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万見
- EMDB-1811: Yeast 80S ribosome stalled by a stem-loop containing mRNA in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1811
タイトルYeast 80S ribosome stalled by a stem-loop containing mRNA in complex with Dom34-Hbs1. The dataset is computationally sorted for presence of P-site tRNA and Dom34-Hbs1.
マップデータThis map represents a cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome stalled by a stable stem-loop structure in complex with Dom34 and Hbs1. Additionally, it contains a P-site tRNA.
試料
  • 試料: Stem-loop stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34-Hbs1 and P-site tRNA.
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Hbs1p
  • タンパク質・ペプチド: Dom34p
キーワードRibosome / stalling / mRNA / P-site tRNA / no-go mRNA decay
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Elongation / RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / HSF1 activation / ribosome disassembly / Protein methylation / nonfunctional rRNA decay / positive regulation of translational initiation ...Eukaryotic Translation Elongation / RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / HSF1 activation / ribosome disassembly / Protein methylation / nonfunctional rRNA decay / positive regulation of translational initiation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / RNA endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / positive regulation of translation / meiotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / translation / cell division / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation release factor pelota / HBS1-like protein, N-terminal / Pelota/DOM34, N-terminal domain / HBS1 N-terminus / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 ...Translation release factor pelota / HBS1-like protein, N-terminal / Pelota/DOM34, N-terminal domain / HBS1 N-terminus / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor 1 alpha-like protein / Protein DOM34
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Becker T / Armache JP / Anger AM / Jarasch A / Villa E / Sieber H / AbdelMotaal B / Berninghausen O / Mielke T / Beckmann R
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Structure of the no-go mRNA decay complex Dom34-Hbs1 bound to a stalled 80S ribosome.
著者: Thomas Becker / Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Heidemarie Sieber / Basma Abdel Motaal / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
要旨: No-go decay (NGD) is a mRNA quality-control mechanism in eukaryotic cells that leads to degradation of mRNAs stalled during translational elongation. The key factors triggering NGD are Dom34 and Hbs1. ...No-go decay (NGD) is a mRNA quality-control mechanism in eukaryotic cells that leads to degradation of mRNAs stalled during translational elongation. The key factors triggering NGD are Dom34 and Hbs1. We used cryo-EM to visualize NGD intermediates resulting from binding of the Dom34-Hbs1 complex to stalled ribosomes. At subnanometer resolution, all domains of Dom34 and Hbs1 were identified, allowing the docking of crystal structures and homology models. Moreover, the close structural similarity of Dom34 and Hbs1 to eukaryotic release factors (eRFs) enabled us to propose a model for the ribosome-bound eRF1-eRF3 complex. Collectively, our data provide structural insights into how stalled mRNA is recognized on the ribosome and how the eRF complex can simultaneously recognize stop codons and catalyze peptide release.
履歴
登録2010年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年5月27日-
マップ公開2011年5月27日-
更新2014年9月10日-
現状2014年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-3izq
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3izq
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3izq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1811.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map represents a cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome stalled by a stable stem-loop structure in complex with Dom34 and Hbs1. Additionally, it contains a P-site tRNA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.61734 - 2.59104
平均 (標準偏差)0.0163218 (±0.174673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-1.6172.5910.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Stem-loop stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34-Hbs1 a...

全体名称: Stem-loop stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34-Hbs1 and P-site tRNA.
要素
  • 試料: Stem-loop stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34-Hbs1 and P-site tRNA.
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Hbs1p
  • タンパク質・ペプチド: Dom34p

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超分子 #1000: Stem-loop stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34-Hbs1 a...

超分子名称: Stem-loop stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34-Hbs1 and P-site tRNA.
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Mammalian Sec61 was added to saturate the hydrophobic signal sequence present in the nascent polypeptide chain.
集合状態: One ribosome / Number unique components: 3
分子量理論値: 3.3 MDa

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: yeast 80S ribosome
詳細: The mRNA stem-loop structure is not visible in the Cryo-EM reconstruction indicating its flexibility
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
分子量実験値: 3.2 MDa / 理論値: 3.2 MDa

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分子 #1: Hbs1p

分子名称: Hbs1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hbs1p / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Bakers's yeast / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 68 KDa / 理論値: 68 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b

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分子 #2: Dom34p

分子名称: Dom34p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Dom34p / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Bakers's yeast / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 44 KDa / 理論値: 44 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 20 mM Tris/HCl, pH 7.0, 80 mM NaCl, 97 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1.5 mM DTT, 0.02 % Nikkol, 1.8 % Glycerol, 0.01 mg/ml Cycloheximide, 500 0.5 mM GDPNP, 0.3 % Digitonin
グリッド詳細: Quantifoil Grid with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blotted for 10 seconds before plunging, used 2 layer of filter paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 84 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.76 µm / 実像数: 78 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Scanned with a Heidelberg PrimeScan drum scanner at 5334 dpi
Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.78 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara Cartridge System / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Mammalian Sec61 complex was added to the sample to saturate the hydrophobic nascent chain
CTF補正詳細: CTF correction on the level of 3D volumes (SPIDER TF CTS command)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: The dataset was sorted according to presence of Dom34-Hbs1 complex and P-site tRNA.
使用した粒子像数: 38400

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2vgm

ソフトウェア名称: Molecular Dynamics based flexible fitting MDFF
詳細Rigid body fitting of individual domains using Coot followed by MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3izq:
Structure of the Dom34-Hbs1-GDPNP complex bound to a translating ribosome

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2qi2

ソフトウェア名称: Molecular Dynamics based flexible fitting MDFF
詳細Rigid body fitting of individual domains using Coot followed by MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3izq:
Structure of the Dom34-Hbs1-GDPNP complex bound to a translating ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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