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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13831 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of Ty3 intasome targeting RNA Pol III transcribed gene | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrotransposon nucleocapsid / RNA polymerase III core binding / retrotransposition / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding ...retrotransposon nucleocapsid / RNA polymerase III core binding / retrotransposition / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / ribonuclease H / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA nuclease activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / disordered domain specific binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Abascal-Palacios G / Jochem L / Pla-Prats C / Beuron F / Vannini A | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of Ty3 retrotransposon integration at RNA Polymerase III-transcribed genes. 著者: Guillermo Abascal-Palacios / Laura Jochem / Carlos Pla-Prats / Fabienne Beuron / Alessandro Vannini / 要旨: Retrotransposons are endogenous elements that have the ability to mobilise their DNA between different locations in the host genome. The Ty3 retrotransposon integrates with an exquisite specificity ...Retrotransposons are endogenous elements that have the ability to mobilise their DNA between different locations in the host genome. The Ty3 retrotransposon integrates with an exquisite specificity in a narrow window upstream of RNA Polymerase (Pol) III-transcribed genes, representing a paradigm for harmless targeted integration. Here we present the cryo-EM reconstruction at 4.0 Å of an active Ty3 strand transfer complex bound to TFIIIB transcription factor and a tRNA gene. The structure unravels the molecular mechanisms underlying Ty3 targeting specificity at Pol III-transcribed genes and sheds light into the architecture of retrotransposon machinery during integration. Ty3 intasome contacts a region of TBP, a subunit of TFIIIB, which is blocked by NC2 transcription regulator in RNA Pol II-transcribed genes. A newly-identified chromodomain on Ty3 integrase interacts with TFIIIB and the tRNA gene, defining with extreme precision the integration site position. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13831.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13831-v30.xml emd-13831.xml | 27.5 KB 27.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13831_fsc.xml | 10.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13831.png | 123.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13831 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13831 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13831_validation.pdf.gz | 340.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13831_full_validation.pdf.gz | 340.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13831_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13831_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13831 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13831 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of Ty3 intasome targeting RNA Pol III transcribed gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and ...
+超分子 #1: Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and ...
+超分子 #2: DNA
+超分子 #3: TFIIIB transcription factor
+分子 #1: DNA (56-MER)
+分子 #2: DNA (31-MER)
+分子 #3: DNA (34-MER)
+分子 #4: DNA (9-MER)
+分子 #9: DNA (19-MER)
+分子 #5: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
+分子 #6: Transcription factor TFIIIB component B''
+分子 #7: TATA-box-binding protein
+分子 #8: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharged at 15 mA | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4974 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2437 / 平均露光時間: 5.3 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient |
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得られたモデル | PDB-7q5b: |