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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14013 | |||||||||
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タイトル | Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 3-14, substoichiometric spokes 1-2) | |||||||||
マップデータ | 12-spoked assembly intermediate of the gamma-Tubulin Ring Complex (spokes 3-14, substoichiometric 1-2) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Assembly / Intermediate / Complex / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / meiotic spindle organization / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation ...microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / meiotic spindle organization / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / non-motile cilium / microtubule organizing center / pericentriolar material / cell leading edge / cytoplasmic microtubule / mitotic sister chromatid segregation / mitotic spindle assembly / single fertilization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / ciliary basal body / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / brain development / neuron migration / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / spindle pole / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / apical part of cell / mitotic cell cycle / microtubule binding / protein-containing complex assembly / microtubule / neuron projection / centrosome / GTP binding / structural molecule activity / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zupa E / Pfeffer S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Modular assembly of the principal microtubule nucleator γ-TuRC. 著者: Martin Würtz / Erik Zupa / Enrico S Atorino / Annett Neuner / Anna Böhler / Ariani S Rahadian / Bram J A Vermeulen / Giulia Tonon / Sebastian Eustermann / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer / 要旨: The gamma-tubulin ring complex (γ-TuRC) is the principal microtubule nucleation template in vertebrates. Recent cryo-EM reconstructions visualized the intricate quaternary structure of the γ-TuRC, ...The gamma-tubulin ring complex (γ-TuRC) is the principal microtubule nucleation template in vertebrates. Recent cryo-EM reconstructions visualized the intricate quaternary structure of the γ-TuRC, containing more than thirty subunits, raising fundamental questions about γ-TuRC assembly and the role of actin as an integral part of the complex. Here, we reveal the structural mechanism underlying modular γ-TuRC assembly and identify a functional role of actin in microtubule nucleation. During γ-TuRC assembly, a GCP6-stabilized core comprising GCP2-3-4-5-4-6 is expanded by stepwise recruitment, selective stabilization and conformational locking of four pre-formed GCP2-GCP3 units. Formation of the lumenal bridge specifies incorporation of the terminal GCP2-GCP3 unit and thereby leads to closure of the γ-TuRC ring in a left-handed spiral configuration. Actin incorporation into the complex is not relevant for γ-TuRC assembly and structural integrity, but determines γ-TuRC geometry and is required for efficient microtubule nucleation and mitotic chromosome alignment in vivo. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14013.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14013-v30.xml emd-14013.xml | 28.7 KB 28.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14013.png | 114.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14013.cif.gz | 10.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14013 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14013_validation.pdf.gz | 392.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14013_full_validation.pdf.gz | 392.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14013_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14013_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14013 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qj8MC 7qj0C 7qj1C 7qj2C 7qj3C 7qj4C 7qj5C 7qj6C 7qj7C 7qj9C 7qjaC 7qjbC 7qjcC 7qjdC 7qjeC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 12-spoked assembly intermediate of the gamma-Tubulin Ring Complex (spokes 3-14, substoichiometric 1-2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Recombinant human Gamma-Tubulin Ring Complex
+超分子 #1: Recombinant human Gamma-Tubulin Ring Complex
+分子 #1: Gamma-tubulin complex component 5
+分子 #2: Tubulin gamma-1 chain
+分子 #3: actin, cytoplasmic 1
+分子 #4: Mitotic-spindle organizing protein 1
+分子 #5: Gamma-tubulin complex component 3
+分子 #6: Gamma-tubulin complex component 2
+分子 #7: Gamma-tubulin complex component 4
+分子 #8: Gamma-tubulin complex component 6
+分子 #9: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6127 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||
得られたモデル | PDB-7qj8: |