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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1249 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of a translation initiation complex from Escherichia coli. | |||||||||
マップデータ | This is a difference map, which reveals the non-ribosomal components of the E. coli 70S initiation complex. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / ribosomal small subunit binding / chaperone-mediated protein folding / translation initiation factor activity / response to cold / translational initiation / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding ...guanosine tetraphosphate binding / ribosomal small subunit binding / chaperone-mediated protein folding / translation initiation factor activity / response to cold / translational initiation / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Allen GS / Zavialov A / Gursky R / Ehrenberg M / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2005 タイトル: The cryo-EM structure of a translation initiation complex from Escherichia coli. 著者: Gregory S Allen / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / 要旨: The 70S ribosome and its complement of factors required for initiation of translation in E. coli were purified separately and reassembled in vitro with GDPNP, producing a stable initiation complex ...The 70S ribosome and its complement of factors required for initiation of translation in E. coli were purified separately and reassembled in vitro with GDPNP, producing a stable initiation complex (IC) stalled after 70S assembly. We have obtained a cryo-EM reconstruction of the IC showing IF2*GDPNP at the intersubunit cleft of the 70S ribosome. IF2*GDPNP contacts the 30S and 50S subunits as well as fMet-tRNA(fMet). IF2 here adopts a conformation radically different from that seen in the recent crystal structure of IF2. The C-terminal domain of IF2 binds to the single-stranded portion of fMet-tRNA(fMet), thereby forcing the tRNA into a novel orientation at the P site. The GTP binding domain of IF2 binds to the GTPase-associated center of the 50S subunit in a manner similar to EF-G and EF-Tu. Additionally, we present evidence for the localization of IF1, IF3, one C-terminal domain of L7/L12, and the N-terminal domain of IF2 in the initiation complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1249.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1249-v30.xml emd-1249.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1249.gif | 20.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1249 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1249 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1249_validation.pdf.gz | 279.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1249_full_validation.pdf.gz | 278.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1249_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1249 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1249 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a difference map, which reveals the non-ribosomal components of the E. coli 70S initiation complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP
全体 | 名称: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP
超分子 | 名称: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One of each component binds to the 70S / Number unique components: 7 |
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-分子 #1: fmet-tRNA
分子 | 名称: fmet-tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #5: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 5 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: beta IF2-GDPNP
分子 | 名称: beta IF2-GDPNP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #3: IF1
分子 | 名称: IF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #4: IF3
分子 | 名称: IF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: polymix buffer |
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グリッド | 詳細: Quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 2 second blot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 平均: 80 K |
日付 | 2003年7月4日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 116 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.93 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.93 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cryo stage / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | automated particle picking followed by manual verification |
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CTF補正 | 詳細: defocus groups |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: This volume is a difference map constructed by the subtraction of a post-initiation map from the initiation map emd-1248. 使用した粒子像数: 20283 |
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: RSRef |
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詳細 | Protocol: real-space refinement of rigid bodies. IF2, P/I site tRNA, and IF1 were initially fit by hand in O then refined by RSRef. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-1zo1: PDB-1zo3: |