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- EMDB-14066: Structure of the Rab GEF complex Mon1-Ccz1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14066
タイトルStructure of the Rab GEF complex Mon1-Ccz1
マップデータCryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460). Map sharpened by Phenix local anisotropic filtering.
試料
  • 複合体: Rab GEF complex Mon1-Ccz1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1
    • タンパク質・ペプチド: Ccz1
キーワードguanine nucleotide exchange factor / TLD Rab GEF / longin domains / PIP binding / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to vacuole / multivesicular body membrane / vacuolar membrane / vesicle-mediated transport / autophagy
類似検索 - 分子機能
Vacuolar fusion protein Mon1 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar fusion protein MON1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Klink BU / Herrmann E
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB944-P17 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structure of the Mon1-Ccz1 complex reveals molecular basis of membrane binding for Rab7 activation.
著者: Björn U Klink / Eric Herrmann / Claudia Antoni / Lars Langemeyer / Stephan Kiontke / Christos Gatsogiannis / Christian Ungermann / Stefan Raunser / Daniel Kümmel /
要旨: Activation of the GTPase Rab7/Ypt7 by its cognate guanine nucleotide exchange factor (GEF) Mon1-Ccz1 marks organelles such as endosomes and autophagosomes for fusion with lysosomes/vacuoles and ...Activation of the GTPase Rab7/Ypt7 by its cognate guanine nucleotide exchange factor (GEF) Mon1-Ccz1 marks organelles such as endosomes and autophagosomes for fusion with lysosomes/vacuoles and degradation of their content. Here, we present a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of the Mon1-Ccz1 complex that reveals its architecture in atomic detail. Mon1 and Ccz1 are arranged side by side in a pseudo-twofold symmetrical heterodimer. The three Longin domains of each Mon1 and Ccz1 are triangularly arranged, providing a strong scaffold for the catalytic center of the GEF. At the opposite side of the Ypt7-binding site, a positively charged and relatively flat patch stretches the Longin domains 2/3 of Mon1 and functions as a phosphatidylinositol phosphate-binding site, explaining how the GEF is targeted to membranes. Our work provides molecular insight into the mechanisms of endosomal Rab activation and serves as a blueprint for understanding the function of members of the Tri Longin domain Rab-GEF family.
履歴
登録2021年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7qla
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460). Map sharpened by Phenix local anisotropic filtering.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.09 Å/pix.
x 180 pix.
= 196.2 Å		1.09 Å/pix.
x 180 pix.
= 196.2 Å		1.09 Å/pix.
x 180 pix.
= 196.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.06390953 - 0.1044802
平均 (標準偏差)-0.0000011719719 (±0.0031421822)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 196.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z196.200196.200196.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ180180180
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0640.104-0.000

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665;...

ファイルemd_14066_additional_1.map
注釈Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460). Map created by DeepEMhancer with high resolution training model.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665;...

ファイルemd_14066_additional_2.map
注釈Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460). Map created by Relion Postprocessing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665;...

ファイルemd_14066_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460). Unfiltered half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665;...

ファイルemd_14066_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of the Mon1-Ccz1 complex (CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460). Unfiltered half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rab GEF complex Mon1-Ccz1

全体名称: Rab GEF complex Mon1-Ccz1
要素
  • 複合体: Rab GEF complex Mon1-Ccz1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1
    • タンパク質・ペプチド: Ccz1

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超分子 #1: Rab GEF complex Mon1-Ccz1

超分子名称: Rab GEF complex Mon1-Ccz1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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分子 #1: Vacuolar fusion protein MON1

分子名称: Vacuolar fusion protein MON1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 57.571832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TGTAGDLASL LAGDGLGRKS KAWRVLRAQQ QACGEGSGEE GEITEIEGLG LGEGMEGFER ELDNIPDTLP DDERLALWKG KLKHYLILS SAGKPIWSRH GDLSLVNSTM GVVQTIISFY EGARNPLLGF TAGKVRFVIL IKGPLYFVAI SRLRESDAQL R AQLEALYM ...文字列:
TGTAGDLASL LAGDGLGRKS KAWRVLRAQQ QACGEGSGEE GEITEIEGLG LGEGMEGFER ELDNIPDTLP DDERLALWKG KLKHYLILS SAGKPIWSRH GDLSLVNSTM GVVQTIISFY EGARNPLLGF TAGKVRFVIL IKGPLYFVAI SRLRESDAQL R AQLEALYM QILSTLTLPI LTNIFAHRPS TDLRGPLQGT ESLLASLADS FTKGSPSTLL SALECLRLRK SQRQAITNIF LK SRCEELL YGLLVAGGKL VSVIRPRKHS LHPSDLQLIF NMLFESGGIK GNGGENWIPL CLPAFNNTGY LYMYVSFLDD KAP DDQNQP PESSNLDASN KNSSNTPDDD LTALILISPS REAFYALQSM RTRLVSQLLS TGYLSLIRST ALSGRPSITS ILPK TPLLH FLYKSRPNVQ WCMSSLSSLT PPGATATETL LARRKLMSVY EELHAALHAR HAHLRVVYST ADEKEGEGLA CLGWS TPAF EVYCVAPGCV GRAGMAREVN RVVQWARREE ERLFILGGGV F

UniProtKB: Vacuolar fusion protein MON1

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分子 #2: Ccz1

分子名称: Ccz1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 75.780461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTPVSPSPS GIIPAQLGFL AIYNPALGTT DETLEDQIVY YATASTLSQA RRRHRRPRRR DRQRAQSVVK DSRPNAAGAT GDSEAVAED KDPVSKEERH ERLRQIGLAQ GMVEFAKSFS DGEPVDTIDT EKARVILVEV EEGWWILASI DLTRLPLPQI K TPTSSSAP ...文字列:
MTTPVSPSPS GIIPAQLGFL AIYNPALGTT DETLEDQIVY YATASTLSQA RRRHRRPRRR DRQRAQSVVK DSRPNAAGAT GDSEAVAED KDPVSKEERH ERLRQIGLAQ GMVEFAKSFS DGEPVDTIDT EKARVILVEV EEGWWILASI DLTRLPLPQI K TPTSSSAP PPAPNLNPLP PEPAYEYSSR EVKPPSLLRA DLLRAYDLFL LHHGSSLSSL LASQGRAQLV ASLTRFWDHF LA TWNVLLH GNPACDVFGG IKLAASGELG IGVGEEERGS GEREVLEGLV ERVEGLVDVV VGRYGGPPSE KGPEEEQWLG LGG EVGEED GAVFLGVGAL DRKSLRGVVQ WMEEVYVWGE NAFGKPRRDL STGHFLLGLS ECSEEELTSS QANPKAIFVE LKPS YQHPS RKIPPEDPQP LGKVGPELPR DHTARLRPVI YVSQPFIYIL LFSEITPSPS TWPTLAESLH AQLSPLQKPL LHSTS YRPE RPVVETTSSS GTTTQHQIFD LVYDTETLTL QSTIPNIPDP FPYSATTPTG HSTGQQHHQQ SIWTRVEALQ THAQIL AIL SSGRAIPTDP SSFTHLPWEE GERTCKTARG WWIVWTRVVE HSPPDAVSLH HARDDDDNDD DASCSVLGHL RSVSSSH AA GSTSSSSGSG FGLGAIPGLG GLGGWAADGA TRLAQGIGID TRRYVEGLLT SLGR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMHEPES
250.0 mMNaCl
1.0 mMMgCl2
TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11916 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 73.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode with 4 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7155250
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: The initial model was generated from the ISAC 2D class averages using RVIPER from SPHIRE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 911674
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qla:
Structure of the Rab GEF complex Mon1-Ccz1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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