDLSRPLF TSAALLSACK ILKLKVDKNK M VATSGVKK AIFDRLCKQL EKIGQQVDRE PGDVATPPRK RKKIVVEAPA KEMEKVEEMP HKPQKDEDLT QDYEEWKRKI LE NAASAQK ATAE

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6

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分子 #2: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.034102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ...文字列:
MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ESIENLEDLK GHSVREWVSM AGPRLEIHHR FKNFLRTHVD SHGHNVFKER ISDMCKENRE SLVVNYEDLA AR EHVLAYF LPEAPAELLQ IFDEAALEVV LAMYPKYDRI TNHIHVRISH LPLVEELRSL RQLHLNQLIR TSGVVTSCTG VLP QLSMVK YNCNKCNFVL GPFCQSQNQE VKPGSCPECQ SAGPFEVNME ETIYQNYQRI RIQESPGKVA AGRLPRSKDA ILLA DLVDS CKPGDEIELT GIYHNNYDGS LNTANGFPVF ATVILANHVA KKDNKVAVGE LTDEDVKMIT SLSKDQQIGE KIFAS IAPS IYGHEDIKRG LALALFGGEP KNPGGKHKVR GDINVLLCGD PGTAKSQFLK YIEKVSSRAI FTTGQGASAV GLTAYV QRH PVSREWTLEA GALVLADRGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTSLQAR CTVIAAANPI GGRYDPS LT FSENVDLTEP IISRFDILCV VRDTVDPVQD EMLARFVVGS HVRHHPSNKE EEGLANGSAA EPAMPNTYGV EPLPQEVL K KYIIYAKERV HPKLNQMDQD KVAKMYSDLR KESMATGSIP ITVRHIESMI RMAEAHARIH LRDYVIEDDV NMAIRVMLE SFIDTQKFSV MRSMRKTFAR YLSFRRDNNE LLLFILKQLV AEQVTYQRNR FGAQQDTIEV PEKDLVDKAR QINIHNLSAF YDSELFRMN KFSHDLKRKM ILQQF

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.297023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GEMAGTVVLD DVELREAQRD YLDFLDDEED QGIYQSKVRE LISDNQYRLI VNVNDLRRKN EKRANRLLNN AFEELVAFQR ALKDFVASI DATYAKQYEE FYVGLEGSFG SKHVSPRTLT SCFLSCVVCV EGIVTKCSLV RPKVVRSVHY CPATKKTIER R YSDLTTLV ...文字列:
GEMAGTVVLD DVELREAQRD YLDFLDDEED QGIYQSKVRE LISDNQYRLI VNVNDLRRKN EKRANRLLNN AFEELVAFQR ALKDFVASI DATYAKQYEE FYVGLEGSFG SKHVSPRTLT SCFLSCVVCV EGIVTKCSLV RPKVVRSVHY CPATKKTIER R YSDLTTLV AFPSSSVYPT KDEENNPLET EYGLSVYKDH QTITIQEMPE KAPAGQLPRS VDVILDDDLV DKAKPGDRVQ VV GTYRCLP GKKGGYTSGT FRTVLIACNV KQMSKDAQPS FSAEDIAKIK KFSKTRSKDI FDQLAKSLAP SIHGHDYVKK AIL CLLLGG VERDLENGSH IRGDINILLI GDPSVAKSQL LRYVLCTAPR AIPTTGRGSS GVGLTAAVTT DQETGERRLE AGAM VLADR GVVCIDEFDK MSDMDRTAIH EVMEQGRVTI AKAGIHARLN ARCSVLAAAN PVYGRYDQYK TPMENIGLQD SLLSR FDLL FIMLDQMDPE QDREISDHVL RMHRYRAPGE QDGDAMPLGS AVDILATDDP NFSQEDQQDT QIYEKHDNLL HGTKKK KEK MVSAAFMKKY IHVAKIIKPV LTQESATYIA EEYSRLRSQD SMSSDTARTS PVTARTLETL IRLATAHAKA RMSKTVD LQ DAEEAVELVQ YAYFKKVLEK EKKRKKRSED ESETEDEEEK SQEDQEQKRK RRKTRQPDAK DGDSYDPYDF SDTEEEMP Q VHTPKTADSQ ETKESQKVEL SESRLKAFKV ALLDVFREAH AQSIGMNRLT ESINRDSEEP FSSVEIQAAL SKMQDDNQV MVSEGIIFLI

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #4: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.702891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR ...文字列:
MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR FLQRFIDPLA KEEENVGIDI TEPLYMQRLG EINVIGEPFL NVNCEHIKSF DKNLYRQLIS YPQEVIPTFD MA VNEIFFD RYPDSILEHQ IQVRPFNALK TKNMRNLNPE DIDQLITISG MVIRTSQLIP EMQEAFFQCQ VCAHTTRVEM DRG RIAEPS VCGRCHTTHS MALIHNRSLF SDKQMIKLQE SPEDMPAGQT PHTVILFAHN DLVDKVQPGD RVNVTGIYRA VPIR VNPRV SNVKSVYKTH IDVIHYRKTD AKRLHGLDEE AEQKLFSEKR VELLKELSRK PDIYERLASA LAPSIYEHED IKKGI LLQL FGGTRKDFSH TGRGKFRAEI NILLCGDPGT SKSQLLQYVY NLVPRGQYTS GKGSSAVGLT AYVMKDPETR QLVLQT GAL VLSDNGICCI DEFDKMNEST RSVLHEVMEQ QTLSIAKAGI ICQLNARTSV LAAANPIESQ WNPKKTTIEN IQLPHTL LS RFDLIFLMLD PQDEAYDRRL AHHLVALYYQ SEEQAEEELL DMAVLKDYIA YAHSTIMPRL SEEASQALIE AYVDMRKI G SSRGMVSAYP RQLESLIRLA EAHAKVRLSN KVEAIDVEEA KRLHREALKQ SATDPRTGIV DISILTTGMS ATSRKRKEE LAEALKKLIL SKGKTPALKY QQLFEDIRGQ SDIAITKDMF EEALRALADD DFLTVTGKTV RLL

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM5

分子名称: DNA replication licensing factor MCM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.406633 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLY KQPAEHLQLL EEAAKEVADE VTRPRPSGEE VLQDIQVMLK SDASPSSIRS LKSDMMSHLV KIPGIIIAAS A VRAKATRI ...文字列:
MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLY KQPAEHLQLL EEAAKEVADE VTRPRPSGEE VLQDIQVMLK SDASPSSIRS LKSDMMSHLV KIPGIIIAAS A VRAKATRI SIQCRSCRNT LTNIAMRPGL EGYALPRKCN TDQAGRPKCP LDPYFIMPDK CKCVDFQTLK LQELPDAVPH GE MPRHMQL YCDRYLCDKV VPGNRVTIMG IYSIKKFGLT TSRGRDRVGV GIRSSYIRVL GIQVDTDGSG RSFAGAVSPQ EEE EFRRLA ALPNVYEVIS KSIAPSIFGG TDMKKAIACL LFGGSRKRLP DGLTRRGDIN LLMLGDPGTA KSQLLKFVEK CSPI GVYTS GKGSSAAGLT ASVMRDPSSR NFIMEGGAMV LADGGVVCID EFDKMREDDR VAIHEAMEQQ TISIAKAGIT TTLNS RCSV LAAANSVFGR WDETKGEDNI DFMPTILSRF DMIFIVKDEH NEERDVMLAK HVITLHVSAL TQTQAVEGEI DLAKLK KFI AYCRVKCGPR LSAEAAEKLK NRYIIMRSGA RQHERDSDRR SSIPITVRQL EAIVRIAEAL SKMKLQPFAT EADVEEA LR LFQVSTLDAA LSGTLSGVEG FTSQEDQEML SRIEKQLKRR FAIGSQVSEH SIIKDFTKQK YPEHAIHKVL QLMLRRGE I QHRMQRKVLY RLK

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM5

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.010273 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV ...文字列:
MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV EQQFKYTQPN ICRNPVCANR RRFLLDTNKS RFVDFQKVRI QETQAELPRG SIPRSLEVIL RAEAVESAQA GD KCDFTGT LIVVPDVSKL STPGARAETN SRVSGVDGYE TEGIRGLRAL GVRDLSYRLV FLACCVAPTN PRFGGKELRD EEQ TAESIK NQMTVKEWEK VFEMSQDKNL YHNLCTSLFP TIHGNDEVKR GVLLMLFGGV PKTTGEGTSL RGDINVCIVG DPST AKSQF LKHVEEFSPR AVYTSGKASS AAGLTAAVVR DEESHEFVIE AGALMLADNG VCCIDEFDKM DVRDQVAIHE AMEQQ TISI TKAGVKATLN ARTSILAAAN PISGHYDRSK SLKQNINLSA PIMSRFDLFF ILVDECNEVT DYAIARRIVD LHSRIE ESI DRVYSLDDIR RYLLFARQFK PKISKESEDF IVEQYKHLRQ RDGSGVTKSS WRITVRQLES MIRLSEAMAR MHCCDEV QP KHVKEAFRLL NKSIIRVETP DVNLDQEEEI QMEVDEGAGG INGHADSPAP VNGINGYNED INQESAPKAS LRLGFSEY C RISNLIVLHL RKVEEEEDES ALKRSELVNW YLKEIESEID SEEELINKKR IIEKVIHRLT HYDHVLIELT QAGLKGSTE GSESYEEDPY LVVNPNYLLE D

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #7: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.411875 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT ...文字列:
MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT RVSEVKPKMV VATYTCDQCG AETYQPIQSP TFMPLIMCPS QECQTNRSGG RLYLQTRGSR FIKFQEMKMQ EH SDQVPVG NIPRSITVLV EGENTRIAQP GDHVSVTGIF LPILRTGFRQ VVQGLLSETY LEAHRIVKMN KSEDDESGAG ELT REELRQ IAEEDFYEKL AASIAPEIYG HEDVKKALLL LLVGGVDQSP RGMKIRGNIN ICLMGDPGVA KSQLLSYIDR LAPR SQYTT GRGSSGVGLT AAVLRDSVSG ELTLEGGALV LADQGVCCID EFDKMAEADR TAIHEVMEQQ TISIAKAGIL TTLNA RCSI LAAANPAYGR YNPRRSLEQN IQLPAALLSR FDLLWLIQDR PDRDNDLRLA QHITYVHQHS RQPPSQFEPL DMKLMR RYI AMCREKQPMV PESLADYITA AYVEMRREAW ASKDATYTSA RTLLAILRLS TALARLRMVD VVEKEDVNEA IRLMEMS KD SLLGDKGQTA RTQRPADVIF ATVRELVSGG RSVRFSEAEQ RCVSRGFTPA QFQAALDEYE ELNVWQVNAS RTRITFV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #8: DNA (45-mer)

分子名称: DNA (45-mer) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.837883 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #9: DNA (45-mer)

分子名称: DNA (45-mer) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.877905 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)

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分子 #10: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The MCM recruitment reaction was reconstituted in vitro using purified H. sapiens proteins, a short DNA template and ATPgammaS. Four microlitres of the entire reaction was applied on a grid and incubated for 1 min at room temperature before blotting with filter paper for 5 s and plunge-freezing in liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31569 / 平均露光時間: 9.4 sec. / 平均電子線量: 49.28 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: Other, initial_model_type: experimental modelModel of the DNA-bound MCM hexamer that was determined in the same dataset.
chain_id: F, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

6-f1

得られたモデル

PDB-8s0b:
H. sapiens MCM bound to double stranded DNA and ORC6 as part of the MCM-ORC complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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