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万見
- EMDB-11814: The cryo-EM structure of the Vag8-C1 inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11814
タイトルThe cryo-EM structure of the Vag8-C1 inhibitor complex
マップデータpost-processed final volume
試料
  • 複合体: Vag8:C1 inhibitor complex
    • タンパク質・ペプチド: Plasma protease C1 inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Vag8
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / outer membrane / blood circulation / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / outer membrane / blood circulation / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily ...Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Vag8 / Plasma protease C1 inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Johnson S / Lea SM / Deme JC / Furlong E / Dhillon A
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust209194 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M011984/1 英国
Wellcome Trust219477 英国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis for Bordetella pertussis Interference with Complement, Coagulation, Fibrinolytic, and Contact Activation Systems: the Cryo-EM Structure of the Vag8-C1 Inhibitor Complex.
著者: Arun Dhillon / Justin C Deme / Emily Furlong / Dorina Roem / Ilse Jongerius / Steven Johnson / Susan M Lea /
要旨: Complement, contact activation, coagulation, and fibrinolysis are serum protein cascades that need strict regulation to maintain human health. Serum glycoprotein, a C1 inhibitor (C1-INH), is a key ...Complement, contact activation, coagulation, and fibrinolysis are serum protein cascades that need strict regulation to maintain human health. Serum glycoprotein, a C1 inhibitor (C1-INH), is a key regulator (inhibitor) of serine proteases of all the above-mentioned pathways. Recently, an autotransporter protein, virulence-associated gene 8 (Vag8), produced by the whooping cough pathogen, , was shown to bind to C1-INH and interfere with its function. Here, we present the structure of the Vag8-C1-INH complex determined using cryo-electron microscopy at a 3.6-Å resolution. The structure shows a unique mechanism of C1-INH inhibition not employed by other pathogens, where Vag8 sequesters the reactive center loop of C1-INH, preventing its interaction with the target proteases. The structure of a 10-kDa protein complex is one of the smallest to be determined using cryo-electron microscopy at high resolution. The structure reveals that C1-INH is sequestered in an inactivated state by burial of the reactive center loop in Vag8. By so doing, the bacterium is able to simultaneously perturb the many pathways regulated by C1-INH. Virulence mechanisms such as the one described here assume more importance given the emerging evidence about dysregulation of contact activation, coagulation, and fibrinolysis leading to COVID-19 pneumonia.
履歴
登録2020年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2021年6月16日-
現状2021年6月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0122
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0122
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7akv
  • 表面レベル: 0.0122
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post-processed final volume
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0122 / ムービー #1: 0.0122
最小 - 最大-0.038749307 - 0.055746492
平均 (標準偏差)7.2586925e-05 (±0.0011971341)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 271.584 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8280.8280.828
M x/y/z328328328
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.584271.584271.584
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS328328328
D min/max/mean-0.0390.0560.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11814_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refinement volume

ファイルemd_11814_additional_1.map
注釈refinement volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: relion local resolution filtered volume

ファイルemd_11814_additional_2.map
注釈relion local resolution filtered volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: second half map

ファイルemd_11814_half_map_1.map
注釈second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: first half map

ファイルemd_11814_half_map_2.map
注釈first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vag8:C1 inhibitor complex

全体名称: Vag8:C1 inhibitor complex
要素
  • 複合体: Vag8:C1 inhibitor complex
    • タンパク質・ペプチド: Plasma protease C1 inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Vag8

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超分子 #1: Vag8:C1 inhibitor complex

超分子名称: Vag8:C1 inhibitor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Plasma protease C1 inhibitor

分子名称: Plasma protease C1 inhibitor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.011637 KDa
組換発現生物種: Drosophila albipalpis (ハエ)
配列文字列: PTIQPTQPTT QLPTDSPTQP TTGSFCPGPV TLCSDLESHS TEAVLGDALV DFSLKLYHAF SAMKKVETNM AFSPFSIASL LTQVLLGAG ENTKTNLESI LSYPKDFTCV HQALKGFTTK GVTSVSQIFH SPDLAIRDTF VNASRTLYSS SPRVLSNNSD A NLELINTW ...文字列:
PTIQPTQPTT QLPTDSPTQP TTGSFCPGPV TLCSDLESHS TEAVLGDALV DFSLKLYHAF SAMKKVETNM AFSPFSIASL LTQVLLGAG ENTKTNLESI LSYPKDFTCV HQALKGFTTK GVTSVSQIFH SPDLAIRDTF VNASRTLYSS SPRVLSNNSD A NLELINTW VAKNTNNKIS RLLDSLPSDT RLVLLNAIYL SAKWKTTFDP KKTRMEPFHF KNSVIKVPMM NSKKYPVAHF ID QTLKAKV GQLQLSHNLS LVILVPQNLK HRLEDMEQAL SPSVFKAIME KLEMSKFQPT LLTLPRIKVT TSQDMLSIME KLE FFDFSY DLNLCGLTED PDLQVSAMQH QTVLELTETG VEAAAASAIS VARTLLVFEV QQPFLFVLWD QQHKFPVFMG RVYD PRA

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分子 #2: Vag8

分子名称: Vag8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 91.262172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AVTAAQRIDG GAAFLGDVAI ATTKASEHGI NVTGRTAEVR VTGGTIRTSG NQAQGLRVGT ENAPDNTAVV ASVFLQNLII ETSGTGALG VSVHEPQGGG GTRLSMSGTT VRTRGDDSFA LQLSGPASAT LNDVALETAG QQAPAVVLWQ GAQLNAQGLV V QVNGAGVS ...文字列:
AVTAAQRIDG GAAFLGDVAI ATTKASEHGI NVTGRTAEVR VTGGTIRTSG NQAQGLRVGT ENAPDNTAVV ASVFLQNLII ETSGTGALG VSVHEPQGGG GTRLSMSGTT VRTRGDDSFA LQLSGPASAT LNDVALETAG QQAPAVVLWQ GAQLNAQGLV V QVNGAGVS AIHAQDAGSF TLSGSDITAR GLEVVGIYVQ EGMQGTLTGT RVTTQGDTAP ALQVEDAGTH VSMNGGALST SG ANSPAAW LLAGGSAQFR DTVLRTVGEA SHGVDVAAHS EVELAHAQVR ADGQGAHGLV VTRSSAMVRA GSLVESTGDG AAA LLESGH LTVDGSVVHG HGAAGLEVDG ESNVSLLNGA RLSSDQPTAI RLIDPRSVLN LDIKDRAQLL GDIAPEAQQP DGSP EQARV RVALADGGTW AGRTDGAVHT VRLLDRGVWT VTGDSRVAEV KLEGGTLAFA PPAQPKGAFK TLVATQGISG TGTIV MNAH LPSGTADVLV APQGFGDRQV LVVNNTDDGT ESGATKVPLI EDEQGHTAFT LGNMGGRVDA GARQYELTAS EAQADK ART WQLTPTNELS TTATAAVNAM AIAASQRIWQ AEMDVLLRHM SGLHSIGSPG GFWARGLSQR QRLDTGYGPW QKQTVSG IE LGLDRRVAGG ATTAWSVGML AGYSETRRDG GAYRAGHVHS AHVGAYVSYL NDSGSYVDGV VKYNRFRHGF DIRTTDLK R VDAKHRSHGL GALLRGGRRI DIDGGWYVEP QASVAWFHAG GSRYEASNGL RVRADGAHSW VLRAGAEAGR QMRLANGNI VEPYARLGWA QELGADNAVY TNGIRHVTRS RGGFAEARVG VGALLGKRHA LYADYEYAKG ARFEAPWTLQ LGYRYSW

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 17261358
CTF補正ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 687883
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7akv:
The cryo-EM structure of the Vag8-C1 inhibitor complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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