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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19446 | ||||||||||||
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タイトル | Alpha-synuclein amyloid fibrils | ||||||||||||
マップデータ | Postprocessed map of the alpha-synuclein amyloid fibril core | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Chaperones / amyloid fibril (アミロイド) / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of glutathione peroxidase activity / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of glutathione peroxidase activity / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / negative regulation of transporter activity / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein localization to cell periphery / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / regulation of norepinephrine uptake / dopamine biosynthetic process / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of locomotion / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / regulation of macrophage activation / dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / dynein complex binding / positive regulation of receptor recycling / regulation of dopamine secretion / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / response to type II interferon / cuprous ion binding / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of endocytosis / kinesin binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to magnesium ion / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / alpha-tubulin binding / negative regulation of serotonin uptake / localization / phospholipid metabolic process / axon terminus / supramolecular fiber organization / 封入体 / cellular response to copper ion / Hsp70 protein binding / cellular response to epinephrine stimulus / excitatory postsynaptic potential / response to interleukin-1 / adult locomotory behavior / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / fatty acid metabolic process / long-term synaptic potentiation / regulation of transmembrane transporter activity / phosphoprotein binding / protein tetramerization / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / microglial cell activation / negative regulation of protein kinase activity / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / tau protein binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / receptor internalization / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / マイクロフィラメント / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / actin binding / cellular response to oxidative stress / 細胞皮質 / histone binding / 成長円錐 / postsynapse / chemical synaptic transmission / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / amyloid fibril formation / リソソーム / molecular adaptor activity / oxidoreductase activity / transcription cis-regulatory region binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Saibil HR / Monistrol J | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Stepwise recruitment of Hsc70 by DNAJB1 produces ordered arrays primed for bursts of amyloid fibre disassembly 著者: Monistrol J / Beton JG / Johnston EC / Saibil HR | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19446.map.gz | 16.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19446-v30.xml emd-19446.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19446_fsc.xml | 14.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19446.png | 26.9 KB | ||
マスクデータ | emd_19446_msk_1.map | 282.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19446.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_19446_half_map_1.map.gz emd_19446_half_map_2.map.gz | 223.3 MB 223.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19446 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19446 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rqmMC 8rrrC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map of the alpha-synuclein amyloid fibril core | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19446_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half map #1 of the alpha-synuclein amyloid fibril core
ファイル | emd_19446_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half map #1 of the alpha-synuclein amyloid fibril core | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half map #2 of the alpha-synuclein amyloid fibril core
ファイル | emd_19446_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half map #2 of the alpha-synuclein amyloid fibril core | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Alpha-synuclein amyloid fibril
全体 | 名称: Alpha-synuclein amyloid fibril |
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要素 |
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-超分子 #1: Alpha-synuclein amyloid fibril
超分子 | 名称: Alpha-synuclein amyloid fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Alpha-synuclein
分子 | 名称: Alpha-synuclein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.476108 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDVFMKGLSK AKEGVVAAAE KTKQGVAEAA GKTKEGVLYV GSKTKEGVVH GVATVAEKTK EQVTNVGGAV VTGVTAVAQK TVEGAGSIA AATGFVKKDQ LGKNEEGAPQ EGILEDMPVD PDNEAYEMPS EEGYQDYEPE A UniProtKB: Α-シヌクレイン |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |