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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12588 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of unliganded O-GlcNAc transferase | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | O-GlcNAc transferase O-linked B-n-acetylglucosamine transferase / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-GlcNAc transferase / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of necroptotic process / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation ...protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-GlcNAc transferase / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of necroptotic process / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation / NSL complex / regulation of glycolytic process / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of synapse assembly / regulation of gluconeogenesis / positive regulation of stem cell population maintenance / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Sin3-type complex / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of proteolysis / hemopoiesis / mitophagy / histone acetyltransferase complex / positive regulation of lipid biosynthetic process / response to nutrient / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / cell projection / positive regulation of translation / cellular response to glucose stimulus / circadian regulation of gene expression / response to insulin / mitochondrial membrane / Regulation of necroptotic cell death / chromatin DNA binding / protein processing / UCH proteinases / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / HATs acetylate histones / glutamatergic synapse / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Meek RW / Blaza JN | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure provides insights into the dimer arrangement of the O-linked β-N-acetylglucosamine transferase OGT. 著者: Richard W Meek / James N Blaza / Jil A Busmann / Matthew G Alteen / David J Vocadlo / Gideon J Davies / 要旨: The O-linked β-N-acetylglucosamine modification is a core signalling mechanism, with erroneous patterns leading to cancer and neurodegeneration. Although thousands of proteins are subject to this ...The O-linked β-N-acetylglucosamine modification is a core signalling mechanism, with erroneous patterns leading to cancer and neurodegeneration. Although thousands of proteins are subject to this modification, only a single essential glycosyltransferase catalyses its installation, the O-GlcNAc transferase, OGT. Previous studies have provided truncated structures of OGT through X-ray crystallography, but the full-length protein has never been observed. Here, we report a 5.3 Å cryo-EM model of OGT. We show OGT is a dimer, providing a structural basis for how some X-linked intellectual disability mutations at the interface may contribute to disease. We observe that the catalytic section of OGT abuts a 13.5 tetratricopeptide repeat unit region and find the relative positioning of these sections deviate from the previously proposed, X-ray crystallography-based model. We also note that OGT exhibits considerable heterogeneity in tetratricopeptide repeat units N-terminal to the dimer interface with repercussions for how OGT binds protein ligands and partners. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12588.map.gz | 25.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12588-v30.xml emd-12588.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12588_fsc.xml | 6.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12588.png | 110.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12588.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12588 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12588 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12588_validation.pdf.gz | 533.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12588_full_validation.pdf.gz | 533.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12588_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12588_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12588 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12588 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.302 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric assembly of O-GlcNAc transferase
全体 | 名称: Dimeric assembly of O-GlcNAc transferase |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimeric assembly of O-GlcNAc transferase
超分子 | 名称: Dimeric assembly of O-GlcNAc transferase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: Isoform 1 of UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminy...
分子 | 名称: Isoform 1 of UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein O-GlcNAc transferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 120.225773 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFELRR QASSVGNVAD STGLAELAHR EYQAGDFEAA ERHCMQLWRQ EPDNTGVLL LLSSIHFQCR RLDRSAHFST LAIKQNPLLA EAYSNLGNVY KERGQLQEAI EHYRHALRLK PDFIDGYINL A AALVAAGD ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFELRR QASSVGNVAD STGLAELAHR EYQAGDFEAA ERHCMQLWRQ EPDNTGVLL LLSSIHFQCR RLDRSAHFST LAIKQNPLLA EAYSNLGNVY KERGQLQEAI EHYRHALRLK PDFIDGYINL A AALVAAGD MEGAVQAYVS ALQYNPDLYC VRSDLGNLLK ALGRLEEAKA CYLKAIETQP NFAVAWSNLG CVFNAQGEIW LA IHHFEKA VTLDPNFLDA YINLGNVLKE ARIFDRAVAA YLRALSLSPN HAVVHGNLAC VYYEQGLIDL AIDTYRRAIE LQP HFPDAY CNLANALKEK GSVAEAEDCY NTALRLCPTH ADSLNNLANI KREQGNIEEA VRLYRKALEV FPEFAAAHSN LASV LQQQG KLQEALMHYK EAIRISPTFA DAYSNMGNTL KEMQDVQGAL QCYTRAIQIN PAFADAHSNL ASIHKDSGNI PEAIA SYRT ALKLKPDFPD AYCNLAHCLQ IVCDWTDYDE RMKKLVSIVA DQLEKNRLPS VHPHHSMLYP LSHGFRKAIA ERHGNL CLD KINVLHKPPY EHPKDLKLSD GRLRVGYVSS DFGNHPTSHL MQSIPGMHNP DKFEVFCYAL SPDDGTNFRV KVMAEAN HF IDLSQIPCNG KAADRIHQDG IHILVNMNGY TKGARNELFA LRPAPIQAMW LGYPGTSGAL FMDYIITDQE TSPAEVAE Q YSEKLAYMPH TFFIGDHANM FPHLKKKAVI DFKSNGHIYD NRIVLNGIDL KAFLDSLPDV KIVKMKCPDG GDNADSSNT ALNMPVIPMN TIAEAVIEMI NRGQIQITIN GFSISNGLAT TQINNKAATG EEVPRTIIVT TRSQYGLPED AIVYCNFNQL YKIDPSTLQ MWANILKRVP NSVLWLLRFP AVGEPNIQQY AQNMGLPQNR IIFSPVAPKE EHVRRGQLAD VCLDTPLCNG H TTGMDVLW AGTPMVTMPG ETLASRVAAS QLTCLGCLEL IAKNRQEYED IAVKLGTDLE YLKKVRGKVW KQRISSPLFN TK QYTMELE RLYLQMWEHY AAGNKPDHMI KPVEVTESA UniProtKB: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5 150 mM NaCl 1 mM DTT 0.5 % glycerol |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |