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- EMDB-15998: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15998
タイトルCryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)
マップデータ
試料
  • 複合体: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


cold acclimation / photorespiration / respiratory chain complex I / response to osmotic stress / plastid / cobalt ion binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly ...cold acclimation / photorespiration / respiratory chain complex I / response to osmotic stress / plastid / cobalt ion binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / chloroplast / mitochondrial membrane / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrion / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial ...Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / thale cress (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Klusch N / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution.
著者: Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane.
履歴
登録2022年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 36.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.573 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-8.949057 - 14.342239
平均 (標準偏差)1.2562527e-12 (±0.43444473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin91350188
サイズ255204184
Spacing184255204
セルA: 105.432 Å / B: 146.115 Å / C: 116.892006 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_15998_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15998_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15998_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI periph...

全体名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)
要素
  • 複合体: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI periph...

超分子名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 28.423607 KDa
配列文字列: MLARLAAKRL LEIRQVFRQP TSQVTRSLST ALNYHLDSPD NKPDLPWEFS EANQSKVKEI LSYYPSNYKQ SAVIPLLDLA QQQNGGWLP VSAMNAVAKV IEVAPIRVYE VATFYSMFNR AKVGKYHLLV CGTTPCMIRG SRDIESALLD HLGVKRGEVT K DGLFSVGE ...文字列:
MLARLAAKRL LEIRQVFRQP TSQVTRSLST ALNYHLDSPD NKPDLPWEFS EANQSKVKEI LSYYPSNYKQ SAVIPLLDLA QQQNGGWLP VSAMNAVAKV IEVAPIRVYE VATFYSMFNR AKVGKYHLLV CGTTPCMIRG SRDIESALLD HLGVKRGEVT K DGLFSVGE MECMGCCVNA PMITVADYSN GSEGYTYNYF EDVTPEKVVE IVEKLRKGEK PPHGTQNPKR IKCGPEGGNK TL LGEPKPP QFRDLDAC

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 53.522418 KDa
配列文字列: MAPVRGILGL QRAVSIWKES NRLTPALRSF STQAASTSTT PQPPPPPPPP EKTHFGGLKD EDRIFTNLYG LHDPFLKGAM KRGDWHRTK DLVLKGTDWI VNEMKKSGLR GRGGAGFPSG LKWSFMPKVS DGRPSYLVVN ADESEPGTCK DREIMRHDPH K LLEGCLIA ...文字列:
MAPVRGILGL QRAVSIWKES NRLTPALRSF STQAASTSTT PQPPPPPPPP EKTHFGGLKD EDRIFTNLYG LHDPFLKGAM KRGDWHRTK DLVLKGTDWI VNEMKKSGLR GRGGAGFPSG LKWSFMPKVS DGRPSYLVVN ADESEPGTCK DREIMRHDPH K LLEGCLIA GVGMRASAAY IYIRGEYVNE RLNLEKARRE AYAAGLLGKN ACGSGYDFEV YIHFGAGAYI CGEETALLES LE GKQGKPR LKPPFPANAG LYGCPTTVTN VETVAVSPTI LRRGPEWFSS FGRKNNAGTK LFCISGHVNK PCTVEEEMSI PLK ELIERH CGGVRGGWDN LLAIIPGGSS VPLIPKNICE DVLMDFDALK AVQSGLGTAA VIVMDKSTDV VDAIARLSYF YKHE SCGQC TPCREGTGWL WMIMERMKVG NAKLEEIDML QEVTKQIEGH TICALGDAAA WPVQGLIRHF RPELERRIRE RAERE LLQA AA

