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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13148 | |||||||||
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タイトル | Human mitochondrial Lon protease with substrate in the ATPase and protease domains | |||||||||
マップデータ | Human mitochondrial LonP1 K898A, LocScale map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Protease / Mitochondria / AAA+ / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / chaperone-mediated protein complex assembly / DNA polymerase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / mitochondrion organization / proteolysis involved in protein catabolic process / protein catabolic process / ADP binding / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / single-stranded RNA binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Valentin Gese G / Shahzad S | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A dual allosteric pathway drives human mitochondrial Lon 著者: Valentin Gese G / Shahzad S / Pardo-Hernandez C / Wramstedt A / Falkenberg M / Hallberg M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13148.map.gz | 405.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13148-v30.xml emd-13148.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13148_fsc.xml | 20.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13148.png | 78.9 KB | ||
マスクデータ | emd_13148_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13148.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_13148_additional_1.map.gz emd_13148_half_map_1.map.gz emd_13148_half_map_2.map.gz | 410.2 MB 763.7 MB 763.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13148 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13148_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13148_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13148_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13148_validation.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13148 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human mitochondrial LonP1 K898A, LocScale map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13148_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Human mitochondrial LonP1 K898A
ファイル | emd_13148_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human mitochondrial LonP1 K898A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human mitochondrial LonP1 K898A, half map B
ファイル | emd_13148_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human mitochondrial LonP1 K898A, half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human mitochondrial LonP1 K898A, half map A
ファイル | emd_13148_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Human mitochondrial LonP1 K898A, half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial LonP1 K898A mutant
全体 | 名称: Human mitochondrial LonP1 K898A mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: Human mitochondrial LonP1 K898A mutant
超分子 | 名称: Human mitochondrial LonP1 K898A mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 591 KDa |
-分子 #1: Lon protease homolog, mitochondrial
分子 | 名称: Lon protease homolog, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase La |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 99.713266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SMGFWEASSR GGGAFSGGED ASEGGAEEGA GGAGGSAGAG EGPVITALTP MTIPDVFPHL PLIAITRNPV FPRFIKIIEV KNKKLVELL RRKVRLAQPY VGVFLKRDDS NESDVVESLD EIYHTGTFAQ IHEMQDLGDK LRMIVMGHRR VHISRQLEVE P EEPEAENK ...文字列: SMGFWEASSR GGGAFSGGED ASEGGAEEGA GGAGGSAGAG EGPVITALTP MTIPDVFPHL PLIAITRNPV FPRFIKIIEV KNKKLVELL RRKVRLAQPY VGVFLKRDDS NESDVVESLD EIYHTGTFAQ IHEMQDLGDK LRMIVMGHRR VHISRQLEVE P EEPEAENK HKPRRKSKRG KKEAEDELSA RHPAELAMEP TPELPAEVLM VEVENVVHED FQVTEEVKAL TAEIVKTIRD II ALNPLYR ESVLQMMQAG QRVVDNPIYL SDMGAALTGA ESHELQDVLE ETNIPKRLYK ALSLLKKEFE LSKLQQRLGR EVE EKIKQT HRKYLLQEQL KIIKKELGLE KDDKDAIEEK FRERLKELVV PKHVMDVVDE ELSKLGLLDN HSSEFNVTRN YLDW LTSIP WGKYSNENLD LARAQAVLEE DHYGMEDVKK RILEFIAVSQ LRGSTQGKIL CFYGPPGVGK TSIARSIARA LNREY FRFS VGGMTDVAEI KGHRRTYVGA MPGKIIQCLK KTKTENPLIL IDEVDKIGRG YQGDPSSALL ELLDPEQNAN FLDHYL DVP VDLSKVLFIC TANVTDTIPE PLRDRMEMIN VSGYVAQEKL AIAERYLVPQ ARALCGLDES KAKLSSDVLT LLIKQYC RE SGVRNLQKQV EKVLRKSAYK IVSGEAESVE VTPENLQDFV GKPVFTVERM YDVTPPGVVM GLAWTAMGGS TLFVETSL R RPQDKDAKGD KDGSLEVTGQ LGEVMKESAR IAYTFARAFL MQHAPANDYL VTSHIHLHVP EGATPKDGPS AGCTIVTAL LSLAMGRPVR QNLAMTGEVS LTGKILPVGG IKEATIAAKR AGVTCIVLPA ENKKDFYDLA AFITEGLEVH FVEHYREIFD IAFPDEQAE ALAVER UniProtKB: Lon protease homolog, mitochondrial |
-分子 #2: Unknown peptide from human mitochondrial transcription factor A (TFAM)
分子 | 名称: Unknown peptide from human mitochondrial transcription factor A (TFAM) タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 954.168 Da |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |