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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle -10 degrees | |||||||||||||||
![]() | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle -10, B-factor sharpened map | |||||||||||||||
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![]() | Retrovirus / HTLV / immature capsid / CA / CA-NTD / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
![]() | Obr M / Percipalle M / Chernikova D / Yang H / Thader A / Pinke G / Porley D / Mansky LM / Dick RA / Schur FKM | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Unconventional stabilization of the human T-cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. 著者: Martin Obr / Mathias Percipalle / Darya Chernikova / Huixin Yang / Andreas Thader / Gergely Pinke / Dario Porley / Louis M Mansky / Robert A Dick / Florian Km Schur / ![]() ![]() 要旨: Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here ...Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here we report the results of cryo-electron tomography (cryo-ET) studies of HTLV-1 virus-like particles (VLPs) assembled , as well as derived from cells. This work shows that HTLV-1 employs an unconventional mechanism of Gag-Gag interactions to form the immature viral lattice. Analysis of high-resolution structural information from immature CA tubular arrays reveals that the primary stabilizing component in HTLV-1 is CA-NTD. Mutagenesis and biophysical analysis support this observation. This distinguishes HTLV-1 from other retroviruses, in which the stabilization is provided primarily by the CA-CTD. These results are the first to provide structural details of the quaternary arrangement of Gag for an immature deltaretrovirus, and this helps explain why HTLV-1 particles are morphologically distinct. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 51.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.8 KB 26.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 182.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 28.2 MB 28.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pu9MC ![]() 8pu6C ![]() 8pu7C ![]() 8pu8C ![]() 8puaC ![]() 8pubC ![]() 8pucC ![]() 8pudC ![]() 8pueC ![]() 8pufC ![]() 8pugC ![]() 8puhC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle -10, B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.327 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle -10, halfmap 1
ファイル | emd_17932_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle -10, halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle -10, halfmap 2
ファイル | emd_17932_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle -10, halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human T-cell leukemia virus type I
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human T-cell leukemia virus type I
超分子 | 名称: Human T-cell leukemia virus type I / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11908 / 生物種: Human T-cell leukemia virus type I / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Gag protein (Fragment)
分子 | 名称: Gag protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.969809 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PVMHPHGAPP NHRPWQMKDL QAIKQEVSQA APGSPQFMQT IRLAVQQFDP TAKDLQDLLQ YLCSSLVASL HHQQLDSLIS EAETRGITG YNPLAGPLRV QANNPQQQGL RREYQQLWLA AFAALP UniProtKB: Gag protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AMYLAMINE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Grids coated with 2nm continuous carbon layer. |
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電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.3675 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均露光時間: 1.05 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Residue range: 13-125 / Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other 詳細: rigid body fit derived from refined model deposited in D_1292131146 |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8pu9: |