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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18048 | |||||||||
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タイトル | Neck of phage 812 after tail contraction (C6) | |||||||||
マップデータ | Neck of phage 812 after tail contraction (C6) | |||||||||
試料 |
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キーワード | phage / neck / connector / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Major tail sheath protein / Neck protein / Capsid protein / Baseplate hub assembly protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus phage 812 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Cienikova Z / Siborova M / Fuzik T / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812 著者: Cienikova Z / Novacek J / Siborova M / Popelarova B / Fuzik T / Benesik M / Bardy P / Plevka P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18048.map.gz | 35.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18048-v30.xml emd-18048.xml | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18048_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18048.png | 95.9 KB | ||
マスクデータ | emd_18048_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18048.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_18048_half_map_1.map.gz emd_18048_half_map_2.map.gz | 69.7 MB 69.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18048 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18048 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18048_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18048_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18048_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18048_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18048 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18048 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q01MC 8q1iC 8q7dC 8qekC 8qemC 8qgrC 8qjeC 8qkhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Neck of phage 812 after tail contraction (C6) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.057 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18048_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 1 for neck of phage 812 after tail contraction (C6)
ファイル | emd_18048_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 1 for neck of phage 812 after tail contraction (C6) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2 for neck of phage 812 after...
ファイル | emd_18048_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 2 for neck of phage 812 after tail contraction (C6), box 288 px | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Staphylococcus phage 812
全体 | 名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Staphylococcus phage 812
超分子 | 名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 307898 / 生物種: Staphylococcus phage 812 / Sci species strain: K1-420 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: CCM 8428 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1100.0 Å |
-分子 #1: Tail tube protein
分子 | 名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
分子量 | 理論値: 15.94297 KDa |
配列 | 文字列: MASEAKQTVH TGNTVLLMIK GKPVGRAQSA SGQREYGTTG VYEIGSIMPQ EHVYLRYEGT ITVERLRMKK ENFADLGYAS LGEEILKKD IIDILVVDNL TKQVIISYHG CSANNYNETW QTNEIVTEEI EFSYLTASDK ART UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #2: Tail terminator protein
分子 | 名称: Tail terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
分子量 | 理論値: 31.79968 KDa |
配列 | 文字列: MAITSVDSYL LSEIKPRLNT VLENCYIIDE VLKDFDYQTR ESFKEAFCGK NAQHEVTVGF NFPKFKNNYE AHYLIQLGQG QETKNSLGS IQSSYFEATG DTLVESSTAI REDDKLVFTV SKPIGELIKV EDIEFAKYDN LQVEGNKVSF KYQTNEDYEN Y NANIIFTE ...文字列: MAITSVDSYL LSEIKPRLNT VLENCYIIDE VLKDFDYQTR ESFKEAFCGK NAQHEVTVGF NFPKFKNNYE AHYLIQLGQG QETKNSLGS IQSSYFEATG DTLVESSTAI REDDKLVFTV SKPIGELIKV EDIEFAKYDN LQVEGNKVSF KYQTNEDYEN Y NANIIFTE KKNDSKGLVK GFTVEEQVTV VGLSFNVDVA RCLDAVLKMI LISMRDSIEE QQTFQLQNLS FGDIAPIIED GD SMIFGRP TIIKYTSSLD LDYTITQDIN KLTFKERKDW K UniProtKB: Baseplate hub assembly protein |
-分子 #3: Tail sheath protein
分子 | 名称: Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
分子量 | 理論値: 64.559008 KDa |
配列 | 文字列: MAVEPFPRRP ITRPHASIEV DTSGIGGSAG SSEKVFCLIG QAEGGEPNTV YELRNYSQAK RLFRSGELLD AIELAWGSNP NYTAGRILA MRIEDAKPAS AEIGGLKITS KIYGNVANNI QVGLEKNTLS DSLRLRVIFQ DDRFNEVYDN IGNIFTIKYK G EEANATFS ...文字列: MAVEPFPRRP ITRPHASIEV DTSGIGGSAG SSEKVFCLIG QAEGGEPNTV YELRNYSQAK RLFRSGELLD AIELAWGSNP NYTAGRILA MRIEDAKPAS AEIGGLKITS KIYGNVANNI QVGLEKNTLS DSLRLRVIFQ DDRFNEVYDN IGNIFTIKYK G EEANATFS VEHDEETQKA SRLVLKVGDQ EVKSYDLTGG AYDYTNAIIT DINQLPDFEA KLSPFGDKNL ESSKLDKIEN AN IKDKAVY VKAVFGDLEK QTAYNGIVSF EQLNAEGEVP SNVEVEAGEE SATVTATSPI KTIEPFELTK LKGGTNGEPP ATW ADKLDK FAHEGGYYIV PLSSKQSVHA EVASFVKERS DAGEPMRAIV GGGFNESKEQ LFGRQASLSN PRVSLVANSG TFVM DDGRK NHVPAYMVAV ALGGLASGLE IGESITFKPL RVSSLDQIYE SIDLDELNEN GIISIEFVRN RTNTFFRIVD DVTTF NDKS DPVKAEMAVG EANDFLVSEL KVQLEDQFIG TRTINTSASI IKDFIQSYLG RKKRDNEIQD FPAEDVQVIV EGNEAR ISM TVYPIRSFKK ISVSLVYKQQ TLQA UniProtKB: Major tail sheath protein |
-分子 #4: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
分子量 | 理論値: 33.757332 KDa |
配列 | 文字列: MEKPYMIGAN SNPNVINKST TYTTTTQADE QDKPKYTTRL EFDTIDMIRF INDRGIKVLW EEAYFCPCLN PDTGHPRVDC PRCHGKGIA YLPPKETIMA IQSQEKGTNQ LDIGILDTGT AIGTTQLEKR ISYRDRFTVP EVLMPQQMIY FVNKDRIKKG I PLYYDVKE ...文字列: MEKPYMIGAN SNPNVINKST TYTTTTQADE QDKPKYTTRL EFDTIDMIRF INDRGIKVLW EEAYFCPCLN PDTGHPRVDC PRCHGKGIA YLPPKETIMA IQSQEKGTNQ LDIGILDTGT AIGTTQLEKR ISYRDRFTVP EVLMPQQMIY FVNKDRIKKG I PLYYDVKE ITYIATQDGT VYEEDYEIKN NRLYLNEKYE NHTVTLKILM TLRYVVSDIL KESRYQYTKF NQPKSKFENL PQ KLLLKRE DVIVLQDPYK VNDGIEEDLE IQVDDPKASA SNPSNLGGFF GGAFK UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #5: Adaptor protein
分子 | 名称: Adaptor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
分子量 | 理論値: 34.191703 KDa |
配列 | 文字列: MVNSMFGGDL DPYEKSLNYE YPYHPSGNPK HIDVSEIDNL TLADYGWSPD AVKAYMFGIV VQNPDTGQPM GDEFYNHILE RAVGKAERA LDISILPDTQ HEMRDYHETE FNSYMFVHAY RKPILQVENL QLQFNGRPIY KYPANWWKVE HLAGHVQLFP T ALMQTGQS ...文字列: MVNSMFGGDL DPYEKSLNYE YPYHPSGNPK HIDVSEIDNL TLADYGWSPD AVKAYMFGIV VQNPDTGQPM GDEFYNHILE RAVGKAERA LDISILPDTQ HEMRDYHETE FNSYMFVHAY RKPILQVENL QLQFNGRPIY KYPANWWKVE HLAGHVQLFP T ALMQTGQS MSYDAVFNGY PQLAGVYPPS GATFAPQMIR LEYVSGMLPR KKAGRNKPWE MPPELEQLVI KYALKEIYQV WG NLIIGAG IANKTLEVDG ITETIGTTQS AMYGGASAQI LQINEDIKEL LDGLRAYFGY NMIGL UniProtKB: Neck protein |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Phage particle after tail contraction and genome ejection |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 15371 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-8q01: |