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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11895 | |||||||||||||||
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タイトル | 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the kDDX60 helicase bound with ATP | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | preinitiation / factors / kinetoplastid / helicase / TRANSLATION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Bochler A / Brito Querido J | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, チェコ, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Structural Differences in Translation Initiation between Pathogenic Trypanosomatids and Their Mammalian Hosts. 著者: Anthony Bochler / Jailson Brito Querido / Terezie Prilepskaja / Heddy Soufari / Angelita Simonetti / Mayara Lucia Del Cistia / Lauriane Kuhn / Aline Rimoldi Ribeiro / Leoš Shivaya Valášek / Yaser Hashem / 要旨: Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation ...Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation factors (eIFs) to the small ribosomal subunit (40S). Compared to their mammalian hosts, trypanosomatids present significant structural differences in their 40S, suggesting substantial variability in translation initiation. Here, we determine the structure of the 43S PIC from Trypanosoma cruzi, the parasite causing Chagas disease. Our structure shows numerous specific features, such as the variant eIF3 structure and its unique interactions with the large rRNA expansion segments (ESs) 9, 7, and 6, and the association of a kinetoplastid-specific DDX60-like helicase. It also reveals the 40S-binding site of the eIF5 C-terminal domain and structures of key terminal tails of several conserved eIFs underlying their activities within the PIC. Our results are corroborated by glutathione S-transferase (GST) pull-down assays in both human and T. cruzi and mass spectrometry data. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11895.map.gz | 95.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11895-v30.xml emd-11895.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11895.png | 78 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11895.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11895 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11895 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11895_validation.pdf.gz | 673.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11895_full_validation.pdf.gz | 672.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11895_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11895_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11895 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11895 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.635 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicas...
全体 | 名称: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60 |
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要素 |
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-超分子 #1: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicas...
超分子 | 名称: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) |
-分子 #1: kDDX60
分子 | 名称: kDDX60 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 246.749875 KDa |
配列 | 文字列: MSSRYRELIA IFGEFLEEND FHVRISMDRV GEVKTLFSAK TIPVESETEA AIEVVTIEAA RRRDALRRTC NAVLRTRHSD QHVDVGTIV ADEEERLAWK FLIGALAAKN SEILPVVEAE LLLAAVEYHY ATARPELCDM FVHLSASEMF FIDGDSLFMA A LSPQSVDW ...文字列: MSSRYRELIA IFGEFLEEND FHVRISMDRV GEVKTLFSAK TIPVESETEA AIEVVTIEAA RRRDALRRTC NAVLRTRHSD QHVDVGTIV ADEEERLAWK FLIGALAAKN SEILPVVEAE LLLAAVEYHY ATARPELCDM FVHLSASEMF FIDGDSLFMA A LSPQSVDW DLIQPLHVIY NAQKLLYDMH CRGARFHVVF FDSLLWIWES APAKLFMREN LRKTLMSLSE NDAKVGLSIS NF SSYYSEA FETYVKQWEP EFILMSDGEQ LGRLNPLQAF FVRPSAANNT HDSRRKANYT DADEANPYRL RRQYRSIVED EAV GDKAAL YYRCIHLWAA TRRLKVAYSS RIIYKENAMV VFTVRVDGAS FERAVTIESD VQALAQSMEH EVQLPAISSA SLGL LDEED LSCRERVVYA ALHAYLRASA RSEQEHQLCQ ALAITTYITG YLNKEARAQQ VRPNPILAGF LNEISPFLLA VWRHA DCTN GNGQEFDLID GHLFSAVSQQ LRTASVSELF DEYGVEDIES TWGVLDDQGS ADIVNAPLSY LPVIDSVDVE KLQPYP LIT HELVERLAKG FGISTHRADA PYPTDFGAAN ELAGWDITTP FDRLNDVIDA EGDAIAKSMM TEKEAKNVQE YYKKFVR NA LKQAQSMGIS GFAAHELAMV CSDNDSDDDA GGNSANNKTA GAKKVNKEHA GQRNKKERSK EDEIRERSNV IAATATVA E WHKQMNHLLH AVDMSHGRTT NRDRDESINT IMAAIKRLSQ EKFGKNFDPG YTLGGSTNTA VPLKLEMWRL LVAASQLRE VEFAFAMEDP ALKDSKGASK KKDSKSEYKM LYGFHVINQF VEREAVKGNH WGQLDPLRKA KPDMTIVEAR SYLRWVYLSF VEMHIQLKL KCRVVKLQLE NWRAERERAR LAQESPKIAL GIPLFLYCHH HVLAVIRDEG PRMSSEDIDT VRSALKHFDL P DSYYNKLD QCIARWQNMT LGTLLPSLLP QDKQLFETPE MLQLIHMGHL LERPFVREHD YRVAFNPDNW QRELLDIVDG RG SAVVCAP TSAGKTFISY YCMYKALRRT NKKVVVYLAP ARALINQAVA DVCARYGSKK YKNPGRYIYG ALGGADYHQF HDS CQVLLT VPETFETMLL SPKYTDWVEL IDYVILDEIH SMESNGNGDV WERILALLPC PFVALSATLG ETQQLCSWLN RVQG RLKEQ TEEMSGKMRD FEVHLLPSEG KSIQRWNDIK KYIYLPPPGA ALTQKKIKAQ YNNCYIRDLH PLSILTADQL QRGFP PDIS LVPSEVVSLF EKMHSKFNEV VWPNYSSLQL AKTLRAQLML IEPSKYFEAE TYITQERARQ YEAEVKNAFA YWAYLG HEG CELPENLVEE DLDDFSASMN MAVESILRTF AQKLNEDEAL LERHAADGME KKKRMLLRQQ HLQLLQQQEQ ENEPNQE ES MEQKSEEQGG AQEEEQEKET VGSVSFPGSR QFIREHILNV LRELIARDMG PTIVFSFESE DCGDLVKYVV EQLEEAES R YRKTNEFALY KARIERAAAA QEARRKQRES TLKQKRLTTG DDGDVEVADR DMSDGEGEDE LFVVPDVLPE FTFIGEKCT VEPEVVDSLM EDCEKEGEDL LLRALQRGIG MHHAGVKGKL RAHVERLFRG RHCGVIFSTE TLALGIHSPC RSVVLAGDHI LLNPTQFRQ MMGRAGRRGL DYLGHLVFLG ITMRRIKRLM TSSMTVIKGN VQMDPISNLR LLQLYDFNTL RHLKNEAGWK T HVLKLAER LFVNPLFFQG RNSVAGGNME GFTVEWLQML LGYFQREGLH FSDHASSLGS ILQDAMYVFR EAHVGNEGFS FI RMLTSGV FDKAHYSPLY DKKLNSGVLD EPLAELLAYL FSTHQTCGVP LEMHRSALLD PAVSTLWEGK TGPTQHRAVL SPI DVCSPT IHAFDNTDFF ALLSAFYNYL ASHLAPQTGA ALRLPCMKST NKKCRIFGGG STEFLLKQKL QESSVPYKAR SPFV AISGC GDLFTSVDDV TFTLRDGLYC DRTLLPILDL ADGWRHDGAQ ILINACLLDF LRAKAQIDTT RKNYRFTLLE ELNGL SQSL SYAVLNRAEK ILSNLAGLVR PTKLPRAKVL TAIMPDESEE GIFMAGAPRL LEVAERLNSL QPQIQKRLAE ELLTAK WAK RISEMNAQRK D UniProtKB: ATP-dependent DEAD/H RNA helicase |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19700 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |