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- PDB-4xjn: Structure of the parainfluenza virus 5 nucleocapsid-RNA complex: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xjn
タイトルStructure of the parainfluenza virus 5 nucleocapsid-RNA complex: an insight into paramyxovirus polymerase activity
要素
  • Nucleocapsid
  • RNA (78-MER)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / PIV5 / Nucleocapsid / RNA / Complex / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein / Nucleocapsid
類似検索 - 構成要素
生物種Parainfluenza virus 5 (インフルエンザウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Alayyoubi, M. / Leser, G.P. / Kors, C.A. / Lamb, R.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of the paramyxovirus parainfluenza virus 5 nucleoprotein-RNA complex.
著者: Alayyoubi, M. / Leser, G.P. / Kors, C.A. / Lamb, R.A.
履歴
登録2015年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.version / _struct_keywords.text
改定 1.42024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid
B: Nucleocapsid
C: Nucleocapsid
D: Nucleocapsid
E: Nucleocapsid
F: Nucleocapsid
G: Nucleocapsid
H: Nucleocapsid
I: Nucleocapsid
J: Nucleocapsid
K: Nucleocapsid
L: Nucleocapsid
M: Nucleocapsid
N: RNA (78-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)785,92428
ポリマ－783,02314
非ポリマー2,90114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area104410 Å2
ΔGint-831 kcal/mol
Surface area183740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.636, 309.436, 233.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain H
91chain I
101chain J
111chain K
121chain L
131chain M

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 3 - 401 / Label seq-ID: 19 - 417

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF
7chain GGG
8chain HHH
9chain III
10chain JJJ
11chain KKK
12chain LLL
13chain MMM

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要素

#1: タンパク質
Nucleocapsid / Nucleocapsid protein


分子量: 58399.004 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parainfluenza virus 5 (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W5QKM4, UniProt: Q88435*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (78-MER)


分子量: 23835.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystlliztion Condition: 30% PEG 400, 0.1M MES sodium salt pH 6.5, 0.1 M MgCl2. Crystals grew from 4 days to one week, and varied in size from 50um to 400um
PH範囲: 6.5-7.2 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.95041 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月7日
放射モノクロメーター: Kohzu Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95041 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→171.3 Å / Num. all: 146910 / Num. obs: 132485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.475 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.11→45.007 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 6437 4.87 %
Rwork0.2271 --
obs0.2288 132287 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.05 Å2 / Biso mean: 46.5241 Å2 / Biso min: 15.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→45.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40755 1560 14 0 42329
Biso mean--101.81 --
残基数----5213
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
12B24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
13C24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
14D24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
15E24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
16F24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
17G24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
18H24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
19I24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
110J24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
111K24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
112L24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL
113M24883X-RAY DIFFRACTION11.617TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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