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- EMDB-16000: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16000
タイトルCryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
マップデータ
試料
  • 複合体: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid outer membrane / anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast outer membrane / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / P450-containing electron transport chain / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / NADH dehydrogenase complex / photorespiration / protein insertion into mitochondrial inner membrane ...plastid outer membrane / anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast outer membrane / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / P450-containing electron transport chain / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / NADH dehydrogenase complex / photorespiration / protein insertion into mitochondrial inner membrane / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plant-type vacuole / respiratory chain complex I / regulation of reactive oxygen species metabolic process / plastid / porin activity / pore complex / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / protein homotrimerization / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / ubiquinone binding / respirasome / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / monoatomic ion transport / response to salt stress / aerobic respiration / chloroplast / mitochondrial membrane / carbonate dehydratase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxisome / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / nucleolus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / At2g27730-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / At2g27730-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Hexapeptide repeat / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L ...(thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / At4g16450 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Uncharacterized protein At1g67785 / Excitatory amino acid transporter / Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / At2g46540/F11C10.23 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis t (シロイヌナズナ) / thale cress (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Klusch N / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution.
著者: Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane.
履歴
登録2022年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.573 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.9974337 - 5.559311
平均 (標準偏差)-1.5873237e-12 (±0.26225895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin186196269
サイズ273319296
Spacing296273319
セルA: 169.608 Å / B: 156.429 Å / C: 182.787 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16000_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16000_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16000_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membra...

全体名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
要素
  • 複合体: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: AT3G07480.1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
    • タンパク質・ペプチド: Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: At2g46540/F11C10.23
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B
    • タンパク質・ペプチド: At4g16450
    • タンパク質・ペプチド: P1
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein At1g67785
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: Ubiquinone-9
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: Butyryl Coenzyme A
  • リガンド: water

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超分子 #1: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membra...

超分子名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Arabidopsis t (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.969396 KDa
配列文字列:
(FME)MLEFAPIFI YLVISLLVSL ILLGVPFLFA SNSSTYPEKL SAYECGFDPF GDARSRFDIR FYLVSILFLI FDLEVT FFF PWAVSLNKID LFGFWSMMAF LFILTIGFLY EWKRGALDWE

+
分子 #2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 36.02007 KDa
配列文字列: MYIAVPAEIL GIILPLLLGV AFLVLAERKV MAFVQRRKGP DVVGSFGLLQ PLADGLKLIL KEPISPSSAN FFLFRMAPVA TFMLSLVAW AVVPFDYGMV LSDLNIGLLY LFAISSLGVY GIIIAGRSSN SKYAFLGALR SAAQMVSYEV SIGLILITVL I CVGSCNLS ...文字列:
MYIAVPAEIL GIILPLLLGV AFLVLAERKV MAFVQRRKGP DVVGSFGLLQ PLADGLKLIL KEPISPSSAN FFLFRMAPVA TFMLSLVAW AVVPFDYGMV LSDLNIGLLY LFAISSLGVY GIIIAGRSSN SKYAFLGALR SAAQMVSYEV SIGLILITVL I CVGSCNLS EIVMAQKQIW FGIPLFPVLV MFFISCLAET NRAPFDLPEA EAELVAGYNV EYSSMGFALF FLGEYANMIL MS GLCTLFF LGGWLPILDL PIFKKIPGSI WFSIKVLFFL FLYIWVRAAF PRYRYDQLMG LGWKVFLPLS LAWVVSVSGL LVT FQWLP

+
分子 #3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.690385 KDa
配列文字列: MILSVLSSLA LVSGLMVVRA KNPVHSVLFF ILVFCDTSGL LLLLGLDFFA MIFLVVYIGA IAVLFLFVVM MFHIQIAEIH EEVLRYLPV SGIIGLIFWW EMFFILDNES IPLLPTQRNT TSLRYTVYAG KVRSWTNLET LGNLLYTYYF VWFLVSSLIL L VAMIGAIV ...文字列:
MILSVLSSLA LVSGLMVVRA KNPVHSVLFF ILVFCDTSGL LLLLGLDFFA MIFLVVYIGA IAVLFLFVVM MFHIQIAEIH EEVLRYLPV SGIIGLIFWW EMFFILDNES IPLLPTQRNT TSLRYTVYAG KVRSWTNLET LGNLLYTYYF VWFLVSSLIL L VAMIGAIV LTMHRTTKVK RQDVFRRNAI DFRRTIMRRT TDPLTIY

+
分子 #4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.193559 KDa
配列文字列:
(FME)DLIKYFTFS MIIFILGIWG ILLNRRNILI MLMSIELMLL AVNLNFLVFS VSLDDMMGQV FALLVLTVAA AESAIG LAI FVITFRVRGT IAVEFINSIQ G

+
分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 74.497977 KDa
配列文字列: MYLLIVFLPL LGSSVAGFFG RFLGSEGSAI MTTTCVSFSS ILSLIAFYEV ALGASACYLR IAPWISSEMF DASWGFLFDS LTVVMLIVV TFISSLVHLY SISYMSEDPH SPRFMCYLSI FTFFMLMLVT GDNFLQLFLG WEGVGLASYL LIHFWFTRLQ A DKAAIKAM ...文字列:
MYLLIVFLPL LGSSVAGFFG RFLGSEGSAI MTTTCVSFSS ILSLIAFYEV ALGASACYLR IAPWISSEMF DASWGFLFDS LTVVMLIVV TFISSLVHLY SISYMSEDPH SPRFMCYLSI FTFFMLMLVT GDNFLQLFLG WEGVGLASYL LIHFWFTRLQ A DKAAIKAM LVNRVGDFGL ALGILGCFTL FQTVDFSTIF ACASVPRNSW IFCNMRLNAI SLICILLFIG AVGKSAQIGL HT WLPDAME GPTPVSALIH AATMVTAGVF MIARCSPLFE YSPTALIVIT FAGAMTSFLA ATTGILQNDL KRVIAYSTCS QLG YMIFAC GISNYSVSVF HLMNHAFFKA LLFLSAGSVI HAMSDEQDMR KMGGLASSFP LTYAMMLIGS LSLIGFPFLT GFYS KDVIL ELAYTKYTIS GNFAFWLGSV SVLFTSYYSF RLLFLTFLVP TNSFGRDISR CHDAPIPMAI PLILLALGSL FVGYL AKDM MIGLGTNFWA NSLLVLPKNE ILAESEFAAP TIIKLIPILF STLGAFVAYN VNLVADQFQR AFQTSTFCNR LYSFFN KRW FFDQVLNDFL VRSFLRFGYE VSFEALDKGA IEILGPYGIS YTFRRLAERI SQLQSGFVYH YAFAMLLGLT LFVTFFC MW DSLSSWVDNR LSFILIVSSF YTKSSQE

+
分子 #6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 55.995664 KDa
配列文字列: MLEHFCECYF NLSGLILCPV LGSIILLFIP NSRIRLIRLI GLCASLITFL YSLVLWIQFD SSTAKFQFVE SLRWLPYENI NFYLGIDGI SLFFVILTTF LIPICILVGW SGMRSYGKEY IIAFLICEFL MIAVFCMLDL LLFYVFFESV LIPMFIIIGV W GSRQRKIK ...文字列:
MLEHFCECYF NLSGLILCPV LGSIILLFIP NSRIRLIRLI GLCASLITFL YSLVLWIQFD SSTAKFQFVE SLRWLPYENI NFYLGIDGI SLFFVILTTF LIPICILVGW SGMRSYGKEY IIAFLICEFL MIAVFCMLDL LLFYVFFESV LIPMFIIIGV W GSRQRKIK AAYQFFLYTL LGSLFMLLAI LLILFQTGTT DLQILLTTEF SERRQIFLWI AFFASFAVKV PMVPVHIWLP EA HVEAPTA GSVILAGILL KFGTYGFLRF SIPMFPEATL CFTPFIYTLS AIAIIYTSLT TLRQIDLKKI IAYSSVAHMN LVT IGMFSL NIQGIGGSIL LMLSHGLVSS ALFLCVGVLY DRHKTRLVRY YGGLVSTMPN FSTIFFFFTL ANMSLPGTSS FIGE FLILV GAFQRNSLVA TLAALGMILG AAYSLWLYNR VVSGNLKPDF LHKFSDLNGR EVFIFIPFLV GLVWMGVYPK VFLDC MHTS VSNLVQHGKF H

