+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15180 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80 on curved DNA | ||||||||||||||||||
マップデータ | main map | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | chromatin remodeler / INO80 / Actin-related protein / DNA binding protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / double-strand break repair / nervous system development / chromatin remodeling / cytoskeleton / hydrolase activity / DNA repair / chromatin binding ...Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / double-strand break repair / nervous system development / chromatin remodeling / cytoskeleton / hydrolase activity / DNA repair / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila (菌類) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kunert F / Metzner FJ / Eustermann S / Jung J / Woike S / Schall K / Kostrewa D / Hopfner KP | ||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex. 著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian ...著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner / 要旨: The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15180.map.gz | 20.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15180-v30.xml emd-15180.xml | 27.2 KB 27.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15180.png | 50.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15180.cif.gz | 8.5 KB | ||
その他 | emd_15180_additional_1.map.gz emd_15180_half_map_1.map.gz emd_15180_half_map_2.map.gz | 2.7 MB 20.6 MB 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15180 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15180_validation.pdf.gz | 786.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_15180_full_validation.pdf.gz | 786.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15180_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15180_validation.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15180 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a5pMC 8a5aC 8a5dC 8a5oC 8a5qC 8atfC 8av6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: sharpened map
ファイル | emd_15180_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_15180_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_15180_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) on curved DNA
+超分子 #1: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) on curved DNA
+分子 #1: Ino80 ATPase
+分子 #4: Actin-related protein 8
+分子 #5: Actin
+分子 #6: Actin related protein 4 (Arp4)
+分子 #7: Ies4
+分子 #2: DNA (36-MER)
+分子 #3: DNA (36-MER)
+分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 325000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |