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万見
- PDB-6zj2: Structure of RcsB from Salmonella enterica serovar Typhimurium bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zj2
タイトルStructure of RcsB from Salmonella enterica serovar Typhimurium bound to promoter rprA in the presence of phosphomimetic BeF3-
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
  • Transcriptional regulatory protein RcsB
  • rprA promoter sequence
キーワードDNA BINDING PROTEIN / response regulator / phosphorylation / two-component systems / transcriptional factor
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein RcsB / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Transcriptional regulatory protein RcsB / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulatory protein RcsB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Huesa, J. / Marina, A. / Casino, P.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-78606-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78571-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-77639-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRYC-2014-16490 スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structure-based analyses of Salmonella RcsB variants unravel new features of the Rcs regulon.
著者: Huesa, J. / Giner-Lamia, J. / Pucciarelli, M.G. / Paredes-Martinez, F. / Portillo, F.G. / Marina, A. / Casino, P.
履歴
登録2020年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transcriptional regulatory protein RcsB
A: Transcriptional regulatory protein RcsB
D: Transcriptional regulatory protein RcsB
C: Transcriptional regulatory protein RcsB
E: rprA promoter sequence
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
G: rprA promoter sequence
I: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
L: Transcriptional regulatory protein RcsB
M: Transcriptional regulatory protein RcsB
N: Transcriptional regulatory protein RcsB
O: Transcriptional regulatory protein RcsB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,42118
ポリマ－218,19112
非ポリマー2296
水00
1
B: Transcriptional regulatory protein RcsB
A: Transcriptional regulatory protein RcsB
G: rprA promoter sequence
I: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7898
ポリマ－61,6084
非ポリマー1814
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Transcriptional regulatory protein RcsB
C: Transcriptional regulatory protein RcsB
E: rprA promoter sequence
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6576
ポリマ－61,6084
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
L: Transcriptional regulatory protein RcsB
M: Transcriptional regulatory protein RcsB
N: Transcriptional regulatory protein RcsB
O: Transcriptional regulatory protein RcsB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9754
ポリマ－94,9754
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.356, 111.514, 146.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulatory protein RcsB


分子量: 23743.650 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: rcsB, STM2270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58663
#2: DNA鎖 rprA promoter sequence


分子量: 7080.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 7040.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 8000, MES pH 6.5 and 0.2M NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→45.99 Å / Num. obs: 30572 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.266 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.580.6541580743820.7570.3980.7711.997.8
10.75-45.990.12362210090.9890.0690.1397.998.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O8Z

5o8z


解像度: 3.38→45.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 22.271 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3186 1581 5.2 %RANDOM
Rwork0.2655 ---
obs0.2681 28985 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 195.64 Å2 / Biso mean: 85.244 Å2 / Biso min: 35.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å26.72 Å2
2---54.67 Å2-0 Å2
3---55.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.38→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10265 1804 12 0 12081
Biso mean--69.19 --
残基数----1543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01312428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.53117356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0891.69325838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.42651439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.47726.185346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.432151545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.3351513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022185
LS精密化 シェル解像度: 3.38→3.468 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 74 -
Rwork0.257 1690 -
all-1764 -
obs--75.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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