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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15163 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80 | ||||||||||||||||||
マップデータ | sharpened map | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | chromatin remodeler / INO80 / Actin-related protein / DNA binding protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / mitotic recombination / actin cortical patch / regulation of TOR signaling / Swr1 complex ...RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / mitotic recombination / actin cortical patch / regulation of TOR signaling / Swr1 complex / telomere maintenance via recombination / kinetochore assembly / Ino80 complex / regulation of metabolic process / SWI/SNF complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / DNA duplex unwinding / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / chromosome, centromeric region / protein secretion / subtelomeric heterochromatin formation / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / double-strand break repair / chromatin organization / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / cytoskeleton / chromatin remodeling / DNA repair / mRNA binding / DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kunert F / Metzner FJ / Eustermann S / Jung J / Woike S / Schall K / Kostrewa D / Hopfner KP | ||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex. 著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian ...著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner / 要旨: The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15163.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15163-v30.xml emd-15163.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15163.png | 83.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15163.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_15163_half_map_1.map.gz emd_15163_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15163 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15163 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15163_validation.pdf.gz | 776.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15163_full_validation.pdf.gz | 775.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15163_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15163_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15163 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15163 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a5aMC 8a5dC 8a5oC 8a5pC 8a5qC 8atfC 8av6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_15163_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_15163_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
全体 | 名称: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) |
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要素 |
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-超分子 #1: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
超分子 | 名称: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
-分子 #1: Chromatin-remodeling ATPase INO80
分子 | 名称: Chromatin-remodeling ATPase INO80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 72.170648 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSLAVLLNKE DKDISDFSKT TAGKSAKKNS RERVADVAPT RVLDKKQAYL SQLNSEFNRI KRRDSIEQLY QDWKFINLQE FELISEWNQ QSKDWQFDNT NDSQDLHFKK LYRDMSMINK EWAEYQSFKN ANLSDIINEK DADEDEEDDE DELEDGEEDM E EDEASTGR ...文字列: MSLAVLLNKE DKDISDFSKT TAGKSAKKNS RERVADVAPT RVLDKKQAYL SQLNSEFNRI KRRDSIEQLY QDWKFINLQE FELISEWNQ QSKDWQFDNT NDSQDLHFKK LYRDMSMINK EWAEYQSFKN ANLSDIINEK DADEDEEDDE DELEDGEEDM E EDEASTGR HTNGKSMRGN GIQKSRKKDA AAAAAIGKAI KDDQTHADTV VTVNGDENED GNNGEDEDND NDNENNNDND ND NENENDN DSDNDDEEEN GEEDEEEEEI EDLDEEDFAA FEEQDDNDDE DFNPDVEKRR KRSSSSSSST KLSMNSLSLI TSK KINKNI TINSDRPKIV RELIKMCNKN KHQKIKKRRF TNCIVTDYNP IDSKLNIKIT LKQYHVKRLK KLINDAKRER EREE ALKNN VGLDGNDLDN DEDGSESHKR RKLNNNTANG ADDANKRKFN TRHGLPTYGM KMNAKEARAI QRHYDNTYTT IWKDM ARKD STKMSRLVQQ IQSIRSTNFR KTSSLCAREA KKWQSKNFKQ IKDFQTRARR GIREMSNFWK KNEREERDLK KKIEKE AME QAKKEEEEKE SKRQAKKLNF LLTQTELYSH FIGRKDYKDD DDKGTDYKDD DDK UniProtKB: Chromatin-remodeling ATPase INO80 |
