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万見
- EMDB-18462: Neck of phage 812 virion (C6) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18462
タイトルNeck of phage 812 virion (C6)
マップデータNeck of phage 812 virion (C6)
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate hub assembly protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative non-cytoplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: Non-cytoplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative neck protein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードphage / neck / portal / connector / VIRUS
機能・相同性Non-cytoplasmic protein / Non-cytoplasmic protein / Neck protein / Capsid protein / Baseplate hub assembly protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Cienikova Z / Novacek J / Fuzik T / Benesik M / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812
著者: Cienikova Z / Novacek J / Siborova M / Popelarova B / Fuzik T / Benesik M / Bardy P / Plevka P
履歴
登録2023年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Neck of phage 812 virion (C6)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 518.4 Å		1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 518.4 Å		1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 518.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.08513188 - 0.14313003
平均 (標準偏差)0.00028811747 (±0.004312905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 518.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18462_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_18462_half_map_1.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_18462_half_map_2.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 812

全体名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate hub assembly protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative non-cytoplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: Non-cytoplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative neck protein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Staphylococcus phage 812

超分子名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / 詳細: Purified phage virion / NCBI-ID: 307898 / 生物種: Staphylococcus phage 812 / Sci species strain: K1-420 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: CCM 8428
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1100.0 Å

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
分子量理論値: 33.757332 KDa
配列文字列: MEKPYMIGAN SNPNVINKST TYTTTTQADE QDKPKYTTRL EFDTIDMIRF INDRGIKVLW EEAYFCPCLN PDTGHPRVDC PRCHGKGIA YLPPKETIMA IQSQEKGTNQ LDIGILDTGT AIGTTQLEKR ISYRDRFTVP EVLMPQQMIY FVNKDRIKKG I PLYYDVKE ...文字列:
MEKPYMIGAN SNPNVINKST TYTTTTQADE QDKPKYTTRL EFDTIDMIRF INDRGIKVLW EEAYFCPCLN PDTGHPRVDC PRCHGKGIA YLPPKETIMA IQSQEKGTNQ LDIGILDTGT AIGTTQLEKR ISYRDRFTVP EVLMPQQMIY FVNKDRIKKG I PLYYDVKE ITYIATQDGT VYEEDYEIKN NRLYLNEKYE NHTVTLKILM TLRYVVSDIL KESRYQYTKF NQPKSKFENL PQ KLLLKRE DVIVLQDPYK VNDGIEEDLE IQVDDPKASA SNPSNLGGFF GGAFK

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: Baseplate hub assembly protein

分子名称: Baseplate hub assembly protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
分子量理論値: 31.79968 KDa
配列文字列: MAITSVDSYL LSEIKPRLNT VLENCYIIDE VLKDFDYQTR ESFKEAFCGK NAQHEVTVGF NFPKFKNNYE AHYLIQLGQG QETKNSLGS IQSSYFEATG DTLVESSTAI REDDKLVFTV SKPIGELIKV EDIEFAKYDN LQVEGNKVSF KYQTNEDYEN Y NANIIFTE ...文字列:
MAITSVDSYL LSEIKPRLNT VLENCYIIDE VLKDFDYQTR ESFKEAFCGK NAQHEVTVGF NFPKFKNNYE AHYLIQLGQG QETKNSLGS IQSSYFEATG DTLVESSTAI REDDKLVFTV SKPIGELIKV EDIEFAKYDN LQVEGNKVSF KYQTNEDYEN Y NANIIFTE KKNDSKGLVK GFTVEEQVTV VGLSFNVDVA RCLDAVLKMI LISMRDSIEE QQTFQLQNLS FGDIAPIIED GD SMIFGRP TIIKYTSSLD LDYTITQDIN KLTFKERKDW K

UniProtKB: Baseplate hub assembly protein

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分子 #3: Putative non-cytoplasmic protein

分子名称: Putative non-cytoplasmic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
分子量理論値: 10.146707 KDa
配列文字列:
MSIEKKEEVI AHNEVVFRSL TQGLYVKEVD IYSDVVSYTK DVDEALAMPN TINFKNSRKY KKLIMNLDLE PLNKIQKVIY ETHLEGL

UniProtKB: Non-cytoplasmic protein

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分子 #4: Non-cytoplasmic protein

分子名称: Non-cytoplasmic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
分子量理論値: 17.885197 KDa
配列文字列:
MADEISLNPI QDAKPIDDIV DIMTYLKNGK VLRVKQDNQG DILVRMSPGK HKFTEVSRDL DKESFYYKRH WVLYNVSVNS LITFDVYLD EEYSETTKVK YPKDTIVEYT REDQEKDVAM IKEILTDNNG NYFYALIGET MLFDENKLNK VKD

UniProtKB: Non-cytoplasmic protein

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分子 #5: Putative neck protein

分子名称: Putative neck protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
分子量理論値: 34.191703 KDa
配列文字列: MVNSMFGGDL DPYEKSLNYE YPYHPSGNPK HIDVSEIDNL TLADYGWSPD AVKAYMFGIV VQNPDTGQPM GDEFYNHILE RAVGKAERA LDISILPDTQ HEMRDYHETE FNSYMFVHAY RKPILQVENL QLQFNGRPIY KYPANWWKVE HLAGHVQLFP T ALMQTGQS ...文字列:
MVNSMFGGDL DPYEKSLNYE YPYHPSGNPK HIDVSEIDNL TLADYGWSPD AVKAYMFGIV VQNPDTGQPM GDEFYNHILE RAVGKAERA LDISILPDTQ HEMRDYHETE FNSYMFVHAY RKPILQVENL QLQFNGRPIY KYPANWWKVE HLAGHVQLFP T ALMQTGQS MSYDAVFNGY PQLAGVYPPS GATFAPQMIR LEYVSGMLPR KKAGRNKPWE MPPELEQLVI KYALKEIYQV WG NLIIGAG IANKTLEVDG ITETIGTTQS AMYGGASAQI LQINEDIKEL LDGLRAYFGY NMIGL

UniProtKB: Neck protein

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
10.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMCaClcalcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 実像数: 30553 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frame alignment and dose-weighting with MotionCor2, then contrast inversion and normalization
粒子像選択選択した数: 23947 / 詳細: Manual particle selection
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8203

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 21731
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Particles with genome and aligned on the capsid and neck
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
source_name: Other, initial_model_type: in silico modelRaptorX
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8qkh:
Neck of phage 812 virion (C6)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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