+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13575 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MUC2 Tubules of D1D2D3 domains | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Javitt G / Fass D | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Helical self-assembly of a mucin segment suggests an evolutionary origin for von Willebrand factor tubules. 著者: Gabriel Javitt / Deborah Fass / 要旨: The glycoprotein von Willebrand factor (VWF) contributes to hemostasis by stanching injuries in blood vessel walls. A distinctive feature of VWF is its assembly into long, helical tubules in ...The glycoprotein von Willebrand factor (VWF) contributes to hemostasis by stanching injuries in blood vessel walls. A distinctive feature of VWF is its assembly into long, helical tubules in endothelial cells prior to secretion. When VWF is released into the bloodstream, these tubules unfurl to release linear polymers that bind subendothelial collagen at wound sites, recruit platelets, and initiate the clotting cascade. VWF evolved from gel-forming mucins, the polymeric glycoproteins that coat and protect exposed epithelia. Despite the divergent function of VWF in blood vessel repair, sequence conservation and shared domain organization imply that VWF retained key aspects of the mucin bioassembly mechanism. Here, we show using cryo-electron microscopy that the ability to form tubules, a property hitherto thought to have arisen as a VWF adaptation to the vasculature, is a feature of the amino-terminal region of mucin. This segment of the human intestinal gel-forming mucin (MUC2) was found to self-assemble into tubules with a striking resemblance to those of VWF itself. To facilitate a comparison, we determined the residue-resolution structure of tubules formed by the homologous segment of VWF. The structures of the MUC2 and VWF tubules revealed the flexible joints and the intermolecular interactions required for tubule formation. Steric constraints in full-length MUC2 suggest that linear filaments, a previously observed supramolecular assembly form, are more likely than tubules to be the physiological mucin storage intermediate. Nevertheless, MUC2 tubules indicate a possible evolutionary origin for VWF tubules and elucidate design principles present in mucins and VWF. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13575.map.gz | 398.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-13575-v30.xml emd-13575.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13575_fsc.xml | 20.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13575.png | 123.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13575 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13575_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_13575_full_validation.pdf.gz | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13575_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13575_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13575 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.859 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MUC2 tubule of domains D1D2D3
全体 | 名称: MUC2 tubule of domains D1D2D3 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: MUC2 tubule of domains D1D2D3
超分子 | 名称: MUC2 tubule of domains D1D2D3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK 293F / 組換プラスミド: pCDNA3.1 |
-分子 #1: Mucin-2
分子 | 名称: Mucin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 137.642609 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SELQTEGRTR NHGHNVCSTW GNFHYKTFDG DVFRFPGLCD YNFASDCRGS YKEFAVHLKR GPGQAEAPAG VESILLTIKD DTIYLTRHL AVLNGAVVST PHYSPGLLIE KSDAYTKVYS RAGLTLMWNR EDALMLELDT KFRNHTCGLC GDYNGLQSYS E FLSDGVLF ...文字列: SELQTEGRTR NHGHNVCSTW GNFHYKTFDG DVFRFPGLCD YNFASDCRGS YKEFAVHLKR GPGQAEAPAG VESILLTIKD DTIYLTRHL AVLNGAVVST PHYSPGLLIE KSDAYTKVYS RAGLTLMWNR EDALMLELDT KFRNHTCGLC GDYNGLQSYS E FLSDGVLF SPLEFGNMQK INQPDVVCED PEEEVAPASC SEHRAECERL LTAEAFADCQ DLVPLEPYLR ACQQDRCRCP GG DTCVCST VAEFSRQCSH AGGRPGNWRT ATLCPKTCPG NLVYLESGSP CMDTCSHLEV SSLCEEHRMD GCFCPEGTVY DDI GDSGCV PVSQCHCRLH GHLYTPGQEI TNDCEQCVCN AGRWVCKDLP CPGTCALEGG SHITTFDGKT YTFHGDCYYV LAKG DHNDS YALLGELAPC GSTDKQTCLK TVVLLADKKK NVVVFKSDGS VLLNELQVNL PHVTASFSVF RPSSYHIMVS MAIGV RLQV QLAPVMQLFV TLDQASQGQV QGLCGNFNGL EGDDFKTASG LVEATGAGFA NTWKAQSSCH DKLDWLDDPC SLNIES ANY AEHWCSLLKK TETPFGRCHS AVDPAEYYKR CKYDTCNCQN NEDCLCAALS SYARACTAKG VMLWGWREHV CNKDVGS CP NSQVFLYNLT TCQQTCRSLS EADSHCLEGF APVDGCGCPD HTFLDEKGRC VPLAKCSCYH RGLYLEAGDV VVRQEERC V CRDGRLHCRQ IRLIGQSCTA PKIHMDCSNL TALATSKPRA LSCQTLAAGY YHTECVSGCV CPDGLMDDGR GGCVVEKEC PCVHNNDLYS SGAKIKVDCN TCTCKRGRWV CTQAVCHGTC SIYGSGHYIT FDGKYYDFDG HCSYVAVQDY CGQNSSLGSF SIITENVPC GTTGVTCSKA IKIFMGRTEL KLEDKHRVVI QRDEGHHVAY TTREVGQYLV VESSTGIIVI WDKRTTVFIK L APSYKGTV CGLCGNFDHR SNNDFTTRDH MVVSSELDFG NSWKEAPTCP DVSTNPEPCS LNPHRRSWAE KQCSILKSSV FS ICHSKVD PKPFYEACVH DSCSCDTGGD CECFCSAVAS YAQECTKEGA CVFWRTPDLC PIFCDYYNPP HECEWHYEPC GNR SFETCR TINGIHSNIS VSYLEGCYPR CPKDRPIYEE DLKKCVTADK CGCYVEDTHY PPGASVPTEE TCKSCVCTNS SQVV CRPEE GKILNQTQDG AFCYWEICGP NGTVEKHFNI CSITHHHHHH |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 46 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |