+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11779 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HAd7 knob in complex with 2 EC2-EC3 modules of DSG-2 | |||||||||
マップデータ | HAd7 knob in complex with 2 DSG-2 modules | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | adenovirus / cell receptor / complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / maternal process involved in female pregnancy / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / cell-cell adhesion / cell junction / viral capsid / cell-cell junction / cell adhesion / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / host cell nucleus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Effantin G / Vassal-Stermann E | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2020 タイトル: Binding Mechanism Elucidation of the Acute Respiratory Disease Causing Agent Adenovirus of Serotype 7 to Desmoglein-2. 著者: Marc-André Hograindleur / Gregory Effantin / Daphna Fenel / Caroline Mas / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender / Emilie Vassal-Stermann / 要旨: The study of viruses causing acute respiratory distress syndromes (ARDS) is more essential than ever at a time when a virus can create a global pandemic in a matter of weeks. Among human ...The study of viruses causing acute respiratory distress syndromes (ARDS) is more essential than ever at a time when a virus can create a global pandemic in a matter of weeks. Among human adenoviruses, adenovirus of serotype 7 (HAdV7) is one of the most virulent serotypes. This virus regularly re-emerges in Asia and has just been the cause of several deaths in the United States. A critical step of the virus life cycle is the attachment of the knob domain of the fiber (HAd7K) to the cellular receptor desmoglein-2 (DSG2). Complexes between the fiber knob and two extracellular domains of DSG2 have been produced. Their characterization by biochemical and biophysical methods show that these two domains are sufficient for the interaction and that the trimeric HAd7K could accommodate up to three DSG2 receptor molecules. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of these complexes at 3.1 Å resolution confirmed the biochemical data, and allowed the identification of the critical amino acid residues for this interaction, which shows similarities with other DSG2 interacting adenoviruses, despite a low homology in the primary sequences. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11779.map.gz | 96.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-11779-v30.xml emd-11779.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11779_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11779.png | 97.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11779.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11779_validation.pdf.gz | 549.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_11779_full_validation.pdf.gz | 549 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11779_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11779_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | HAd7 knob in complex with 2 DSG-2 modules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of...
全体 | 名称: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of...
超分子 | 名称: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-超分子 #2: Desmoglein-2
超分子 | 名称: Desmoglein-2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Fiber
超分子 | 名称: Fiber / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス) |
-分子 #1: Fiber
分子 | 名称: Fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.489217 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMGLTFNS NNICIDDNIN TLWTGVNPTT ANCQIMASSE SNDCKLILTL VKTGALVTAF VYVIGVSNDF NMLTTHKNIN FTAELFFDS TGNLLTSLSS LKTPLNHKSG QNMATGALTN AKGFMPSTTA YPFNVNSREK ENYIYGTCYY TASDHTAFPI D ISVMLNQR ...文字列: GSHMGLTFNS NNICIDDNIN TLWTGVNPTT ANCQIMASSE SNDCKLILTL VKTGALVTAF VYVIGVSNDF NMLTTHKNIN FTAELFFDS TGNLLTSLSS LKTPLNHKSG QNMATGALTN AKGFMPSTTA YPFNVNSREK ENYIYGTCYY TASDHTAFPI D ISVMLNQR ALNNETSYCI RVTWSWNTGV APEVQTSATT LVTSPFTFYY IREDD UniProtKB: Fiber |
-分子 #2: Desmoglein-2
分子 | 名称: Desmoglein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.126275 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QGAMEVLDIN DNEPVFTQDV FVGSVEELSA AHTLVMKINA TDADEPNTLN SKISYRIVSL EPAYPPVFYL NKDTGEIYTT SVTLDREEH SSYTLTVEAR DGNGEVTDKP VKQAQVQIRI LDVNDNIPVV ENKVLEGMVE ENQVNVEVTR IKVFDADEIG S DNWLANFT ...文字列: QGAMEVLDIN DNEPVFTQDV FVGSVEELSA AHTLVMKINA TDADEPNTLN SKISYRIVSL EPAYPPVFYL NKDTGEIYTT SVTLDREEH SSYTLTVEAR DGNGEVTDKP VKQAQVQIRI LDVNDNIPVV ENKVLEGMVE ENQVNVEVTR IKVFDADEIG S DNWLANFT FASGNEGGYF HIETDAQTNE GIVTLIKEVD YEEMKNLDFS VIVANKAAFH KSIRSKYKPT PIPIKVKVKN VK EGI UniProtKB: Desmoglein-2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |