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万見
- EMDB-19340: SPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP local r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19340
タイトルSPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP local refinement
マップデータEMhancer: SPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP local refinement
試料
  • 複合体: Local refinement of GFP part of the SPNS2:sfGFP heterodimer assembled by Di-Gluebody
    • 複合体: Green fluorescent protein
    • 複合体: Di-Gluebody
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Gluebody GbEnhancer
    • タンパク質・ペプチド: Gluebody GbC4
キーワードDNA helicase / Di-Gluebody / HYDROLASE
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Yi G / Ye M / Mamalis D / Sauer DB / von Delft F / Davis BG / Gilbert RJC
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Di-Gluebodies: Rigid modular nanobody protein assemblies enabling simultaneous determination of high-resolution cryo-EM structures
著者: Yi G / Mamalis D / Ye M / Carrique L / Fairhead M / Li H / Duerr K / Zhang P / Sauer DB / von Delft F / Davis BG / Gilbert RJC
履歴
登録2024年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19340.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EMhancer: SPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP local refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 350 pix.
= 326.2 Å		0.93 Å/pix.
x 350 pix.
= 326.2 Å		0.93 Å/pix.
x 350 pix.
= 326.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.00482989 - 2.2700202
平均 (標準偏差)0.0015709491 (±0.024552234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 326.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19340_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: SPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP...

ファイルemd_19340_additional_1.map
注釈SPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19340_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19340_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Local refinement of GFP part of the SPNS2:sfGFP heterodimer assem...

全体名称: Local refinement of GFP part of the SPNS2:sfGFP heterodimer assembled by Di-Gluebody
要素
  • 複合体: Local refinement of GFP part of the SPNS2:sfGFP heterodimer assembled by Di-Gluebody
    • 複合体: Green fluorescent protein
    • 複合体: Di-Gluebody
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Gluebody GbEnhancer
    • タンパク質・ペプチド: Gluebody GbC4

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超分子 #1: Local refinement of GFP part of the SPNS2:sfGFP heterodimer assem...

超分子名称: Local refinement of GFP part of the SPNS2:sfGFP heterodimer assembled by Di-Gluebody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: GbEnhancer and GbC4 were assembled via a disulfide to form a hetero Di-Gluebody
分子量理論値: 112 KDa

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超分子 #2: Green fluorescent protein

超分子名称: Green fluorescent protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Green fluorescent protein
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)

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超分子 #3: Di-Gluebody

超分子名称: Di-Gluebody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: Gluebody GbEnhancer and Gluebody GbC4
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Green fluorescent protein

分子名称: Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 26.81923 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN G IKANFKIR ...文字列:
MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN G IKANFKIR HNVEDGSVQL ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSTQSVLS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITHGMDELYK

UniProtKB: Green fluorescent protein

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分子 #2: Gluebody GbEnhancer

分子名称: Gluebody GbEnhancer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.689139 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVENGGA CVKPGGSLRL SCAASGFPVN RYSMRWYRQA PGKEREWVAG MSSAGDRSSY EDSVKGRFTI SRDDARNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCNVN VGFEYWGQGT QVMVS

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分子 #3: Gluebody GbC4

分子名称: Gluebody GbC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.982609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SQGQLVENGG GCVKAGGSLR LSCAASQGTL SNLVTGWFRR APGKEREFVA NIGRDGLTVY SNSVKGRFTI SRDRAKNTVY LQMDSLKPE DTAVYYCAGR LSRFPGEYDY WSKGTPVMVS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.025 %C24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 8674 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1127724
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 321178
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 詳細: Local refinement in cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3k1k


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / 温度因子: 154.9
得られたモデル

PDB-8rle:
SPNS2:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - sfGFP local refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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