+
分子 #7: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 55.486836 KDa
配列文字列: MKAEFVRILP HMFNLFLAVF PEIFIINATF ILLIHGVVFS TSKKYDYPPL ASNVGWLGLL SVLITLLLLA AGAPLLTIAH LFWNNLFRR DNFTYFCQIF LLLSTAGTIS MCFDFFDQER FDAFEFIVLI LLSTCGMLFM ISAYDLIAMY LAIELQSLCF Y VIAASKRK ...文字列:
MKAEFVRILP HMFNLFLAVF PEIFIINATF ILLIHGVVFS TSKKYDYPPL ASNVGWLGLL SVLITLLLLA AGAPLLTIAH LFWNNLFRR DNFTYFCQIF LLLSTAGTIS MCFDFFDQER FDAFEFIVLI LLSTCGMLFM ISAYDLIAMY LAIELQSLCF Y VIAASKRK SEFSTEAGLK YLILGAFSSG ILLFGCSMIY GSTGATHFDQ LAKILTGYEI TGARSSGIFM GILFIAVGFL FK ITAVPFH MWAPDIYEGS PTPVTAFLSI APKISIFANI LRVFIYGSYG ATLQQIFFFC SIASMILGAL AAMAQTKVKR LLA YSSIGH VGYICIGFSC GTIEGIQSLL IGIFIYALMT MDAFAIVLAL RQTRVKYIAD LGALAKTNPI LAITFSITMF SYAG IPPLA GFCSKFYLFF AALGCGAYFL ALVGVVTSVI GCFYYIRLVK RMFFDTPRTW ILYEPMDRNK SLLLAMTSFF ITLFL LYPS PLFSVTHQMA LSLYL

+
分子 #8: AT3G07480.1

分子名称: AT3G07480.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.626197 KDa
配列文字列:
MATTLQKLSS QIHRLSPFTR SLIVRTSATS APSPSLGSKK VSDRIVKLSA IDPDGYKQDI IGLSGQTLLR ALTHTGLIDP ASHRLDDIE ACSAECEVQI AEEWLEKLPP RTYDEEYVLK RSSRSRILNK HSRLGCQVVL TQELQGMVVA VPEAKPWDIP

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分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.985954 KDa
配列文字列:
MSSAVDATGN PIPTSAVLTA SAKHIGMRCM PENVAFLKCK KNDPNPEKCL DKGRDVTRCV LGLLKDLHQK CQKEMDDYVG CMYYYTNEF DLCRKEQEAF EKVCPLK

+
分子 #10: Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial

分子名称: Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.017348 KDa
配列文字列:
MDPAEMRYLE EEDGPLMKTI KGSITGFGAG TIYGTILATW KDVPRVERNV ALPGLIRTLK MMGTHGLTFA AIGGVYIGVE QLVQNFRSK RDFYNGAIGG FVAGASVLGY RARSIPTAIA AGATLAVTSA LIDSGGQTTR VDNGREYYPY TVEKRAEADS

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.145584 KDa
配列文字列:
MTEAMIRNKP GMASVKDMPL LQDGPPPGGF APVRYARRIS NTGPSAMAMF LAVSGAFAWG MYQVGQGNKI RRALKEEKYA ARRTILPIL QAEEDERFVS EWKKYLEYEA DVMKDVPGWK VGENVYNSGR WMPPATGELR PDVW

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.349628 KDa
配列文字列:
MSLVWLEAML PLGIIGGMLC IMGNSQYYIH KAYHGRPKHI GHDEWDVAME RRDKKVVEKA AAPSS

+
分子 #13: At2g46540/F11C10.23

分子名称: At2g46540/F11C10.23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.810177 KDa
配列文字列:
MPVMEKLRMF VAQEPVVAAS CLIGGVGLFL PAVVRPILDS LEASKQVKAP PLTDVIAGVT GKKQS

+
分子 #14: Excitatory amino acid transporter

分子名称: Excitatory amino acid transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.220749 KDa
配列文字列:
MPISATMVGA LLGLGTQMYS NALRKLPYMR HPWEHVVGMG LGAVFANQLV KWDVKLKEDL DVMLAKARAA NERRYFDEDR D

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分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.914133 KDa
配列文字列:
MASGWGITGN KGRCYDFWMD FSECMSHCRE PKDCTLLRED YLECLHHSKE FQRRNRIYKE EQRKLRAASR KGEETGDGTH THH

+
分子 #16: At4g16450

分子名称: At4g16450 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.383019 KDa
配列文字列:
(FME)NTDITALEK AQYPVVDRNP AFTKVVGNFS TLDYLRFSTI TGISVTVGYL SGIKPGIKGP SMVTGGLIGL MGGFMY AYQ NSAGRLMGFF PNDGEVASYQ KRGGFSK

+
分子 #17: P1

分子名称: P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.808244 KDa
配列文字列:
MGFIMEFAEN LVLRLMENPE ERDRKAREHI YEMHERCKKI KEMWALPIRP YGFWTFERHN AQLRWDPQIS QVAGRRDPYD DLLEDNYTP PSSSSSSSD

+
分子 #18: Uncharacterized protein At1g67785

分子名称: Uncharacterized protein At1g67785 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.54679 KDa
配列文字列:
MVKVLTYFGM TLAAFAFWQS MDKVHVWIAL HQDEKQERME KEAEVRRVRA ELLRKAREED PLA

+
分子 #19: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial

分子名称: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.96552 KDa
配列文字列:
MATRNALRIV SRRFSSGKVL SEEERAAENV FIKKMEQEKL QKLARQGPGE QAAGSASEAK VAGATASASA ESGPKVSEDK NRNYAVVAG VVAIVGSIGW YLKAGGKKQP EVQE

+
分子 #20: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial

分子名称: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.985113 KDa
配列文字列: MATSLARISK RSITSAVSSN LIRRYFAAEA VAVATTETPK PKSQVTPSPD RVKWDYRGQR QIIPLGQWLP KVAVDAYVAP NVVLAGQVT VWDGSSVWNG AVLRGDLNKI TVGFCSNVQE RCVVHAAWSS PTGLPAQTLI DRYVTVGAYS LLRSCTIEPE C IIGQHSIL ...文字列:
MATSLARISK RSITSAVSSN LIRRYFAAEA VAVATTETPK PKSQVTPSPD RVKWDYRGQR QIIPLGQWLP KVAVDAYVAP NVVLAGQVT VWDGSSVWNG AVLRGDLNKI TVGFCSNVQE RCVVHAAWSS PTGLPAQTLI DRYVTVGAYS LLRSCTIEPE C IIGQHSIL MEGSLVETRS ILEAGSVLPP GRRIPSGELW GGNPARFIRT LTNEETLEIP KLAVAINHLS GDYFSEFLPY ST IYLEVEK FKKSLGIAI

+
分子 #21: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial

分子名称: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 30.102207 KDa
配列文字列: MGTLGRAIYT VGNWIRGTGQ ALDRVGSLLQ GSHRIEEHLS RHRTLMNVFD KSPLVDKDVF VAPSASVIGD VQIGKGSSIW YGCVLRGDV NNISVGSGTN IQDNTLVHVA KTNISGKVLP TLIGDNVTVG HSAVIHGCTV EDDAFVGMGA TLLDGVVVEK H AMVAAGSL ...文字列:
MGTLGRAIYT VGNWIRGTGQ ALDRVGSLLQ GSHRIEEHLS RHRTLMNVFD KSPLVDKDVF VAPSASVIGD VQIGKGSSIW YGCVLRGDV NNISVGSGTN IQDNTLVHVA KTNISGKVLP TLIGDNVTVG HSAVIHGCTV EDDAFVGMGA TLLDGVVVEK H AMVAAGSL VKQNTRIPSG EVWGGNPAKF MRKLTDEEIV YISQSAKNYI NLAQIHASEN SKSFEQIEVE RALRKKYARK DE DYDSMLG ITRETPPELI LPDNVLPGGK PVAKVPSTQY F

+
分子 #22: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

分子名称: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 30.010039 KDa
配列文字列: MGTLGRAFYS VGFWIRETGQ ALDRLGCRLQ GKNYFREQLS RHRTLMNVFD KAPIVDKEAF VAPSASVIGD VHIGRGSSIW YGCVLRGDV NTVSVGSGTN IQDNSLVHVA KSNLSGKVHP TIIGDNVTIG HSAVLHGCTV EDETFIGMGA TLLDGVVVEK H GMVAAGAL ...文字列:
MGTLGRAFYS VGFWIRETGQ ALDRLGCRLQ GKNYFREQLS RHRTLMNVFD KAPIVDKEAF VAPSASVIGD VHIGRGSSIW YGCVLRGDV NTVSVGSGTN IQDNSLVHVA KSNLSGKVHP TIIGDNVTIG HSAVLHGCTV EDETFIGMGA TLLDGVVVEK H GMVAAGAL VRQNTRIPSG EVWGGNPARF LRKLTDEEIA FISQSATNYS NLAQAHAAEN AKPLNVIEFE KVLRKKHALK DE EYDSMLG IVRETPPELN LPNNILPDKE TKRPSNVN

+
分子 #23: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 5 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

+
分子 #24: Ubiquinone-9

分子名称: Ubiquinone-9 / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: UQ9
分子量理論値: 795.226 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ9:
Ubiquinone-9

+
分子 #25: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 10 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #26: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl...

分子名称: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: Q7G
分子量理論値: 1.165315 KDa
Chemical component information

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

+
分子 #27: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #28: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14...

分子名称: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: UQ5
分子量理論値: 522.758 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ5:
2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5

+
分子 #29: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 3 / 式: PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

+
分子 #30: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #31: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #33: Butyryl Coenzyme A

分子名称: Butyryl Coenzyme A / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: BCO
分子量理論値: 837.624 Da
Chemical component information

ChemComp-BCO:
Butyryl Coenzyme A / S-ブチリル補酵素A

+
分子 #34: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1284 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.18 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 215000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1215138
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11878

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 213993
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.5)
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8bef:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る