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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12898 | |||||||||
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タイトル | nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 | |||||||||
マップデータ | 3D refinement map from Relion | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA binding protein nucleosome / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity ...transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang H / Cramer P | |||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structures and implications of TBP-nucleosome complexes. 著者: Haibo Wang / Le Xiong / Patrick Cramer / 要旨: The TATA box-binding protein (TBP) is highly conserved throughout eukaryotes and plays a central role in the assembly of the transcription preinitiation complex (PIC) at gene promoters. TBP binds and ...The TATA box-binding protein (TBP) is highly conserved throughout eukaryotes and plays a central role in the assembly of the transcription preinitiation complex (PIC) at gene promoters. TBP binds and bends DNA, and directs adjacent binding of the transcription factors TFIIA and TFIIB for PIC assembly. Here, we show that yeast TBP can bind to a nucleosome containing the Widom-601 sequence and that TBP-nucleosome binding is stabilized by TFIIA. We determine three cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of TBP-nucleosome complexes, two of them containing also TFIIA. TBP can bind to superhelical location (SHL) -6, which contains a TATA-like sequence, but also to SHL +2, which is GC-rich. Whereas binding to SHL -6 can occur in the absence of TFIIA, binding to SHL +2 is only observed in the presence of TFIIA and goes along with detachment of upstream terminal DNA from the histone octamer. TBP-nucleosome complexes are sterically incompatible with PIC assembly, explaining why a promoter nucleosome generally impairs transcription and must be moved before initiation can occur. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12898.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12898-v30.xml emd-12898.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12898_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12898.png | 209.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12898.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12898 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12898_validation.pdf.gz | 423.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12898_full_validation.pdf.gz | 422.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12898_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12898_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D refinement map from Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Nucleosome with TBP
+超分子 #1: Nucleosome with TBP
+分子 #1: Histone H3.2
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A
+分子 #4: Histone H2B 1.1
+分子 #7: TATA-binding protein
+分子 #8: Transcription initiation factor IIA large subunit
+分子 #9: Transcription initiation factor IIA subunit 2
+分子 #5: DNA (122-MER)
+分子 #6: DNA (122-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.12 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 41.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7oha: |