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万見
- EMDB-1663: CryoEM Model of the Vesicular Stomatitis Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1663
タイトルCryoEM Model of the Vesicular Stomatitis Virus
マップデータThis is one octant of the volume of the top view of the VSV virion trunk.
試料
  • 試料: VSV (Indiana)
  • ウイルス: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
キーワードNSRV / VSV / CryoEM / RNA / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.6 Å
データ登録者Ge P / Tsao J / Green TJ / Luo M / Zhou ZH
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Cryo-EM model of the bullet-shaped vesicular stomatitis virus.
著者: Peng Ge / Jun Tsao / Stan Schein / Todd J Green / Ming Luo / Z Hong Zhou /
要旨: Vesicular stomatitis virus (VSV) is a bullet-shaped rhabdovirus and a model system of negative-strand RNA viruses. Through direct visualization by means of cryo-electron microscopy, we show that each ...Vesicular stomatitis virus (VSV) is a bullet-shaped rhabdovirus and a model system of negative-strand RNA viruses. Through direct visualization by means of cryo-electron microscopy, we show that each virion contains two nested, left-handed helices: an outer helix of matrix protein M and an inner helix of nucleoprotein N and RNA. M has a hub domain with four contact sites that link to neighboring M and N subunits, providing rigidity by clamping adjacent turns of the nucleocapsid. Side-by-side interactions between neighboring N subunits are critical for the nucleocapsid to form a bullet shape, and structure-based mutagenesis results support this description. Together, our data suggest a mechanism of VSV assembly in which the nucleocapsid spirals from the tip to become the helical trunk, both subsequently framed and rigidified by the M layer.
履歴
登録2009年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月26日-
マップ公開2010年3月10日-
更新2012年12月26日-
現状2012年12月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

Fig1.b.down....

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is one octant of the volume of the top view of the VSV virion trunk.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.53 Å/pix.
x 320 pix.
= 490.24 Å		1.53 Å/pix.
x 320 pix.
= 490.24 Å		1.53 Å/pix.
x 320 pix.
= 490.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.532 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-6.59838 - 5.99716
平均 (標準偏差)0.00130372 (±0.998576)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 490.24 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5321.5321.532
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z490.240490.240490.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-147
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-6.5985.9970.001

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添付データ

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セグメンテーションマップ: This is 5 consequetive N's in the nucleocapsid

注釈This is 5 consequetive N's in the nucleocapsid
ファイルemd_1663_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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セグメンテーションマップ: This is 2N with 5M in closest neighborhood of a central M-hub domain

注釈This is 2N with 5M in closest neighborhood of a central M-hub domain
ファイルemd_1663_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VSV (Indiana)

全体名称: VSV (Indiana)
要素
  • 試料: VSV (Indiana)
  • ウイルス: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)

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超分子 #1000: VSV (Indiana)

超分子名称: VSV (Indiana) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Mature virion / Number unique components: 1

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超分子 #1: Vesicular stomatitis virus

超分子名称: Vesicular stomatitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: VSV
詳細: Horse is the primary host species of the virus but Human is also possible.
NCBI-ID: 11276 / 生物種: Vesicular stomatitis virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: VSV
宿主生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 100mM NaCl, 10nM Tris, 1mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo sample
グリッド詳細: Quantifoil 3.5/1 200 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: manual plunger. Vitrification carried out in open room
手法: manual blot 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
日付2007年1月5日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.532 µm / 実像数: 212 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 98000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 詳細: Helicity determined and applied by IHRSR

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2gic

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-2wyy:
CRYOEM MODEL OF THE VESICULAR STOMATITIS VIRUS

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2w2r

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-2wyy:
CRYOEM MODEL OF THE VESICULAR STOMATITIS VIRUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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