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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Central glycolytic genes regulator (CggR) bound to DNA operator | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Skerlova J / Soltysova M / Rezacova P / Skubnik K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of two prototypical repressors of SorC family reveals tetrameric assemblies on DNA and mechanism of function. 著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor ...著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor Krásný / Pavlína Řezáčová / ![]() 要旨: The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography ...The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography and cryo-electron microscopy to investigate architecture and functional mechanism of two prototypical representatives of two sub-classes of the SorC family: DeoR and CggR from Bacillus subtilis. Despite possessing distinct DNA-binding domains, both proteins form similar tetrameric assemblies when bound to their respective DNA operators. Structural analysis elucidates the process by which the CggR-regulated gapA operon is derepressed through the action of two effectors: fructose-1,6-bisphosphate and newly confirmed dihydroxyacetone phosphate. Our findings provide the first comprehensive understanding of the DNA binding mechanism of the SorC-family proteins, shedding new light on their functional characteristics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 156.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 166.4 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 154.6 MB 154.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8r3gMC ![]() 8r7yC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18864_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18864_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacil...
全体 | 名称: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR). |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacil...
超分子 | 名称: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR). タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: A complex of full-length CggR with its 45bp DNA operator. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Central glycolytic genes regulator
分子 | 名称: Central glycolytic genes regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: N-terminal amino-acid sequence GIDPFT remains a part of the protein upon TEV cleavage as a cloning artefact. コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.623496 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GIDPFT(MSE)NQL IQAQKKLLPD LLLV(MSE)QKRFE ILQYIRLTEP IGRRSLSASL GISERVLRGE VQFLKEQNLV DI KTNG(MSE)TL TEEGYELLSV LEDT(MSE)KDVLG LTLLEKTLKE RLNLKDAIIV SGDSDQSPWV KKE(MSE)GRAAVA C (MSE)KKRFSGK ...文字列: GIDPFT(MSE)NQL IQAQKKLLPD LLLV(MSE)QKRFE ILQYIRLTEP IGRRSLSASL GISERVLRGE VQFLKEQNLV DI KTNG(MSE)TL TEEGYELLSV LEDT(MSE)KDVLG LTLLEKTLKE RLNLKDAIIV SGDSDQSPWV KKE(MSE)GRAAVA C (MSE)KKRFSGK NIVAVTGGTT IEAVAE(MSE)(MSE)TP DSKNRELLFV PARGGLGEDV KNQANTICAH (MSE)AEKAS GTY RLLFVPGQLS QGAYSSIIEE PSVKEVLNTI KSAS(MSE)LVHGI GEAKT(MSE)AQRR NTPLEDLKKI DDNDAVTEA FGYYFNADGE VVHKVHSVG(MSE) QLDDIDAIPD IIAVAGGSSK AEAIEAYFKK PRNTVLVTDE GAAKKLLRDE UniProtKB: Central glycolytic genes regulator |
-分子 #2: operator DNA
分子 | 名称: operator DNA / タイプ: dna / ID: 2 詳細: Only 41bp were modelled into the electron density map (two base pairs at both ends are missing). コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.78087 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DT)(DC)(DA) |
-分子 #3: operator DNA
分子 | 名称: operator DNA / タイプ: dna / ID: 3 詳細: Only 41bp were modelled into the electron density map (two base pairs at both sides are missing). コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.931952 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.86 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl and 0.02% (v/v) beta-mercaptoethanol | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Rigid body fitting of starting PDB models in Phenix and Coot was combined with manual rebuilding of certain model regions in Coot. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 24.32 | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-8r3g: |