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- EMDB-11786: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11786
タイトルOpuA inhibited inward-facing, SBD docked
マップデータ
試料
  • 複合体: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease subunit
    • タンパク質・ペプチド: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
  • リガンド: TRIMETHYL GLYCINE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide
キーワードosmoregulation (浸透圧調節) / ABC-transporter / glycine betaine uptake system / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / cyclic-di-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


amine transmembrane transporter activity / ABC-type quaternary amine transporter / ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / peptide transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport ...amine transmembrane transporter activity / ABC-type quaternary amine transporter / ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / peptide transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine transport ATP-binding subunit / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン ...Glycine betaine transport ATP-binding subunit / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Quaternary amine transport ATP-binding protein / ABC transporter permease/substrate binding protein / Glycine betaine transport ATP-binding protein OpuAA
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sikkema HR / Rheinberger J
資金援助 オランダ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)670578 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.016 オランダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Gating by ionic strength and safety check by cyclic-di-AMP in the ABC transporter OpuA.
著者: Hendrik R Sikkema / Marco van den Noort / Jan Rheinberger / Marijn de Boer / Sabrina T Krepel / Gea K Schuurman-Wolters / Cristina Paulino / Bert Poolman /
要旨: (Micro)organisms are exposed to fluctuating environmental conditions, and adaptation to stress is essential for survival. Increased osmolality (hypertonicity) causes outflow of water and loss of ...(Micro)organisms are exposed to fluctuating environmental conditions, and adaptation to stress is essential for survival. Increased osmolality (hypertonicity) causes outflow of water and loss of turgor and is dangerous if the cell is not capable of rapidly restoring its volume. The osmoregulatory adenosine triphosphate-binding cassette transporter OpuA restores the cell volume by accumulating large amounts of compatible solute. OpuA is gated by ionic strength and inhibited by the second messenger cyclic-di-AMP, a molecule recently shown to affect many cellular processes. Despite the master regulatory role of cyclic-di-AMP, structural and functional insights into how the second messenger regulates (transport) proteins on the molecular level are lacking. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of OpuA and in vitro activity assays that show how the osmoregulator OpuA is activated by high ionic strength and how cyclic-di-AMP acts as a backstop to prevent unbridled uptake of compatible solutes.
履歴
登録2020年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ahh
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11786.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.012 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0416 / ムービー #1: 0.0416
最小 - 最大-0.10133032 - 0.17728612
平均 (標準偏差)0.00038767053 (±0.0055358815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 259.072 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0121.0121.012
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z259.072259.072259.072
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1010.1770.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11786_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11786_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11786_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OpuA inhibited inward-facing, SBD docked

全体名称: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked
要素
  • 複合体: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease subunit
    • タンパク質・ペプチド: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
  • リガンド: TRIMETHYL GLYCINE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide

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超分子 #1: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked

超分子名称: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

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分子 #1: ABC transporter permease subunit

分子名称: ABC transporter permease subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 63.437812 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
配列文字列: MIDLAIGQVP IANWVSSATD WITSTFSSGF DVIQKSGTVL MNGITGALTA VPFWLMIAVV TILAILVSGK KIAFPLFTFI GLSLIANQG LWSDLMSTIT LVLLSSLLSI IIGVPLGIWM AKSDLVAKIV QPILDFMQTM PGFVYLIPAV AFFGIGVVPG V FASVIFAL ...文字列:
MIDLAIGQVP IANWVSSATD WITSTFSSGF DVIQKSGTVL MNGITGALTA VPFWLMIAVV TILAILVSGK KIAFPLFTFI GLSLIANQG LWSDLMSTIT LVLLSSLLSI IIGVPLGIWM AKSDLVAKIV QPILDFMQTM PGFVYLIPAV AFFGIGVVPG V FASVIFAL PPTVRMTNLG IRQVSTELVE AADSFGSTAR QKLFKLEFPL AKGTIMAGVN QTIMLALSMV VIASMIGAPG LG RGVLAAV QSADIGKGFV SGISLVILAI IIDRFTQKLN VSPLEKQGNP TVKKWKRGIA LVSLLALIIG AFSGMSFGKT ASD KKVDLV YMNWDSEVAS INVLTQAMKE HGFDVKTTAL DNAVAWQTVA NGQADGMVSA WLPNTHKTQW QKYGKSVDLL GPNL KGAKV GFVVPSYMNV NSIEDLTNQA NKTITGIEPG AGVMAASEKT LNSYDNLKDW KLVPSSSGAM TVALGEAIKQ HKDIV ITGW SPHWMFNKYD LKYLADPKGT MGTSENINTI VRKGLKKENP EAYKVLDKFN WTTKDMEAVM LDIQNGKTPE EAAKNW IKD HQKEVDKWFK GSIEGRHHHH HH

UniProtKB: ABC transporter permease/substrate binding protein

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分子 #2: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component

分子名称: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 45.783684 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
配列文字列: MAVKIKIEHL TKIFGKRIKT ALTMVEKGEP KNEILKKTGA TVGVYDTNFE INEGEIFVIM GLSGSGKSTL LRLLNRLIEP TSGKIFIDN QDVATLNKED LLQVRRKTMS MVFQNFGLFP HRTILENTEY GLEVQNVPKE ERRKRAEKAL DNANLLDFKD Q YPKQLSGG ...文字列:
MAVKIKIEHL TKIFGKRIKT ALTMVEKGEP KNEILKKTGA TVGVYDTNFE INEGEIFVIM GLSGSGKSTL LRLLNRLIEP TSGKIFIDN QDVATLNKED LLQVRRKTMS MVFQNFGLFP HRTILENTEY GLEVQNVPKE ERRKRAEKAL DNANLLDFKD Q YPKQLSGG MQQRVGLARA LANDPEILLM DEAFSALDPL IRREMQDELL ELQAKFQKTI IFVSHDLNEA LRIGDRIAIM KD GKIMQIG TGEEILTNPA NDYVKTFVED VDRAKVITAE NIMIPALTTN IDVDGPSVAL KKMKTEEVSS LMAVDKKRQF RGV VTSEQA IAARKNNQPL KDVMTTDVGT VSKEMLVRDI LPIIYDAPTP LAVVDDNGFL KGVLIRGSVL EALADIPDED EVEE IEKEE ENK

UniProtKB: Quaternary amine transport ATP-binding protein

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分子 #3: TRIMETHYL GLYCINE

分子名称: TRIMETHYL GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: BET
分子量理論値: 118.154 Da
Chemical component information

ChemComp-BET:
TRIMETHYL GLYCINE / ベタイニウム / トリメチルグリシン

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-...

分子名称: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 2BA
分子量理論値: 658.412 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMKClpotassium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 詳細: at 5 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 49407
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 7788 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1344075
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Relion ab-initio model
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 110161
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7ahh:
OpuA inhibited inward-facing, SBD docked

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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