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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12192 | |||||||||||||||
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タイトル | Salmonella export gate and rod refined in focussed C1 map | |||||||||||||||
マップデータ | post processed volume | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial flagellum rod bacterial flagellum export gate basal body / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / protein secretion / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting ...bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / protein secretion / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) / Salmonella typhi (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Johnson S / Furlong E | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021 タイトル: Molecular structure of the intact bacterial flagellar basal body. 著者: Steven Johnson / Emily J Furlong / Justin C Deme / Ashley L Nord / Joseph J E Caesar / Fabienne F V Chevance / Richard M Berry / Kelly T Hughes / Susan M Lea / 要旨: The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the ...The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the inner membrane to the micrometre-long flagellar filament that powers bacterial swimming in viscous fluids. Here, we present structures of the intact Salmonella flagellar basal body, encompassing the inner membrane rotor, drive shaft and outer-membrane bushing, solved using cryo-electron microscopy to resolutions of 2.2-3.7 Å. The structures reveal molecular details of how 173 protein molecules of 13 different types assemble into a complex spanning two membranes and a cell wall. The helical drive shaft at one end is intricately interwoven with the rotor component with both the export gate complex and the proximal rod forming interactions with the MS-ring. At the other end, the drive shaft distal rod passes through the LP-ring bushing complex, which functions as a molecular bearing anchored in the outer membrane through interactions with the lipopolysaccharide. The in situ structure of a protein complex capping the drive shaft provides molecular insights into the assembly process of this molecular machine. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12192.map.gz | 92.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12192-v30.xml emd-12192.xml | 24.8 KB 24.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12192_fsc.xml | 27 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12192.png | 24.1 KB | ||
マスクデータ | emd_12192_msk_1.map | 1.7 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12192.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_12192_additional_1.map.gz emd_12192_half_map_1.map.gz emd_12192_half_map_2.map.gz | 1.4 GB 1.4 GB 1.4 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12192 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12192 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12192_validation.pdf.gz | 908.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12192_full_validation.pdf.gz | 907.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12192_validation.xml.gz | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12192_validation.cif.gz | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12192 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12192 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | post processed volume | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12192_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: refinement volume
ファイル | emd_12192_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | refinement volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_12192_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_12192_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Flagellar LP ring
全体 | 名称: Flagellar LP ring |
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要素 |
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-超分子 #1: Flagellar LP ring
超分子 | 名称: Flagellar LP ring / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Flagellar biosynthetic protein FliP
