+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1850 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Near-cognate 70S-TC complex | |||||||||
マップデータ | Surface rendered view of Near-cognate 70S-TC complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ribosome / ternary complex / near-cognate | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Agirrezabala X / Schreiner E / Trabuco LG / Lei J / Ortiz-Meoz RF / Schulten K / Green R / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2011 タイトル: Structural insights into cognate versus near-cognate discrimination during decoding. 著者: Xabier Agirrezabala / Eduard Schreiner / Leonardo G Trabuco / Jianlin Lei / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Klaus Schulten / Rachel Green / Joachim Frank / 要旨: The structural basis of the tRNA selection process is investigated by cryo-electron microscopy of ribosomes programmed with UGA codons and incubated with ternary complex (TC) containing the near- ...The structural basis of the tRNA selection process is investigated by cryo-electron microscopy of ribosomes programmed with UGA codons and incubated with ternary complex (TC) containing the near-cognate Trp-tRNA(Trp) in the presence of kirromycin. Going through more than 350 000 images and employing image classification procedures, we find ∼8% in which the TC is bound to the ribosome. The reconstructed 3D map provides a means to characterize the arrangement of the near-cognate aa-tRNA with respect to elongation factor Tu (EF-Tu) and the ribosome, as well as the domain movements of the ribosome. One of the interesting findings is that near-cognate tRNA's acceptor stem region is flexible and CCA end becomes disordered. The data bring direct structural insights into the induced-fit mechanism of decoding by the ribosome, as the analysis of the interactions between small and large ribosomal subunit, aa-tRNA and EF-Tu and comparison with the cognate case (UGG codon) offers clues on how the conformational signals conveyed to the GTPase differ in the two cases. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1850.map.gz | 54.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1850-v30.xml emd-1850.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1850.gif emd1850.tif | 72.5 KB 1.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1850 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1850 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1850_validation.pdf.gz | 329.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1850_full_validation.pdf.gz | 329.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1850_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1850 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1850 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Surface rendered view of Near-cognate 70S-TC complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Near-cognate 70S-TC complex
全体 | 名称: Near-cognate 70S-TC complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Near-cognate 70S-TC complex
超分子 | 名称: Near-cognate 70S-TC complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 70S.fMet-tRNAfMet. EF-Tu.Trp-tRNATrp / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 4 |
---|---|
分子量 | 理論値: 2.8 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: 70S Ribosome
超分子 | 名称: 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: fMet-tRNAfMet
分子 | 名称: fMet-tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: fMet-tRNAfMet / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: CGCGGGGTGG AGCAGCCTGG TAGCTCGTCG GGCTCATAAC CCGAAGATCG TCGGTTCAAA TCCGGCCCCC GCAACCA |
-分子 #3: Trp-tRNATrp
分子 | 名称: Trp-tRNATrp / タイプ: rna / ID: 3 / Name.synonym: Trp-tRNATrp / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: EF-Tu
分子 | 名称: EF-Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / Organelle: Cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: HiFi (50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT) |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-sample |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 6 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective corrected at 100,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 1.5 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: Automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x) TVIPS TemCam-F415 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 58269 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Defocus groups, Wiener filter |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 26873 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2i2v |
---|---|
ソフトウェア | 名称: MDFF |
詳細 | Protocol: MD-based flexible fitting |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: RMSD, cross correlation |
得られたモデル | PDB-4v6l: |