-分子 #2: Actin-like protein ARP8
分子 | 名称: Actin-like protein ARP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 100.322688 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSQEEAESSI IYEEPIDIPL EDDDDEDELE EENSVPLSSQ ADQENAENES DDSVDNVVGS ETPRSVTGLS VDPRDVADEE DEDEEGEDE DEDEDDNDVD NEDENDNDNA NENENELGSS RDKRAPPAVQ TSKRYKKYPK LDPAKAPPGK KVPLHLLEKR R LGRIKAAE ...文字列: MSQEEAESSI IYEEPIDIPL EDDDDEDELE EENSVPLSSQ ADQENAENES DDSVDNVVGS ETPRSVTGLS VDPRDVADEE DEDEEGEDE DEDEDDNDVD NEDENDNDNA NENENELGSS RDKRAPPAVQ TSKRYKKYPK LDPAKAPPGK KVPLHLLEKR R LGRIKAAE EFAKTLKKIG IEKVETTTLP ATGLFQPLML INQKNYSSDY LKKDDQIFAL RDRKFLRNNN TSQISSTNTP DV IDLKSLP HSEASAAPLN DEIDLNDPTA TIVIHPGSNS IKIGFPKDDH PVVVPNCVAV PKKWLDLENS EHVENVCLQR EQS EEFNNI KSEMEKNFRE RMRYYKRKVP GNAHEQVVSF NENSKPEIIS EKNDPSPIEW IFDDSKLYYG SDALRCVDEK FVIR KPFRG GSFNVKSPYY KSLAELISDV TKLLEHALNS ETLNVKPTKF NQYKVVLVIP DIFKKSHVET FIRVLLTELQ FQAVA IIQE SLATCYGAGI STSTCVVNIG AAETRIACVD EGTVLEHSAI TLDYGGDDIT RLFALFLLQS DFPLQDWKID SKHGWL LAE RLKKNFTTFQ DADVAVQLYN FMNRSPNQPT EKYEFKLFDE VMLAPLALFF PQIFKLIRTS SHKNSSLEFQ LPESRDL FT NELNDWNSLS QFESKEGNLY CDLNDDLKIL NRILDAHNII DQLQDKPENY GNTLKENFAP LEKAIVQSIA NASITADV T RMNSFYSNIL IVGGSSKIPA LDFILTDRIN IWRPSLLSSA SFPQFYKKLT KEIKDLEGHY VNAPDKTEDE NKQILQAQI KEKIVEELEE QHQNIEHQNG NEHIFPVSII PPPRDMNPAL IIWKGASVLA QIKLVEELFI TNSDWDVHGS RILQYKCIFT Y UniProtKB: Actin-like protein ARP8 |
-分子 #3: Actin
分子 | 名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 41.735547 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG ...文字列: MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG FSLPHAILRI DLAGRDLTDY LMKILSERGY SFSTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMQ TAAQSSSIEK SY ELPDGQV ITIGNERFRA PEALFHPSVL GLESAGIDQT TYNSIMKCDV DVRKELYGNI VMSGGTTMFP GIAERMQKEI TAL APSSMK VKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLTTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHHKCF UniProtKB: Actin |
-分子 #4: Actin-related protein 4
分子 | 名称: Actin-related protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 54.894684 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS ...文字列: MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS PIVDGMTLSK STRRNFIAGK FINHLIKKAL EPKEIIPLFA IKQRKPEFIK KTFDYEVDKS LYDYANNRGF FQ ECKETLC HICPTKTLEE TKTELSSTAK RSIESPWNEE IVFDNETRYG FAEELFLPKE DDIPANWPRS NSGVVKTWRN DYV PLKRTK PSGVNKSDKK VTPTEEKEQE AVSKSTSPAA NSADTPNETG KRPLEEEKPP KENNELIGLA DLVYSSIMSS DVDL RATLA HNVVLTGGTS SIPGLSDRLM TELNKILPSL KFRILTTGHT IERQYQSWLG GSILTSLGTF HQLWVGKKEY EEVGV ERLL NDRFR UniProtKB: Actin-related protein 4 |
-分子 #5: Ino eighty subunit 4
分子 | 名称: Ino eighty subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 13.111197 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSQESSVLSE SQEQLANNPK IEDTSPPSAN SRDNSKPVLP WDYKNKAIEI KSFSGYKVNF TGWIRRDVRE ERQRGSEFTA SDVKGSDDK ATRKKEPADE DPEVKQLEKE GEDGLDS UniProtKB: Ino eighty subunit 4 |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 44.68 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 327293 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |