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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13202 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1 | |||||||||
マップデータ | full-length complex at 3.1 A | |||||||||
試料 |
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キーワード | LRRC8 family / Volume-Regulated Anion Channel / leucine-rich repeat / sybody / cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization ...pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Deneka D / Rutz S | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Allosteric modulation of LRRC8 channels by targeting their cytoplasmic domains. 著者: Dawid Deneka / Sonja Rutz / Cedric A J Hutter / Markus A Seeger / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / 要旨: Members of the LRRC8 family form heteromeric assemblies, which function as volume-regulated anion channels. These modular proteins consist of a transmembrane pore and cytoplasmic leucine-rich repeat ...Members of the LRRC8 family form heteromeric assemblies, which function as volume-regulated anion channels. These modular proteins consist of a transmembrane pore and cytoplasmic leucine-rich repeat (LRR) domains. Despite their known molecular architecture, the mechanism of activation and the role of the LRR domains in this process has remained elusive. Here we address this question by generating synthetic nanobodies, termed sybodies, which target the LRR domain of the obligatory subunit LRRC8A. We use these binders to investigate their interaction with homomeric LRRC8A channels by cryo-electron microscopy and the consequent effect on channel activation by electrophysiology. The five identified sybodies either inhibit or enhance activity by binding to distinct epitopes of the LRR domain, thereby altering channel conformations. In combination, our work provides a set of specific modulators of LRRC8 proteins and reveals the role of their cytoplasmic domains as regulators of channel activity by allosteric mechanisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13202.map.gz | 11.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13202-v30.xml emd-13202.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13202_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13202.png | 65.4 KB | ||
マスクデータ | emd_13202_msk_1.map | 144.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13202.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_13202_additional_1.map.gz emd_13202_additional_2.map.gz emd_13202_additional_3.map.gz emd_13202_half_map_1.map.gz emd_13202_half_map_2.map.gz | 8.9 MB 9.7 MB 8.1 MB 8.4 MB 8.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13202 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13202 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13202_validation.pdf.gz | 536.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13202_full_validation.pdf.gz | 536.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13202_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13202_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13202 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13202 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full-length complex at 3.1 A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.302 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13202_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: masked transmembrane region at 2.7 A
ファイル | emd_13202_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | masked transmembrane region at 2.7 A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: masked cytoplasmic region including all leucine-rich repeat domains...
ファイル | emd_13202_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | masked cytoplasmic region including all leucine-rich repeat domains and bound Sb1 sybodies at 3.3 A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: masked region of a single pair of tightly...
ファイル | emd_13202_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | masked region of a single pair of tightly interacting leucine-rich repeat domains and bound Sb1 sybodies at 2.8 A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13202_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13202_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with s...
全体 | 名称: Homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with s...
超分子 | 名称: Homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
分子 | 名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 94.239383 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVTQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAASSPEPT YPNSTVLPT PDTGPTGIKY DLDRHQYNYV DAVCYENRLH WFAKYFPYLV LLHTLIFLAC SNFWFKFPRT SSKLEHFVSI L LKCFDSPW ...文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVTQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAASSPEPT YPNSTVLPT PDTGPTGIKY DLDRHQYNYV DAVCYENRLH WFAKYFPYLV LLHTLIFLAC SNFWFKFPRT SSKLEHFVSI L LKCFDSPW TTRALSETVV EESDPKPAFS KMNGSMDKKS STVSEDVEAT VPMLQRTKSR IEQGIVDRSE TGVLDKKEGE QA KALFEKV KKFRTHVEEG DIVYRLYMRQ TIIKVIKFAL IICYTVYYVH NIKFDVDCTV DIESLTGYRT YRCAHPLATL FKI LASFYI SLVIFYGLIC MYTLWWMLRR SLKKYSFESI REESSYSDIP DVKNDFAFML HLIDQYDPLY SKRFAVFLSE VSEN KLRQL NLNNEWTLDK LRQRLTKNAQ DKLELHLFML SGIPDTVFDL VELEVLKLEL IPDVTIPPSI AQLTGLKELW LYHTA AKIE APALAFLREN LRALHIKFTD IKEIPLWIYS LKTLEELHLT GNLSAENNRY IVIDGLRELK RLKVLRLKSN LSKLPQ VVT DVGVHLQKLS INNEGTKLIV LNSLKKMVNL TELELIRCDL ERIPHSIFSL HNLQEIDLKD NNLKTIEEII SFQHLHR LT CLKLWYNHIA YIPIQIGNLT NLERLYLNRN KIEKIPTQLF YCRKLRYLDL SHNNLTFLPA DIGLLQNLQN LAVTANRI E ALPPELFQCR KLRALHLGNN VLQSLPSRVG ELTNLTQIEL RGNRLECLPV ELGECPLLKR SGLVVEEDLF STLPPEVKE RLWRADKEQA UniProtKB: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A |
-分子 #2: Synthetic nanobody Sb1
分子 | 名称: Synthetic nanobody Sb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 16.036596 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSSSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVGRHFMYW YRQAPGKERE WVAAIYSYGE YTEYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CYVYVGNEYW GQGTQVTVSA GRAGEQKLIS EEDLNSAVDH HHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |