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- EMDB-1762: Cryo-EM structure of the E. coli translating ribosome in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1762
タイトルCryo-EM structure of the E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor
マップデータE. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor
試料
  • 試料: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex
  • 複合体: 70S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Signal Recognition Particle Protein
  • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsY
キーワードRibosome / Co-translational Targeting / Signal Recognition Particle / FtsY
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / plasma membrane ...signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily ...Signal-recognition particle receptor FtsY / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle protein / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å
データ登録者Estrozi LF / Boehringer D / Shan S-O / Ban N / Schaffitzel C
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Cryo-EM structure of the E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor.
著者: Leandro F Estrozi / Daniel Boehringer / Shu-Ou Shan / Nenad Ban / Christiane Schaffitzel /
要旨: We report the 'early' conformation of the Escherichia coli signal recognition particle (SRP) and its receptor FtsY bound to the translating ribosome, as determined by cryo-EM. FtsY binds to the ...We report the 'early' conformation of the Escherichia coli signal recognition particle (SRP) and its receptor FtsY bound to the translating ribosome, as determined by cryo-EM. FtsY binds to the tetraloop of the SRP RNA, whereas the NG domains of the SRP protein and FtsY interact weakly in this conformation. Our results suggest that optimal positioning of the SRP RNA tetraloop and the Ffh NG domain leads to FtsY recruitment.
履歴
登録2010年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年11月16日-
マップ公開2011年3月23日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2xkv
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2xkv
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.81 Å/pix.
x 93 pix.
= 354.33 Å		3.81 Å/pix.
x 93 pix.
= 354.33 Å		3.81 Å/pix.
x 93 pix.
= 354.33 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.0657185 - 0.100835
平均 (標準偏差)0.00020288 (±0.00988419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ939393
Spacing939393
セルA=B=C: 354.33 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.813.813.81
M x/y/z939393
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z354.330354.330354.330
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ454586
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS939393
D min/max/mean-0.0660.1010.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex

全体名称: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex
要素
  • 試料: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex
  • 複合体: 70S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Signal Recognition Particle Protein
  • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsY

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超分子 #1000: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex

超分子名称: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One SRP-FtsY complex bound to 70S ribosome / Number unique components: 3
分子量理論値: 2.65 MDa

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

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分子 #1: Signal Recognition Particle Protein

分子名称: Signal Recognition Particle Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Signal recognition particle protein

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分子 #2: Cell division protein FtsY

分子名称: Cell division protein FtsY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Signal recognition particle receptor FtsY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.32 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Hepes-KOH, 100 mM KOAc, 8 mM Mg(OAc)2
グリッド詳細: Carbon-coated lacey formvar grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28822

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1dul

ソフトウェア名称: CNS
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xkv:
Atomic Model of the SRP-FtsY Early Conformation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1okk

ソフトウェア名称: CNS
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xkv:
Atomic Model of the SRP-FtsY Early Conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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