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- EMDB-18864: Central glycolytic genes regulator (CggR) bound to DNA operator -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18864
タイトルCentral glycolytic genes regulator (CggR) bound to DNA operator
マップデータ
試料
  • 複合体: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR).
    • タンパク質・ペプチド: Central glycolytic genes regulator
    • DNA: operator DNA
    • DNA: operator DNA
キーワードBacillus subtilis / transcription repressor / glucose catabolism / SorC family / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / CggR N-terminal DNA binding domain / Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Central glycolytic genes regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Skerlova J / Soltysova M / Rezacova P / Skubnik K
資金援助 チェコ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCIISB, Instruct-CZ Centre of Instruct-ERIC EU consortium, funded by MEYS CR infrastructure project LM2018127 チェコ
European Regional Development FundOP RDE Project No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of two prototypical repressors of SorC family reveals tetrameric assemblies on DNA and mechanism of function.
著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor ...著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor Krásný / Pavlína Řezáčová /
要旨: The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography ...The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography and cryo-electron microscopy to investigate architecture and functional mechanism of two prototypical representatives of two sub-classes of the SorC family: DeoR and CggR from Bacillus subtilis. Despite possessing distinct DNA-binding domains, both proteins form similar tetrameric assemblies when bound to their respective DNA operators. Structural analysis elucidates the process by which the CggR-regulated gapA operon is derepressed through the action of two effectors: fructose-1,6-bisphosphate and newly confirmed dihydroxyacetone phosphate. Our findings provide the first comprehensive understanding of the DNA binding mechanism of the SorC-family proteins, shedding new light on their functional characteristics.
履歴
登録2023年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 352 pix.
= 289.344 Å		0.82 Å/pix.
x 352 pix.
= 289.344 Å		0.82 Å/pix.
x 352 pix.
= 289.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.162
最小 - 最大-0.19824444 - 0.5428169
平均 (標準偏差)0.0012862254 (±0.014502233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 289.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18864_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18864_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18864_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacil...

全体名称: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR).
要素
  • 複合体: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR).
    • タンパク質・ペプチド: Central glycolytic genes regulator
    • DNA: operator DNA
    • DNA: operator DNA

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超分子 #1: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacil...

超分子名称: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: A complex of full-length CggR with its 45bp DNA operator.
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞中の位置: cytoplasm

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分子 #1: Central glycolytic genes regulator

分子名称: Central glycolytic genes regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-terminal amino-acid sequence GIDPFT remains a part of the protein upon TEV cleavage as a cloning artefact.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞: Bacterium
分子量理論値: 38.623496 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GIDPFT(MSE)NQL IQAQKKLLPD LLLV(MSE)QKRFE ILQYIRLTEP IGRRSLSASL GISERVLRGE VQFLKEQNLV DI KTNG(MSE)TL TEEGYELLSV LEDT(MSE)KDVLG LTLLEKTLKE RLNLKDAIIV SGDSDQSPWV KKE(MSE)GRAAVA C (MSE)KKRFSGK ...文字列:
GIDPFT(MSE)NQL IQAQKKLLPD LLLV(MSE)QKRFE ILQYIRLTEP IGRRSLSASL GISERVLRGE VQFLKEQNLV DI KTNG(MSE)TL TEEGYELLSV LEDT(MSE)KDVLG LTLLEKTLKE RLNLKDAIIV SGDSDQSPWV KKE(MSE)GRAAVA C (MSE)KKRFSGK NIVAVTGGTT IEAVAE(MSE)(MSE)TP DSKNRELLFV PARGGLGEDV KNQANTICAH (MSE)AEKAS GTY RLLFVPGQLS QGAYSSIIEE PSVKEVLNTI KSAS(MSE)LVHGI GEAKT(MSE)AQRR NTPLEDLKKI DDNDAVTEA FGYYFNADGE VVHKVHSVG(MSE) QLDDIDAIPD IIAVAGGSSK AEAIEAYFKK PRNTVLVTDE GAAKKLLRDE

UniProtKB: Central glycolytic genes regulator

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分子 #2: operator DNA

分子名称: operator DNA / タイプ: dna / ID: 2
詳細: Only 41bp were modelled into the electron density map (two base pairs at both ends are missing).
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.78087 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DT)(DC)(DA)

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分子 #3: operator DNA

分子名称: operator DNA / タイプ: dna / ID: 3
詳細: Only 41bp were modelled into the electron density map (two base pairs at both sides are missing).
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.931952 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.86 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris hydrochloride
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.02 % (v/v)beta-mercaptoethanol

詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl and 0.02% (v/v) beta-mercaptoethanol
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model generation
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220146
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7oyk

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2okg

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Rigid body fitting of starting PDB models in Phenix and Coot was combined with manual rebuilding of certain model regions in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 24.32
得られたモデル

PDB-8r3g:
Central glycolytic genes regulator (CggR) bound to DNA operator

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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