分子 | 名称: Flagellar biosynthetic protein FliP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhi (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 26.801086 KDa |
配列 | 文字列: MRRLLFLSLA GLWLFSPAAA AQLPGLISQP LAGGGQSWSL SVQTLVFITS LTFLPAILLM MTSFTRIIIV FGLLRNALGT PSAPPNQVL LGLALFLTFF IMSPVIDKIY VDAYQPFSEQ KISMQEALDK GAQPLRAFML RQTREADLAL FARLANSGPL Q GPEAVPMR ...文字列: MRRLLFLSLA GLWLFSPAAA AQLPGLISQP LAGGGQSWSL SVQTLVFITS LTFLPAILLM MTSFTRIIIV FGLLRNALGT PSAPPNQVL LGLALFLTFF IMSPVIDKIY VDAYQPFSEQ KISMQEALDK GAQPLRAFML RQTREADLAL FARLANSGPL Q GPEAVPMR ILLPAYVTSE LKTAFQIGFT IFIPFLIIDL VIASVLMALG MMMVPPATIA LPFKLMLFVL VDGWQLLMGS LA QSFYS UniProtKB: Flagellar biosynthetic protein FliP |
-分子 #2: Flagellar biosynthetic protein FliR
分子 | 名称: Flagellar biosynthetic protein FliR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 28.938865 KDa |
配列 | 文字列: MIQVTSEQWL YWLHLYFWPL LRVLALISTA PILSERAIPK RVKLGLGIMI TLVIAPSLPA NDTPLFSIAA LWLAMQQILI GIALGFTMQ FAFAAVRTAG EFIGLQMGLS FATFVDPGSH LNMPVLARIM DMLAMLLFLT FNGHLWLISL LVDTFHTLPI G SNPVNSNA ...文字列: MIQVTSEQWL YWLHLYFWPL LRVLALISTA PILSERAIPK RVKLGLGIMI TLVIAPSLPA NDTPLFSIAA LWLAMQQILI GIALGFTMQ FAFAAVRTAG EFIGLQMGLS FATFVDPGSH LNMPVLARIM DMLAMLLFLT FNGHLWLISL LVDTFHTLPI G SNPVNSNA FMALARAGGL IFLNGLMLAL PVITLLLTLN LALGLLNRMA PQLSIFVIGF PLTLTVGIML MAALMPLIAP FC EHLFSEI FNLLADIVSE MPINNNP UniProtKB: Flagellar biosynthetic protein FliR |
-分子 #3: Flagellar biosynthetic protein FliQ
分子 | 名称: Flagellar biosynthetic protein FliQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 9.606758 KDa |
配列 | 文字列: MTPESVMMMG TEAMKVALAL AAPLLLVALI TGLIISILQA ATQINEMTLS FIPKIVAVFI AIIVAGPWML NLLLDYVRTL FSNLPYIIG UniProtKB: Flagellar biosynthetic protein FliQ |
-分子 #4: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
分子 | 名称: Flagellar hook-basal body complex protein FliE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 11.087662 KDa |
配列 | 文字列: MAAIQGIEGV ISQLQATAMA ARGQDTHSQS TVSFAGQLHA ALDRISDRQA AARVQAEKFT LGEPGIALND VMADMQKASV SMQMGIQVR NKLVAAYQEV MSMQV UniProtKB: Flagellar hook-basal body complex protein FliE |
-分子 #5: Flagellar basal body rod protein FlgB
分子 | 名称: Flagellar basal body rod protein FlgB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 15.145061 KDa |
配列 | 文字列: MLDRLDAALR FQQEALNLRA QRQEILAANI ANADTPGYQA RDIDFASELK KVMVRGREET GGVALTLTSS HHIPAQAVSS PAVDLLYRV PDQPSLDGNT VDMDRERTQF ADNSLKYQMG LTVLGSQLKG MMNVLQGGN UniProtKB: Flagellar basal body rod protein FlgB |
-分子 #6: Flagellar basal-body rod protein FlgC
分子 | 名称: Flagellar basal-body rod protein FlgC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 13.991889 KDa |
配列 | 文字列: MALLNIFDIA GSALAAQSKR LNVAASNLAN ADSVTGPDGQ PYRAKQVVFQ VDAAPGQATG GVKVASVIES QAPEKLVYEP GNPLADANG YVKMPNVDVV GEMVNTMSAS RSYQANIEVL NTVKSMMLKT LTLGQ UniProtKB: Flagellar basal-body rod protein FlgC |
-分子 #7: Flagellar basal-body rod protein FlgF
分子 | 名称: Flagellar basal-body rod protein FlgF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 26.121223 KDa |
配列 | 文字列: MDHAIYTAMG AASQTLNQQA VTASNLANAS TPGFRAQLNA LRAVPVDGLS LATRTLVTAS TPGADMTPGQ LDYTSRPLDV ALQQDGWLV VQAADGAEGY TRNGNIQVGP TGQLTIQGHP VIGEGGPITV PEGSEITIAA DGTISALNPG DPPNTVAPVG R LKLVKAEG ...文字列: MDHAIYTAMG AASQTLNQQA VTASNLANAS TPGFRAQLNA LRAVPVDGLS LATRTLVTAS TPGADMTPGQ LDYTSRPLDV ALQQDGWLV VQAADGAEGY TRNGNIQVGP TGQLTIQGHP VIGEGGPITV PEGSEITIAA DGTISALNPG DPPNTVAPVG R LKLVKAEG NEVQRSDDGL FRLTAEAQAE RGAVLAADPS IRIMSGVLEG SNVKPVEAMT DMIANARRFE MQMKVITSVD EN EGRANQL LSMS UniProtKB: Flagellar basal-body rod protein FlgF |
-分子 #8: Flagellar basal-body rod protein FlgG
分子 | 名称: Flagellar basal-body rod protein FlgG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 27.784807 KDa |
配列 | 文字列: MISSLWIAKT GLDAQQTNMD VIANNLANVS TNGFKRQRAV FEDLLYQTIR QPGAQSSEQT TLPSGLQIGT GVRPVATERL HSQGNLSQT NNSKDVAIKG QGFFQVMLPD GTSAYTRDGS FQVDQNGQLV TAGGFQVQPA ITIPANALSI TIGRDGVVSV T QQGQAAPV ...文字列: MISSLWIAKT GLDAQQTNMD VIANNLANVS TNGFKRQRAV FEDLLYQTIR QPGAQSSEQT TLPSGLQIGT GVRPVATERL HSQGNLSQT NNSKDVAIKG QGFFQVMLPD GTSAYTRDGS FQVDQNGQLV TAGGFQVQPA ITIPANALSI TIGRDGVVSV T QQGQAAPV QVGQLNLTTF MNDTGLESIG ENLYIETQSS GAPNESTPGL NGAGLLYQGY VETSNVNVAE ELVNMIQVQR AY EINSKAV STTDQMLQKL TQL UniProtKB: Flagellar basal-body rod protein FlgG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |