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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12559 | |||||||||
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タイトル | Substrate receptor scaffolding module of yeast Chelator-GID SR4 E3 ubiquitin ligase bound to Fbp1 substrate | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein catabolic process in the vacuole / GID complex / ascospore formation / traversing start control point of mitotic cell cycle / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / Neutrophil degranulation / ubiquitin protein ligase activity ...protein catabolic process in the vacuole / GID complex / ascospore formation / traversing start control point of mitotic cell cycle / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / Neutrophil degranulation / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / carbohydrate metabolic process / cell cycle / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Sherpa D / Chrustowicz J / Prabu JR / Schulman BA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: GID E3 ligase supramolecular chelate assembly configures multipronged ubiquitin targeting of an oligomeric metabolic enzyme. 著者: Dawafuti Sherpa / Jakub Chrustowicz / Shuai Qiao / Christine R Langlois / Laura A Hehl / Karthik Varma Gottemukkala / Fynn M Hansen / Ozge Karayel / Susanne von Gronau / J Rajan Prabu / ...著者: Dawafuti Sherpa / Jakub Chrustowicz / Shuai Qiao / Christine R Langlois / Laura A Hehl / Karthik Varma Gottemukkala / Fynn M Hansen / Ozge Karayel / Susanne von Gronau / J Rajan Prabu / Matthias Mann / Arno F Alpi / Brenda A Schulman / ![]() 要旨: How are E3 ubiquitin ligases configured to match substrate quaternary structures? Here, by studying the yeast GID complex (mutation of which causes deficiency in glucose-induced degradation of ...How are E3 ubiquitin ligases configured to match substrate quaternary structures? Here, by studying the yeast GID complex (mutation of which causes deficiency in glucose-induced degradation of gluconeogenic enzymes), we discover supramolecular chelate assembly as an E3 ligase strategy for targeting an oligomeric substrate. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures show that, to bind the tetrameric substrate fructose-1,6-bisphosphatase (Fbp1), two minimally functional GID E3s assemble into the 20-protein Chelator-GID, which resembles an organometallic supramolecular chelate. The Chelator-GID assembly avidly binds multiple Fbp1 degrons so that multiple Fbp1 protomers are simultaneously ubiquitylated at lysines near the allosteric and substrate binding sites. Importantly, key structural and biochemical features, including capacity for supramolecular assembly, are preserved in the human ortholog, the CTLH E3. Based on our integrative structural, biochemical, and cell biological data, we propose that higher-order E3 ligase assembly generally enables multipronged targeting, capable of simultaneously incapacitating multiple protomers and functionalities of oligomeric substrates. #1: ![]() タイトル: GID E3 ligase supramolecular chelate assembly configures multipronged ubiquitin targeting of an oligomeric metabolic enzyme 著者: Sherpa D / Chrustowicz J / Qiao S / Langlois CR / Hehl LA / Gottemukkala KV / Hansen FM / Karayel O / Prabu JR / Mann M / Alpi AF / Schulman BA | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 147 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 71.3 MB 71.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 354.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 353.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12559_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12559_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Substrate receptor scaffolding module of yeast Chelator-GID SR4 c...
全体 | 名称: Substrate receptor scaffolding module of yeast Chelator-GID SR4 comprising Gid1, Gid4, Gid5, Gid8 and Gid9 bound to Fbp1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Substrate receptor scaffolding module of yeast Chelator-GID SR4 c...
超分子 | 名称: Substrate receptor scaffolding module of yeast Chelator-GID SR4 comprising Gid1, Gid4, Gid5, Gid8 and Gid9 bound to Fbp1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Generated by focused refinement of Chelator-GID SR4 + Fbp1 map |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 310 KDa |
-分子 #1: Vacuolar import and degradation protein 28
分子 | 名称: Vacuolar import and degradation protein 28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 105.609133 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTVAYSLENL KKISNSLVGD QLAKVDYFLA PKCQIFQCLL SIEQSDGVEL KNAKLDLLYT LLHLEPQQRD IVGTYYFDIV SAIYKSMSL ASSFTKNNSS TNYKYIKLLN LCAGVYPNCG FPDLQYLQNG FIQLVNHKFL RSKCKIDEVV TIIELLKLFL L VDEKNCSD ...文字列: MTVAYSLENL KKISNSLVGD QLAKVDYFLA PKCQIFQCLL SIEQSDGVEL KNAKLDLLYT LLHLEPQQRD IVGTYYFDIV SAIYKSMSL ASSFTKNNSS TNYKYIKLLN LCAGVYPNCG FPDLQYLQNG FIQLVNHKFL RSKCKIDEVV TIIELLKLFL L VDEKNCSD FNKSKFMEEE REVTETSHYQ DFKMAESLEH IIVKISSKYL DQISLKYIVR LKVSRPASPS SVKNDPFDNK GV DCTRAIP KKINISNMYD SSLLSLALLL YLRYHYMIPG DRKLRNDATF KMFVLGLLKS NDVNIRCVAL KFLLQPYFTE DKK WEDTRT LEKILPYLVK SFNYDPLPWW FDPFDMLDSL IVLYNEITPM NNPVLTTLAH TNVIFCILSR FAQCLSLPQH NEAT LKTTT KFIKICASFA ASDEKYRLLL LNDTLLLNHL EYGLESHITL IQDFISLKDE IKETTTESHS MCLPPIYDHD FVAAW LLLL KSFSRSVSAL RTTLKRNKIA QLLLQILSKT YTLTKECYFA GQDFMKPEIM IMGITLGSIC NFVVEFSNLQ SFMLRN GII DIIEKMLTDP LFNSKKAWDD NEDERRIALQ GIPVHEVKAN SLWVLRHLMY NCQNEEKFQL LAKIPMNLIL DFINDPC WA VQAQCFQLLR NLTCNSRKIV NILLEKFKDV EYKIDPQTGN KISIGSTYLF EFLAKKMRLL NPLDTQQKKA MEGILYII V NLAAVNENKK QLVIEQDEIL NIMSEILVET TTDSSSNGND SNLKLACLWV LNNLLWNSSV SHYTQYAIEN GLEPGHSPS DSENPQSTVT IGYNESVAGG YSRGKYYDEP DGDDSSSNAN DDEDDDNDEG DDEGDEFVRT PAAKGSTSNV QVTRATVERC RKLVEVGLY DLVRKNITDE SLSVREKART LLYHMDLLLK VK |
-分子 #2: Glucose-induced degradation protein 8
分子 | 名称: Glucose-induced degradation protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 55.803309 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTISTLSNET TKSGSCSGQG KNGGKDFTYG KKCFTKEEWK EQVAKYSAMG ELYANKTIHY PLKIQPNSSG GSQDEGFATI QTTPIEPTL PRLLLNYFVS MAYEDSSIRM AKELGFIRNN KDIAVFNDLY KIKERFHIKH LIKLGRINEA MEEINSIFGL E VLEETFNA ...文字列: MTISTLSNET TKSGSCSGQG KNGGKDFTYG KKCFTKEEWK EQVAKYSAMG ELYANKTIHY PLKIQPNSSG GSQDEGFATI QTTPIEPTL PRLLLNYFVS MAYEDSSIRM AKELGFIRNN KDIAVFNDLY KIKERFHIKH LIKLGRINEA MEEINSIFGL E VLEETFNA TGSYTGRTDR QQQQQQQQFD IDGDLHFKLL LLNLIEMIRS HHQQENITKD SNDFILNLIQ YSQNKLAIKA SS SVKKMQE LELAMTLLLF PLSDSADSGS IKLPKSLQNL YSISLRSKIA DLVNEKLLKF IHPRIQFEIS NNNSKFPDLL NSD KKIITQ NFTVYNNNLV NGSNGTKITH ISSDQPINEK MSSNEVTAAA NSVWLNQRDG NVGTGSAATT FHNLENKNYW NQTS ELLSS SNGKEKGLEF NNYYSSEFPY EPRLTQIMKL WCWCENQLHH NQIGVPRVEN SDENLYFQSG WSHPQFEKGG GSGGG SGGS AWSHPQFEK |
-分子 #3: BJ4_G0018240.mRNA.1.CDS.1
分子 | 名称: BJ4_G0018240.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 108.28768 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSEYMDDVDR EFINCLFPSY LLQQPVAYDL WILYLQHRKL FHKLKNTNLI NADENPTGVG MGRTKLTALT RKEIWSKLMN LGVLGTISF EAVNDDYLIQ VYKYFYPDVN DFTLRFGVKD SNKNSVRVMK ASSDMRKNAQ ELLEPVLSER EMALNSNTSL E NDRNDDDD ...文字列: MSEYMDDVDR EFINCLFPSY LLQQPVAYDL WILYLQHRKL FHKLKNTNLI NADENPTGVG MGRTKLTALT RKEIWSKLMN LGVLGTISF EAVNDDYLIQ VYKYFYPDVN DFTLRFGVKD SNKNSVRVMK ASSDMRKNAQ ELLEPVLSER EMALNSNTSL E NDRNDDDD DDDDDDDDDD DDDDDDDESD LESLEGEVDT DTDDNNEGDG SDNHEEGGEE GSRGADADVS SAQQRAERVA DP WIYQRSR SAINIETESR NLWDTSDKNS GLQYYPPDQS PSSSFSSPRV SSGNDKNDNE ATNVLSNSGS KKKNSMIPDI YKI LGYFLP SRWQAQPNNS LQLSQDGITH LQPNPDYHSY MTYERSSASS ASTRNRLRTS FENSGKVDFA VTWANKSLPD NKLT IFYYE IKVLSVTSTE SAENSNIVIG YKLVENELME ATTKKSVSRS SVAGSSSSLG GSNNMSSNRV PSTSFTMEGT QRRDY IYEG GVSAMSLNVD GSINKCQKYG FDLNVFGYCG FDGLITNSTE QSKEYAKPFG RDDVIGCGIN FIDGSIFFTK NGIHLG NAF TDLNDLEFVP YVALRPGNSI KTNFGLNEDF VFDIIGYQDK WKSLAYEHIC RGRQMDVSIE EFDSDESEED ETENGPE EN KSTNVNEDLM DIDQEDGAAG NKDTKKLNDE KDNNLKFLLG EDNRFIDGKL VRPDVNNINN LSVDDGSLPN TLNVMIND Y LIHEGLVDVA KGFLKDLQKD AVNVNGQHSE SKDVIRHNER QIMKEERMVK IRQELRYLIN KGQISKCINY IDNEIPDLL KNNLELVFEL KLANYLVMIK KSSSKDDDEI ENLILKGQEL SNEFIYDTKI PQSLRDRFSG QLSNVSALLA YSNPLVEAPK EISGYLSDE YLQERLFQVS NNTILTFLHK DSECALENVI SNTRAMLSTL LEYNAFGSTN SSDPRYYKAI NFDEDVLNL |
-分子 #4: Protein FYV10
分子 | 名称: Protein FYV10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 59.975102 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAEKSIFNEP DVDFHLKLNQ QLFHIPYELL SKRIKHTQAV INKETKSLHE HTAALNQIFE HNDVEHDELA LAKITEMIRK VDHIERFLN TQIKSYCQIL NRIKKRLEFF HELKDIKSQN SGTSHNGNNE GTRTKLIQWY QSYTNILIGD YLTRNNPIKY N SETKDHWN ...文字列: MAEKSIFNEP DVDFHLKLNQ QLFHIPYELL SKRIKHTQAV INKETKSLHE HTAALNQIFE HNDVEHDELA LAKITEMIRK VDHIERFLN TQIKSYCQIL NRIKKRLEFF HELKDIKSQN SGTSHNGNNE GTRTKLIQWY QSYTNILIGD YLTRNNPIKY N SETKDHWN SGVVFLKQSQ LDDLIDYDVL LEANRISTSL LHERNLLPLI SWINENKKTL TKKSSILEFQ ARLQEYIELL KV DNYTDAI VCFQRFLLPF VKSNFTDLKL ASGLLIFIKY CNDQKPTSST SSGFDTEEIK SQSLPMKKDR IFQHFFHKSL PRI TSKPAV NTTDYDKSSL INLQSGDFER YLNLLDDQRW SVLNDLFLSD FYSMYGISQN DPLLIYLSLG ISSLKTRDCL HPSD DENGN QETETATTAE KEVEDLQLFT LHSLKRKNCP VCSETFKPIT QALPFAHHIQ SQLFENPILL PNGNVYDSKK LKKLA KTLK KQNLISLNPG QIMDPVDMKI FCESDSIKMY PT |
-分子 #5: Vacuolar import and degradation protein 24
分子 | 名称: Vacuolar import and degradation protein 24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 41.291934 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MINNPKVDSV AEKPKAVTSK QSEQAASPEP TPAPPVSRNQ YPITFNLTST APFHLHDRHR YLQEQDLYKC ASRDSLSSLQ QLAHTPNGS TRKKYIVEDQ SPYSSENPVI VTSSYNHTVC TNYLRPRMQF TGYQISGYKR YQVTVNLKTV DLPKKDCTSL S PHLSGFLS ...文字列: MINNPKVDSV AEKPKAVTSK QSEQAASPEP TPAPPVSRNQ YPITFNLTST APFHLHDRHR YLQEQDLYKC ASRDSLSSLQ QLAHTPNGS TRKKYIVEDQ SPYSSENPVI VTSSYNHTVC TNYLRPRMQF TGYQISGYKR YQVTVNLKTV DLPKKDCTSL S PHLSGFLS IRGLTNQHPE ISTYFEAYAV NHKELGFLSS SWKDEPVLNE FKATDQTDLE HWINFPSFRQ LFLMSQKNGL NS TDDNGTT NAAKKLPPQQ LPTTPSADAG NISRIFSQEK QFDNYLNERF IFMKWKEKFL VPDALLMEGV DGASYDGFYY IVH DQVTGN IQGFYYHQDA EKFQQLELVP SLKNKVESSD CSFEFA |
-分子 #6: Fructose-bisphosphatase
分子 | 名称: Fructose-bisphosphatase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphatase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.303473 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPTLVNGPRR DSTEGFDTDI ITLPRFIIEH QKQFKNATGD FTLVLNALQF AFKFVSHTIR RAELVNLVGL AGASNFTGDQ QKKLDVLGD EIFINAMRAS GIIKVLVSEE QEDLIVFPTN TGSYAVCCDP IDGSSNLDAG VSVGTIASIF RLLPDSSGTI N DVLRCGKE ...文字列: MPTLVNGPRR DSTEGFDTDI ITLPRFIIEH QKQFKNATGD FTLVLNALQF AFKFVSHTIR RAELVNLVGL AGASNFTGDQ QKKLDVLGD EIFINAMRAS GIIKVLVSEE QEDLIVFPTN TGSYAVCCDP IDGSSNLDAG VSVGTIASIF RLLPDSSGTI N DVLRCGKE MVAACYAMYG SSTHLVLTLG DGVDGFTLDT NLGEFILTHP NLRIPPQKAI YSINEGNTLY WNETIRTFIE KV KQPQADN NNKPFSARYV GSMVADVHRT FLYGGLFAYP CDKKSPNGKL RLLYEAFPMA FLMEQAGGKA VNDRGERILD LVP SHIHDK SSIWLGSSGE IDKFLDHIGK SQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 79.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |