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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Dynactin pointed end bound to JIP3 | ||||||||||||
![]() | 3D map after focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
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![]() | Dynein / AAA-Atpase / p150 / LIS1 / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() retrograde axonal transport of mitochondrion / dynactin complex / anterograde axonal protein transport / MAP-kinase scaffold activity / Neutrophil degranulation / JUN kinase binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / axon regeneration / COPI-mediated anterograde transport ...retrograde axonal transport of mitochondrion / dynactin complex / anterograde axonal protein transport / MAP-kinase scaffold activity / Neutrophil degranulation / JUN kinase binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / axon regeneration / COPI-mediated anterograde transport / dynein complex binding / axon development / kinesin binding / regulation of JNK cascade / stress fiber / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / sarcomere / mitotic spindle organization / positive regulation of JNK cascade / kinetochore / signaling receptor complex adaptor activity / cell cortex / cell body / growth cone / cytoplasmic vesicle / protein stabilization / axon / Golgi membrane / centrosome / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
![]() | Singh K / Lau CK / Manigrasso G / Gassmann R / Carter AP | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1. 著者: Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter / ![]() ![]() 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 335.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 371.3 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 296.4 MB 336.3 MB 298.3 MB 298.3 MB 298.2 MB 298.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 994.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 993.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pr4MC ![]() 8pqvC ![]() 8pqwC ![]() 8pqyC ![]() 8pqzC ![]() 8pr0C ![]() 8pr1C ![]() 8pr2C ![]() 8pr3C ![]() 8pr5C ![]() 8ptkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D map after focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17834_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end
ファイル | emd_17834_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map 1 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end
ファイル | emd_17834_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map 2 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end
ファイル | emd_17834_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17834_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17834_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dynactin pointed end bound to JIP3
全体 | 名称: Dynactin pointed end bound to JIP3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dynactin pointed end bound to JIP3
超分子 | 名称: Dynactin pointed end bound to JIP3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Arp11
分子 | 名称: Arp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.250785 KDa |
配列 | 文字列: MPLYEGLGSG GEKTAVVIDL GEAFTKCGFA GETGPRCIIP SVIKKAGMPK PIKVVQYNIN TEELYSYLKE FIHILYFRHL LVNPRDRRV VVIESVLCPS HFRETLTRVL FKYFEVPSVL LAPSHLMALL TLGINSAMVL DCGYRESLVL PIYEGIPVLN C WGALPLGG ...文字列: MPLYEGLGSG GEKTAVVIDL GEAFTKCGFA GETGPRCIIP SVIKKAGMPK PIKVVQYNIN TEELYSYLKE FIHILYFRHL LVNPRDRRV VVIESVLCPS HFRETLTRVL FKYFEVPSVL LAPSHLMALL TLGINSAMVL DCGYRESLVL PIYEGIPVLN C WGALPLGG KALHKELETQ LLEQCTVDTG AAKEQSLPSV MGSIPEGVLE DIKVRTCFVS DLTRGLKIQA AKFNIDGNTE RP SPPPNVD YPLDGEKILH VLGSIRDSVV EILFEQDNEE KSVATLILDS LMQCPIDTRK QLAENLVIIG GTSMLPGFLH RLL AEIRYL VEKPKYKKTL GTKTFRIHTP PAKANCVAWL GGAIFGALQD ILGSRSVSKE YYNQTGRIPD WCSLNNPPLE MVFD VGKSQ PPLMKRAFST EK UniProtKB: Actin-related protein 10 |
-分子 #2: Dynactin 6
分子 | 名称: Dynactin 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 20.70391 KDa |
配列 | 文字列: MAEKTQKSVK IAPGAVVCVE SEIRGDVTIG PRTVIHPKAR IIAEAGPIVI GEGNLIEEQA LIINAHPDNI TPDAEDSEPK PMIIGTNNV FEVGCYSQAM KMGDNNVIES KAYVGRNVIL TSGCIIGACC NLNTFEVIPE NTVIYGADCL RRVQTERPQP Q TLQLDFLM ...文字列: MAEKTQKSVK IAPGAVVCVE SEIRGDVTIG PRTVIHPKAR IIAEAGPIVI GEGNLIEEQA LIINAHPDNI TPDAEDSEPK PMIIGTNNV FEVGCYSQAM KMGDNNVIES KAYVGRNVIL TSGCIIGACC NLNTFEVIPE NTVIYGADCL RRVQTERPQP Q TLQLDFLM KILPNYHHLK KTMKGSSTPV KN UniProtKB: Dynactin subunit 6 |
-分子 #3: Dynactin subunit 5
分子 | 名称: Dynactin subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 20.150533 KDa |
配列 | 文字列: MELGELLYNK SEYIETASGN KVSRQSVLCG SQNIVLNGKT IVMNDCIIRG DLANVRVGRH CVVKSRSVIR PPFKKFSKGV AFFPLHIGD HVFIEEDCVV NAAQIGSYVH VGKNCVIGRR CVLKDCCKIL DNTVLPPETV VPPFTVFSGC PGLFSGELPE C TQELMIDV TKSYYQKFLP LTQV UniProtKB: Dynactin subunit 5 |
-分子 #4: Dynactin subunit 4
分子 | 名称: Dynactin subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.920434 KDa |
配列 | 文字列: MASLLQSERV LYLVQGEKKV RAPLSQLYFC RYCSELRSLE CVSHEVDSHY CPSCLENMPS AEAKLKKNRC ANCFDCPGCM HTLSTRATS ISTQLPDDPA KTAVKKAYYL ACGFCRWTSR DVGMADKSVA SGGWQEPDHP HTQRMNKLIE YYQQLAQKEK V ERDRKKLA ...文字列: MASLLQSERV LYLVQGEKKV RAPLSQLYFC RYCSELRSLE CVSHEVDSHY CPSCLENMPS AEAKLKKNRC ANCFDCPGCM HTLSTRATS ISTQLPDDPA KTAVKKAYYL ACGFCRWTSR DVGMADKSVA SGGWQEPDHP HTQRMNKLIE YYQQLAQKEK V ERDRKKLA RRRNYMPLAF SQHTIHVVDK YGLGTRLQRP RAGTTITALA GLSLKEGEDQ KEIKIEPAQA VDEVEPLPED YY TRPVNLT EVTTLQQRLL QPDFQPICAS QLYPRHKHLL IKRSLRCRQC EHNLSKPEFN PTSIKFKIQL VAVNYIPEVR IMS IPNLRY MKESQVLLTL TNPVENLTHV TLLECEEGDP DDTNSTAKVS VPPTELVLAG KDAAAEYDEL AEPQDFPDDP DVVA FRKAN KVGVFIKVTP QREEGDVTVC FKLKHDFKNL AAPIRPVEEA DPGAEVSWLT QHVELSLGPL LP UniProtKB: Dynactin subunit 4 |
-分子 #5: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
分子 | 名称: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 65.975398 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNIEFLKMME IQMDEGGGVV VYQDDYCSGS VMSERVSGLA GSIYREFERL IHCYDEEVVK ELMPLVVNVL ENLDSVLSEN QEHEVELEL LREDNEQLLT QYEREKALRR QAEEKFIEFE DALEQEKKEL QIQVEHYEFQ TRQLELKAKN YADQISRLEE R ESEMKKEY ...文字列: SNIEFLKMME IQMDEGGGVV VYQDDYCSGS VMSERVSGLA GSIYREFERL IHCYDEEVVK ELMPLVVNVL ENLDSVLSEN QEHEVELEL LREDNEQLLT QYEREKALRR QAEEKFIEFE DALEQEKKEL QIQVEHYEFQ TRQLELKAKN YADQISRLEE R ESEMKKEY NALHQRHTEM IQTYVEHIER SKMQQVGGNS QTESSLPGRR KERPTSLNVF PLADGTVRAQ IGGKLVPAGD HW HLSDLGQ LQSSSSYQCP QDEMSESGQS SAAATPSTTG TKSNTPTSSV PSAAVTPLNE SLQPLGDYGV GSKNSKRARE KRD SRNMEV QVTQEMRNVS IGMGSSDEWS DVQDIIDSTP ELDMCPETRL DRTGSSPTQG IVNKAFGINT DSLYHELSTA GSEV IGDVD EGADLLGEFS VRDDFFGMGK EVGNLLLENS QLLETKNALN VVKNDLIAKV DQLSGEQEVL RGELEAAKQA KVKLE NRIK ELEEELKRVK SEAIIARREP KEEAEDVSSY LCTESDKIPM AQRRRFTRVE MARVLMERNQ YKERLMELQE AVRWTE MIR ASREGSGSGR WSHPQFEK UniProtKB: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |