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- EMDB-12918: Cryo-EM structure of the Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12918
タイトルCryo-EM structure of the Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex
マップデータMasked postprocessed map
試料
  • 複合体: Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex
    • 複合体: Cetacean morbillivirus nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Cetacean morbillivirus nucleoprotein
    • 複合体: poly-A 6-mer
      • RNA: poly-A 6-mer
キーワードCetacean morbillivirus / nucleocapsid / RNA virus replication / cryo-electron microscopy / helical reconstruction / single particle analysis / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / Nucleocapsid
機能・相同性情報
生物種Morbillivirus sp. (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Zinzula L / Beck F
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex.
著者: Luca Zinzula / Florian Beck / Sven Klumpe / Stefan Bohn / Günter Pfeifer / Daniel Bollschweiler / István Nagy / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister /
要旨: Cetacean morbillivirus (CeMV) is an emerging and highly infectious paramyxovirus that causes outbreaks in cetaceans and occasionally in pinnipeds, representing a major threat to biodiversity and ...Cetacean morbillivirus (CeMV) is an emerging and highly infectious paramyxovirus that causes outbreaks in cetaceans and occasionally in pinnipeds, representing a major threat to biodiversity and conservation of endangered marine mammal populations in both hemispheres. As for all non-segmented, negative-sense, single-stranded RNA (ssRNA) viruses, the morbilliviral genome is enwrapped by thousands of nucleoprotein (N) protomers. Each bound to six ribonucleotides, N protomers assemble to form a helical ribonucleoprotein (RNP) complex that serves as scaffold for nucleocapsid formation and as template for viral replication and transcription. While the molecular details on RNP complexes elucidated in human measles virus (MeV) served as paradigm model for these processes in all members of the Morbillivirus genus, no structural information has been obtained from other morbilliviruses, nor has any CeMV structure been solved so far. We report the structure of the CeMV RNP complex, reconstituted in vitro upon binding of recombinant CeMV N to poly-adenine ssRNA hexamers and solved to 4.0 Å resolution by cryo-electron microscopy. In spite of the amino acid sequence similarity and consequently similar folding of the N protomer, the CeMV RNP complex exhibits different helical parameters as compared to previously reported MeV orthologs. The CeMV structure reveals exclusive interactions leading to more extensive protomer-RNA and protomer-protomer interfaces. We identified twelve residues, among those varying between CeMV strains, as putatively important for the stabilization of the RNP complex, which highlights the need to study the potential of CeMV N mutations that modulate nucleocapsid assembly to also affect viral phenotype and host adaptation.
履歴
登録2021年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oi3
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7oi3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12918.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.069292076 - 0.1053894
平均 (標準偏差)0.000047856687 (±0.003239362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.040279.040279.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0690.1050.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12918_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer map

ファイルemd_12918_additional_1.map
注釈DeepEMhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before postprocessing

ファイルemd_12918_additional_2.map
注釈Map before postprocessing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_12918_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_12918_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex

全体名称: Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex
要素
  • 複合体: Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex
    • 複合体: Cetacean morbillivirus nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Cetacean morbillivirus nucleoprotein
    • 複合体: poly-A 6-mer
      • RNA: poly-A 6-mer

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超分子 #1: Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex

超分子名称: Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Cetacean morbillivirus nucleoprotein

超分子名称: Cetacean morbillivirus nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Morbillivirus sp. (ウイルス)

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超分子 #3: poly-A 6-mer

超分子名称: poly-A 6-mer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Morbillivirus sp. (ウイルス)

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分子 #1: Cetacean morbillivirus nucleoprotein

分子名称: Cetacean morbillivirus nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Morbillivirus sp. (ウイルス)
分子量理論値: 46.273625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GMATLLRSLA LFKRNKDRTP LTAGSGGAIR GIKHVIVVPV PGDSSIVTRS RLLDRLVRLA GDPYISGPKL TGVMISILSL FVESPSQLI QRITDDPDVS IRLVEVIQSE KSLSGLTFAS RGANMEDEAD DYFSIQAGEE GDTRGTHWFE NKEIVEIEVQ D PEEFNILL ...文字列:
GMATLLRSLA LFKRNKDRTP LTAGSGGAIR GIKHVIVVPV PGDSSIVTRS RLLDRLVRLA GDPYISGPKL TGVMISILSL FVESPSQLI QRITDDPDVS IRLVEVIQSE KSLSGLTFAS RGANMEDEAD DYFSIQAGEE GDTRGTHWFE NKEIVEIEVQ D PEEFNILL ASILAQIWIL LAKAVTAPDT AADSETRRWI KYTQQRRVVG EFRLDKGWLD AVRNRIAEDL SLRRFMVALI LD IKRTPGN KPRIAEMICD IDTYIVEAGL ASFILTIKFG IETMYPALGL HEFSGELTTV ESLMNLYQQM GETAPYMVIL ENS IQNKFS AGSYPLLWSY AMGVGVELEN SMGGLNFGRS YFDPAYFRLG QEMVRRSAGK VSSSLAAELG ITAEDAKLVS EIAA QANDD RVEHHHHHHH H

UniProtKB: Nucleocapsid

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分子 #2: poly-A 6-mer

分子名称: poly-A 6-mer / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Morbillivirus sp. (ウイルス)
分子量理論値: 1.930277 KDa
配列文字列:
AAAAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMTris
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3153 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 28.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 31361
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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