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万見
- EMDB-1652: Cryo-EM structure of the mammalian Sec61 complex bound to the act... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1652
タイトルCryo-EM structure of the mammalian Sec61 complex bound to the actively translating wheat germ 80S ribosome
マップデータThe map represents an actively translating wheat germ ribosome with P-site tRNA and a nascent peptide containing the signal anchor sequence of DPAP-B (Dipeptidylaminopeptidase B) bound to the mammalian (Canis familiaris) Sec61 complex.
試料
  • 試料: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programmed with a nascent polypeptide chain containing a P-site tRNA and the type I signal anchor sequence of DPAP-B (Dipeptidylaminopeptidase B) bound to the mammalian (Canis familiaris) Sec61 complex.
  • 複合体: Wheat germ (Triticum aestivum) 80 ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Mammalian Sec61 complex
キーワードRibosome / protein exit tunnel / cotranslational protein translocation / protein conducting channel / signal sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / protein transmembrane transporter activity / regulation of translational fidelity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / phospholipid binding / ribosome binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / RNA binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L35 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL4B / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.48 Å
データ登録者Becker T / Mandon E / Bhushan S / Jarasch A / Armache JP / Funes S / Jossinet F / Gumbart J / Mielke T / Berninghausen O ...Becker T / Mandon E / Bhushan S / Jarasch A / Armache JP / Funes S / Jossinet F / Gumbart J / Mielke T / Berninghausen O / Schulten K / Westhof E / Gilmore R / Beckmann R
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of monomeric yeast and mammalian Sec61 complexes interacting with the translating ribosome.
著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric ...著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric Westhof / Reid Gilmore / Elisabet C Mandon / Roland Beckmann /
要旨: The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may ...The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may serve as an active PCC. We determined subnanometer-resolution cryo-electron microscopy structures of eukaryotic ribosome-Sec61 complexes. In combination with biochemical data, we found that in both idle and active states, the Sec complex is not oligomeric and interacts mainly via two cytoplasmic loops with the universal ribosomal adaptor site. In the active state, the ribosomal tunnel and a central pore of the monomeric PCC were occupied by the nascent chain, contacting loop 6 of the Sec complex. This provides a structural basis for the activity of a solitary Sec complex in cotranslational protein translocation.
履歴
登録2009年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年11月3日-
マップ公開2010年11月18日-
更新2010年11月18日-
現状2010年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2wwb
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2wwb
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1652.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map represents an actively translating wheat germ ribosome with P-site tRNA and a nascent peptide containing the signal anchor sequence of DPAP-B (Dipeptidylaminopeptidase B) bound to the mammalian (Canis familiaris) Sec61 complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.67112 - 1.70576
平均 (標準偏差)0.00494237 (±0.100105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.6711.7060.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programm...

全体名称: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programmed with a nascent polypeptide chain containing a P-site tRNA and the type I signal anchor sequence of DPAP-B ...名称: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programmed with a nascent polypeptide chain containing a P-site tRNA and the type I signal anchor sequence of DPAP-B (Dipeptidylaminopeptidase B) bound to the mammalian (Canis familiaris) Sec61 complex.
要素
  • 試料: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programmed with a nascent polypeptide chain containing a P-site tRNA and the type I signal anchor sequence of DPAP-B (Dipeptidylaminopeptidase B) bound to the mammalian (Canis familiaris) Sec61 complex.
  • 複合体: Wheat germ (Triticum aestivum) 80 ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Mammalian Sec61 complex

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超分子 #1000: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programm...

超分子名称: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programmed with a nascent polypeptide chain containing a P-site tRNA and the type I signal anchor sequence of DPAP-B ...名称: Actively translating wheat germ (O. sativa) 80S ribosome programmed with a nascent polypeptide chain containing a P-site tRNA and the type I signal anchor sequence of DPAP-B (Dipeptidylaminopeptidase B) bound to the mammalian (Canis familiaris) Sec61 complex.
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: 80S ribosomes and the digitonin solubilized Sec61 complex were reconstituted in vitro by adding 3 pmol of ribosome and Ssh1 complex in 10 fold molar excess
集合状態: 80S Ribosome bound to one copy of the heterotrimeric Sec61 complex
Number unique components: 2
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa / 手法: Known for 80S ribosomes

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超分子 #1: Wheat germ (Triticum aestivum) 80 ribosome

超分子名称: Wheat germ (Triticum aestivum) 80 ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Wheat germ 80S ribosome / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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分子 #1: Mammalian Sec61 complex

分子名称: Mammalian Sec61 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mammalian Sec61 complex / コピー数: 1 / 集合状態: Heterotrimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas / Organelle: Endoplasmic reticulum (ER) membrane / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum
分子量実験値: 70 KDa / 理論値: 70 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 30 mM HEPES/KOH, pH 7.5 180 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT,3.5 % (w/v) glycerol 0.3 % (w/v) digitonin
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 84 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astgnatism was corrected at 100000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.76 µm / 実像数: 155 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Scanned at 5334 dpi / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara cartridge system / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using the program SIGNATURE and visually inspected The entire dataset (321000 particles) was sorted for presence of P-site tRNA and presence of ligand.
CTF補正詳細: Defocus group volumes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Final map was filtered between 7-8 Angstroms for better visualization of the Sec61 complex
使用した粒子像数: 221445
最終 角度割当詳細: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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