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 81.619367 KDa
配列文字列: MGLGILASRT IRPASRLLQS QTSNFFLRTI VSKPELQSPE SAAVSEPEPP TQILPPRNPV GGARVHFSNP EDAIEVFVDG YAVKVPKGF TVLQACEVAG VDIPRFCYHS RLSIAGNCRM CLVEVEKSPK PVASCAMPAL PGMKIKTDTP IAKKAREGVM E FLLMNHPL ...文字列:
MGLGILASRT IRPASRLLQS QTSNFFLRTI VSKPELQSPE SAAVSEPEPP TQILPPRNPV GGARVHFSNP EDAIEVFVDG YAVKVPKGF TVLQACEVAG VDIPRFCYHS RLSIAGNCRM CLVEVEKSPK PVASCAMPAL PGMKIKTDTP IAKKAREGVM E FLLMNHPL DCPICDQGGE CDLQDQSMAF GSDRGRFTEM KRSVVDKNLG PLVKTVMTRC IQCTRCVRFA SEVAGVQDLG IL GRGSGEE IGTYVEKLMT SELSGNVIDI CPVGALTSKP FAFKARNWEL KATETIDVSD AVGSNIRVDS RGPEVMRIIP RLN EDINEE WISDKTRFCY DGLKRQRLSD PMIRDSDGRF KAVSWRDALA VVGDIIHQVK PDEIVGVAGQ LSDAESMMVL KDFV NRMGS DNVWCEGTAA GVDADLRYSY LMNTSISGLE NADLFLLIGT QPRVEAAMVN ARICKTVRAS NAKVGYVGPP AEFNY DCKH LGTGPDTLKE IAEGRHPFCT ALKNAKNPAI IVGAGLFNRT DKNAILSSVE SIAQANNVVR PDWNGLNFLL QYAAQA AAL DLGLIQQSAK ALESAKFVYL MGADDVNVDK IPKDAFVVYQ GHHGDKAVYR ANVILPASAF TEKEGTYENT EGFTQQT VP AVPTVGDARD DWKIVRALSE VSGVKLPYNS IEGVRSRIKS VAPNLVHTDE REPAAFGPSL KPECKEAMST TPFQTVVE N FYMTNSITRA SKIMAQCSAV LLKKPFV

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.536801 KDa
配列文字列: MASILARRSL NTLRARHLVL SGQALQGSHL SRLQSRGISY GSNKDDEEAE QLSKEISKDW NTVFERSINT LFLTEMVRGL SLTLKYFFD PKVTINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPTG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IEAEEREDGS RRTTRYDIDM T KCIYCGFC ...文字列:
MASILARRSL NTLRARHLVL SGQALQGSHL SRLQSRGISY GSNKDDEEAE QLSKEISKDW NTVFERSINT LFLTEMVRGL SLTLKYFFD PKVTINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPTG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IEAEEREDGS RRTTRYDIDM T KCIYCGFC QEACPVDAIV EGPNFEFATE THEELLYDKE KLLENGDRWE TEIAENLRSE SLYR

+
分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.160445 KDa
配列文字列:
MALCATTQRT IRIAATLRRV ARPFATDAVV ESDYKRGEIG KVSGIPEEHL SRKVIIYSPA RTATQSGSGK LGKWKINFVS TLKWENPLM GWTSTGDPYA NVGDSALAFD SEEAAKSFAE RHGWDYKVKK PNTPLLKVKS YSDNFKWKGN PQPEN

+
分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 12.251122 KDa
配列文字列:
MASNLLKALI RSQILPSSRR NFSVATTQLG IPTDDLVGNH TAKWMQDRSK KSPMELISEV PPIKVDGRIV ACEGDTNPAL GHPIEFICL DLNEPAICKY CGLRYVQDHH H

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.865765 KDa
配列文字列:
MAWRGSISKS MKELRILLCQ SSPASAPTRT FVEKNYKDLK SLNPKLPILI RECSGVQPQM WARYDMGVER CVNLDGLTEP QILKALENL VKSGATKA

+
分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.102261 KDa
配列文字列:
MAAPFALRKI GVPPNSANLT EARRRVFDFF RAACRSIPTI MDIYNLQDVV APSQLRYAIS AQIRNNAHIT DPKVIDLLIF KGMEELTDI VDHAKQRHHI IGQYVVGEGL VQNTGNKDQG KTDFLKNFYT SNYF

+
分子 #9: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #10: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #11: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #13: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 646 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.18 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 215000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1215138
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11878

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 213993
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.5)
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8bed:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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