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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1484 | |||||||||
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タイトル | Ribosome Binding of a Single Copy of the SecY Complex: Implications for Protein Translocation | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli ribosome secY complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / secY / translocation / electron microscopy | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / protein transmembrane transporter activity ...intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / protein targeting / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / protein transport / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Menetret JF / Schaletzky J / Clemons WM Jr / Osborne AR / Skanland SS / Denison C / Gygi SP / Kirkpatrick DS / Park E / Ludtke SJ ...Menetret JF / Schaletzky J / Clemons WM Jr / Osborne AR / Skanland SS / Denison C / Gygi SP / Kirkpatrick DS / Park E / Ludtke SJ / Rapoport TA / Akey CW | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2007 タイトル: Ribosome binding of a single copy of the SecY complex: implications for protein translocation. 著者: Jean-François Ménétret / Julia Schaletzky / William M Clemons / Andrew R Osborne / Sigrid S Skånland / Carilee Denison / Steven P Gygi / Don S Kirkpatrick / Eunyong Park / Steven J Ludtke ...著者: Jean-François Ménétret / Julia Schaletzky / William M Clemons / Andrew R Osborne / Sigrid S Skånland / Carilee Denison / Steven P Gygi / Don S Kirkpatrick / Eunyong Park / Steven J Ludtke / Tom A Rapoport / Christopher W Akey / 要旨: The SecY complex associates with the ribosome to form a protein translocation channel in the bacterial plasma membrane. We have used cryo-electron microscopy and quantitative mass spectrometry to ...The SecY complex associates with the ribosome to form a protein translocation channel in the bacterial plasma membrane. We have used cryo-electron microscopy and quantitative mass spectrometry to show that a nontranslating E. coli ribosome binds to a single SecY complex. The crystal structure of an archaeal SecY complex was then docked into the electron density maps. In the resulting model, two cytoplasmic loops of SecY extend into the exit tunnel near proteins L23, L29, and L24. The loop between transmembrane helices 8 and 9 interacts with helices H59 and H50 in the large subunit RNA, while the 6/7 loop interacts with H7. We also show that point mutations of basic residues within either loop abolish ribosome binding. We suggest that SecY binds to this primary site on the ribosome and subsequently captures and translocates the nascent chain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1484.map.gz | 10.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1484-v30.xml emd-1484.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1484.png | 666 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1484 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1484_validation.pdf.gz | 325.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1484_full_validation.pdf.gz | 324.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1484_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1484 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli ribosome secY complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosome SecY complex
全体 | 名称: Ribosome SecY complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ribosome SecY complex
超分子 | 名称: Ribosome SecY complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 3.2 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 3.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50mM Hepes-KOH, 100mM KOAc, 10mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM |
グリッド | 詳細: 400 mesh Cu grids with continuous carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made / 手法: 1 second blot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 平均: 90 K |
詳細 | About 30 percent of the data were collected at 30 degree tilt and micrographs were processed in small strips parallel to the tilt axis to correct for the defocus ramp. |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.5 µm / 実像数: 351 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Creoscitex Eversmart scanner was used / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 30 |
-画像解析
詳細 | 1900 classes were used in EMAN 3D refinement |
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CTF補正 | 詳細: by micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 39000 |